海南
一段时间后众人来到飞云道馆进行挑战。第一轮对决寄岩蟹击败了暖暖猪但却不敌虫宝包，而虫宝包还进化成为宝包茧并将后续对手滚轮茧一举击溃。见状馆主派出王牌保姆虫，好在皮卡丘稳定发挥用钢铁之尾叠加电球战胜对手，因此小智再下一城获得第三枚徽章甲虫徽章。
战后小智等人继续上路，途中修帝再次和小智进行了一轮BO3对战，这次双方打成平手不分胜负。在告别了修帝后小智先后收服了一只蓝蟾蜍和石丸子。随后大家来到了一个宝可梦对战大赛东·乔治对战，在此小智等人与各路高手全都报名参赛。
经过多轮厮杀小智和艾莉丝会师决赛，两人分别派出了钢钻鼹鼠和皮卡丘进行对决，只见激烈的交锋爆发而出皮卡丘和钢钻鼹鼠各施绝招，最终艾莉丝成功击败小智夺得东·乔治对战的冠军，相信这份美好的经历会是彼此最难忘的回忆。
大赛之后小智等人继续旅程，他们意外遇到了落单的喵喵，喵喵表示由于执行任务失败它被火箭队解雇开除，于是众人决定带着孤单的喵喵一同上路，而艾莉丝还屡次对着喵喵丢出精灵球意图收服未果。
之后在喵喵的帮助下大家化解了许多宝可梦事件，在一次与欺诈猫的相遇中喵喵和小球獭同时一见倾心，他们帮助欺诈猫寻找到了自己的主人，那位主人还由衷地感谢喵喵的帮助。
在又一次的失恋后大家来到雷文市遭遇了宝可梦盗窃风波，在此喵喵显露本性恢复了火箭队的身份，原来先前的故事只是它的伪装，其真实目的是要利用小智的掩护潜入雷文市盗取宝可梦。
此刻火箭队抢夺了大量宝可梦并想利用地铁实施逃离，危难之际小智等人展开反击总算化解危机，随之见势不妙的喵喵和武藏小次郎使用飞行装置逃离，这时看着喵喵远去的身影小智却无法生出恨意。其实大家与喵喵的这段旅程虽然短暂，但也会是众人心中一段珍贵快乐的回忆。
第二天小智来到了雷文道馆进行挑战，由于馆主使用的是雷电属性宝可梦，小智认为皮卡丘的电击没有很好的效果不肯让其出战，随即第一场对决小智用蓝蟾蜍击败了雷电斑马，不过馆主的电飞鼠却先后战胜了小智的蓝蟾蜍和叶藤蛇。接连的失败让小智陷入迷茫不知如何决断。
在皮卡丘的苦言相劝下小智想起与皮卡丘携手作战的信念，最终依靠自己的指挥和皮卡丘的出色发挥，他们先后击败了馆主的电飞鼠和麻麻小鱼，于是小智顺利获得第四枚徽章伏特徽章。接着大家还结识了合众地区的冠军联盟领袖赤楠先生。
一段时间后众人来到了米洛斯岛，这里流传着关于三神云的传说分别是：雷之神雷电云风之神龙卷云地之神土地云。其中雷电云和龙卷云喜好战斗时常大肆破坏，而土地云则是作为守护神阻止对方战斗保护岛上和平。
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