1521年，麦哲伦在第一次环球航行中发现菲律宾群岛，上岸后发现岛民仍处于极度落后的部落文明期，于是当众进行了一次武器展示，就宣布群岛归属西班牙国王，要求各个部落酋长皈依基督教并称臣纳贡。
这个时候的麦哲伦，怎么都不会想到自己会死在菲律宾。
迫于热武器的压力，各岛酋长都选择了低头，唯独麦克坦岛酋长拒绝，麦哲伦就带着六十名士兵亲自绞杀酋长，结果遭到长矛、羽箭和石头的反击，麦哲伦恼羞成怒下令放火烧毁土著房屋，却不料更加激怒了土著们的反抗。
在混战中，一支毒箭射穿了麦哲伦的小腿，土著们随后乱刀砍死了麦哲伦。
麦哲伦的意外丧命，只是短暂推迟了西班牙殖民菲律宾，40年后，比麦哲伦更残暴的西班牙航海家黎牙实比，带来了更多士兵和更先进的火器，为避免重蹈麦哲伦的覆辙，西班牙殖民者短短三年就掳走5000名反抗的土著，全部发配各地沦为奴隶。
1571年，西班牙成立东印度殖民地，首都设在马尼拉，首次推行“分而治之”的治理模式：愿意皈依基督教的土著可留在原地，不愿意的迁往内陆山区，反对者一律拉去造船或垦荒。
而此时的中国正值明朝扫寇，有个名叫林凤的海寇首领，祖籍潮州饶平，巅峰期拥有两广海域最强大的海盗船队，大小船只近百艘、海盗成员上万，南澳群岛的老巢被戚继光捣毁后，林凤率众远遁台岛休养生息，不料大明胡守仁穷追不舍，恰好听闻吕宋岛被洋人侵占，林凤想趁洋人防御松懈、守军阵脚未稳之际，先发夺岛并生根立足，于是带着五千部众和工匠、妇女、粮种等等，浩浩荡荡挥师下南洋。
然而，林凤的海盗部众虽然人数够多，但装备却一言难尽，数百名先锋队手持长矛、弯刀和匕首（火绳枪不到20把），在冲往总督府的路上就被守军发现，虽然斩杀了守军将领，却也暴露了行踪，导致西班牙驻军迅速回防，林凤船队不得不败退邦阿西南岛，被困4个月后，林凤趁夜突围，从此销声匿迹。
林凤和他的部众最后去了哪里，至今都没有定论，但与林凤有关的民间传言却层出不穷，甚至连菲律宾前总统马科斯都曾经自称是林凤后裔。
自林凤之后，西班牙殖民者对华人的戒备心大大提高，1591年以“贸易垄断”为由禁止销售中国丝绸和棉花，进而扩大到茶叶、陶瓷、粮油等等品类，并限制华人拥有土地和活动自由，导致菲律宾华人的日子越来越不好过。
为了系统管理，西班牙殖民者将华人分为“已皈依”和“未皈依”，“未皈依”的华人全部被禁足在“城寨”里生活，而“已皈依”的华人可以与土著联姻，很快就催生了一大批华菲混血儿，例如第一任菲律宾总统阿奎纳多、“菲律宾三父”之一的蒂尼奥、菲律宾革命军总司令安东尼奥卢纳，以及菲律宾民族英雄博尼法西奥等等，全部是华菲混血儿。
到了美国殖民期，虽然有各种各样的《排华法案》诞生，但当时的中国清朝积贫积弱，在“太平天国”和“义和团”期间，福建沿海仍然有数十万难民被迫下南洋求生，二战期间美军设立的第一、第二“菲律宾步兵团”，主要就是由这批福建人的后代组成，而早期抵达菲律宾的华人则被编入驻菲美军，为解放菲律宾立下汗马功劳。
2013年，菲律宾参议院首次公布的《人口种族调查报告》中，华人已超过135万，具有华裔血统的菲律宾人约2280万，相当于菲律宾总人口的25%都有中国血统，如以民族计算，比菲律宾人口最多的塔加洛族还要多。
由于98.7%的华菲都来自中国福建（泉州75%、漳州23%、厦门2%），尽管大部分是第四、第五代菲律宾公民，但他们中的相当一部分人（约74.%）仍以闽南语为母语，以华菲为主体的马尼拉、碧瑶、维甘等城市最为常见，因此又被称为是菲律宾的“人民语言”。
日常生活方面，这些华菲不仅保留了相对传统的中国习俗，同时也影响了大部分菲律宾土著，其中有佛教、道教等宗教文化，也有节庆时舞龙舞狮、穿红衣、大扫除、团圆饭、吃年糕等等民间习俗，饮食方面更突出，豆花、蒸糕、春卷、毛蛋等等，无一不是中国民间特色小吃。
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