海南
另一边N也在四处救援被等离子队抓捕的宝可梦，在与小智等人再次相遇后他们还一同展开行动，同时小智让大木博士召回了喷火龙并进行远程传输。接着小智的喷火龙还与艾莉丝的快龙展开了一场巅峰对决，就这样喷火龙再度回归小智身边。
之后大家遇到了N先生的同伴巴贝娜与荷莲娜，原来三人曾被等离子队的首领魁奇思收养利用，不过他们发现了魁奇思的阴谋后就脱离了等离子队。
接着大家来到了此行目的地龙螺旋之塔，这里有着一颗光明石传闻是莱希拉姆的另一种形态。就在这时等离子队袭击而来，他们想要复活操控莱希拉姆以此获得神之力量，随即两方爆发了激烈的交锋。过程中皮卡丘被电波操控失去意识，无奈之下N交出了光明石以此为条件让等离子队中断电波。
此刻获得光明石的等离子队开始复活仪式，在漫天的烈焰中莱希拉姆从光明石中现出身形，见状魁奇思通过电波机器操控了莱希拉姆，同时他还不守诺言的再度用电波控制了皮卡丘等宝可梦。千钧一发之际皮卡丘靠着与小智的羁绊恢复神智，火箭队也帮助皮卡丘拦下了其他被操控的宝可梦。
随即皮卡丘用强力的电劲破坏了电波发射装置，因此等离子队的阴谋被成功瓦解国际刑警将其逮捕。就此风波告一段落莱希拉姆也返回云层，而N先生则是选择与两位女伴再次展开旅行。
一段时间后小智决定通过水路返回关东地区，这个航线会经过杰可罗拉群岛，艾莉丝和天桐也继续陪同小智进行最后的冒险。在杰可罗拉群岛中大家见到了许多新奇的宝可梦领略了无数美丽的风光，也留下了数不尽的欢声笑语。小智甚至又培育出了一只巴大蝶并且与对方挥泪作别，同时众人还结识了来自卡洛斯地区的新朋友三色堇。
不过天下没有不散的宴席，再长的航行也终有靠岸的一天。不知不觉间大家来到了枯叶市彼此也到了分别之时，一路的相伴他们都互相从对方身上学到许多。今天艾莉丝将前往烟墨道馆进行修行，天桐也会在关东地区独自历练，于是众人选择在动车站分手。
当车门关上的一刻也意味着新旅途的开启，之后小智与三色堇一同返回真新镇，再一次见到母亲，再一次见到曾经的宝可梦同伴。小智的心间涌起了对未来的无限热情，他的梦想没有改变，他要成为世界第一的宝可梦大师。
下一站将会是三色堇的故乡卡洛斯地区，小智立志要在那里的联盟大赛中获得冠军。对此母亲虽然不舍，但也同样希望能够早日听到儿子夺冠的欢呼。她为小智做好了新的衣服与新的帽子，这份守护将会永远陪伴小智。
就此神奇宝贝第四部超级愿望落下尾声，即将揭开的会是卡洛斯地区的冒险以及甲贺忍蛙。后续的故事更加精彩，我们不见不散。谢谢大家，拜拜！
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