河北
2011年，她查出肺癌晚期，中断工作抗病。2012年1月3日凌晨3时19分，她在香港九龙塘圣德肋撒医院因肺腺癌恶化离世，享年58岁。 她生前叮嘱家人，死讯别马上公布，本想隐瞒两年，但儿子和助理劝说，最后决定办完后事再对外说。结果，死讯拖到2月13日才公布，整整41天过去，正好避开春节，让粉丝不至于在过年时伤心。
律师江燕伟在记者会上宣布，她留下的遗言是“我这辈子过得开心，活得有滋味，谢谢大家陪我走过，没唱完的歌，下辈子再唱”。
这个决定体现她体贴的一面，不想打扰大家节日心情，也保护家人隐私。葬礼低调，只请亲友，骨灰2月12日安放在桃园大溪佛光山宝塔寺，用本名林秋鸾，没放遗照，没让媒体进场。 她担心儿子曝光后麻烦多，遗产事宜也得平稳处理。
关于遗产，媒体估计她留下约40亿台币，包括香港九龙塘豪宅、台北东区两栋房产、2003年后演唱会收入（每场约500万台币，总计2亿多）、广告酬劳、歌曲版税，加上丈夫赵宏琦留下的部分。 但律师拒绝对财产事宜回应，熟悉她的人说实际没那么多，可能只有数亿。
所有遗产全归独子赵彣霖继承，她早几年就开始规划，立遗嘱确保儿子顺利接手，避免纠纷。赵彣霖生于1989年，当时凤飞飞36岁，视他如命根，教育严格，但母子情深。他大学休学陪母走完最后日子，离世后他低调处理后事，没现身公众场合。
媒体一度“人肉”搜索他照片，但他避开镜头，继续在香港生活，没接管父亲公司，现状不明朗，但从2015年电台访谈看，他偶尔忆母过年往事，语气平静。 遗产转移顺利，法院批准后，他管理房产出租、股票投资、版税收入，这些年歌曲还在平台流传，每年带来稳定收益。
凤飞飞离世后，华语乐坛少了个温暖声音，但她的影响没淡。2012年5月，台湾当局颁褒扬令，称她“庶民歌后”，儿子低调领奖，没公开行程。 2013年，她获追颁金曲奖和金钟奖特别贡献奖。2019年8月20日，Google用doodle纪念她66岁冥诞。
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