海南
上期说到小智结束神奥地区的冒险，在告别了小光和小刚后他来到了合众地区，同时武藏等人也根据老板的要求前往合众地区执行任务。这次老板的目标就是要统治合众地区，对此任务武藏等人全都一反常态变得严肃而专业。
小智这边遇到了红豆杉博士，对方会为新手提供宝可梦，分别是火系暖暖猪、水系小球獭以及草系叶藤蛇。而小智还意外见到了一个传说中的宝可梦捷克罗姆，对方的雷电一度使皮卡丘失去了放电的能力，因而小智在与修帝选手的对决中落败。
好在捷克罗姆很快就再次出现吸收了皮卡丘超负荷的雷电，因此皮卡丘恢复健康，小智也决定要在此进行历练。合众地区的联盟大赛同样需要集齐8枚道馆挑战的徽章，就这样小智带着皮卡丘开始了新地区的冒险之旅。很快他就遇到了第一只合众宝可梦并开启收服之路。
就此小智结识了立志成为龙系大师的艾莉丝，两人一同上路，途中小智先是收服了一只咕咕鸽，再是收服了从研究所中一直跟随自己的小球獭。之后他们还遇到了一只佩戴墨镜的黑眼鳄，对方因为想和皮卡丘进行战斗开始跟踪小智的行动。
接着小智来到了合众地区的对战俱乐部，这里可以为宝可梦训练家提供场地进行对战练习。在这里小智救助了一只被主人抛弃的暖暖猪，受此感动暖暖猪加入了小智的队伍。
第二天众人抵达了第一座道馆三曜道馆，小智选择向三位馆主进行BO3的挑战。第一场战斗暖暖猪击败了炎爆猴，第二场对决遇弱则弱的皮卡丘输给了冷水猴。好在最终的决赛中小球獭击败了椰菜猴，于是小智顺利收获第一枚徽章挑战徽章。
同时三曜道馆的馆主天桐决定和小智一起冒险，他想要成为顶尖的宝可梦侍酒师，因而头顶一片绿的天桐希望通过冒险不断磨砺自己。随即合众地区三人组宣告成立开始旅行。
另一边火箭队四处开展邪恶的行动，他们在有目的的寻找某些东西意图借此称霸合众。小智这边通过战斗收服了一只叶藤蛇，不过他的宝可梦都还有待提升实力，因为在与修帝的第二次5V5对决中，小智只击败了对手的两只宝可梦落败收场。
接着大家继续上路，途中他们帮助清理了一所幼儿园中破袋怪收藏的杂物，因此幼儿园老师赠予了小智一枚宝可梦蛋作为谢礼。之后众人来到了第二座道馆七宝道馆进行挑战，第一次挑战小球獭和暖暖猪先后被守望鼠和约克犬击败，不过小智没有气馁而是在对战俱乐部中进行特训，多日后他再次登门挑战。
这次约克犬已经进化成为哈蒂犬实力更上一层，好在受训后的小球獭和暖暖猪学会了新的技能，小球獭用水流喷射战胜了守望鼠，暖暖猪用硝焰冲锋正面碰撞击溃哈蒂犬，于是小智收获了第二枚徽章基础徽章，战后小智的宝可梦蛋孵化出了一只滑滑小子。
第二天大家继续上路，小智先是通过感化收服了一只虫宝包，再是遇到了先前跟踪自己的黑眼鳄，这只黑眼鳄十分特别，原本冷酷的它竟会因为失去墨镜而变得胆小，一番波折后它向皮卡丘提出了对决的要求，战斗中黑眼鳄进化为混混鳄，不过小智指挥皮卡丘仍旧将混混鳄击飞天际。
当然这样的遭遇不会让混混鳄气馁，小智和皮卡丘也做好了再次面对混混鳄挑战的准备。
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