一文揭示NGS检测的真实世界数据和临床意义

*仅供医学专业人士阅读参考

NGS指导乳腺癌靶向治疗具有重要价值，有力助推乳腺癌精准诊疗发展。

过去20年中，NGS在医学领域的应用显著增加了识别可能对靶向治疗敏感的突变基因的可能性，促进了乳腺癌精准诊疗的快速发展。近期，一项研究[1]旨在评估NGS检测在指导乳腺癌患者选择靶向治疗方面的潜在价值，通过分析在Modena癌症中心接受治疗的乳腺癌患者转移灶样本NGS检测的可行性和临床相关性，结果显示，对转移性乳腺癌的癌组织使用NGS检测可能影响治疗选择，约9%的研究人员根据NGS检测结果对其疗法进行了修改。可检测突变的数量不断增加和检测的可及性增加可能导致NGS检测具有更多的潜在治疗意义。该研究强调了NGS检测在乳腺癌精准诊疗的重要性，并提示了应在疾病诊断时尽早检测，患者获益更多。现将重点内容梳理如下，以飨读者。

研究方法

本研究为一项回顾性、单中心分析。收集2015年1月-2022年4月期间在Modena癌症中心接受治疗的101例转移性乳腺癌患者的NGS数据。在Modena大学医院分子病理学实验室对癌症组织进行了NGS分析，并对识别出的突变进行分类。

• 患者

参与本研究的患者必须符合以下入选标准：年龄≥18岁；诊断为转移性乳腺癌；能够从Modena癌症中心获取电子病历；根据临床实践对原发性或转移性乳腺癌组织进行NGS检测。临床-病理学数据包括患者人口统计学信息；首次诊断和复发日期；肿瘤特征；既往新/辅助化疗和/或辅助内分泌治疗（如给予）的类型和持续时间；转移性疾病部位；活检类型（转移灶vs.原发灶）；转移性疾病的治疗类型和持续时间；以及患者当前的健康状况。NGS数据应包括NGS检测的执行日期；采样部位（原发灶、转移灶或液体活检）；使用的基因组合；检测出的基因变异；以及NGS结果对治疗决策的影响。

• NGS试验

在所有情形下，对目前认定具有临床意义的主要癌症相关基因进行DNA分析：单核苷酸变异（SNV）、多核苷酸变异（MNV）以及短插入和缺失（INDEL）。在近期的病例研究中，NGS检测面板可用于同时分析DNA和RNA，因而除了上述测定外，还研究了NTRK1、NTRK2和NTRK3等融合转录本。

对从福尔马林固定、石蜡包埋的活检组织和/或手术标本中提取的核酸进行NGS分析。对4-6个切片的肿瘤区域进行手动显微切割，厚度为10µm。

研究结果

• 人群特征

本研究共入组了2015年1月-2022年4月在Modena癌症中心接受治疗的101例转移性乳腺癌患者。诊断时的中位年龄为50岁（范围29-76岁）。总体而言，研究结束时，35.6%为新发转移性乳腺癌，83.1%的患者存活。

基线时，共有77.2%的患者为导管组织类型。最常见的表型为luminalA(51.5%)，其次为luminalB(33.7%)、HER2阳性(9.9%)和三阴性(4.9%)。此外，35.6%的患者在诊断时患有“新发”转移性乳腺癌。在转移性乳腺癌诊断时，52.5%的患者转移累及更多部位，14.8%仅有骨转移，1例患者仅出现中枢神经系统（CNS）转移。总体而言，67.3%的转移病灶与原发灶表型相同。所有患者均接受了中位2线（范围0-14）转移性疾病全身治疗，60.4%的患者在早期接受了化疗。

• 分子特征

所有患者均接受基于肿瘤组织的NGS分析：47例样本来自原发性肿瘤，52例(51.5%)来自转移灶（其中7例来自骨，8例来自皮肤，3例来自淋巴结，21例来自肝脏，8例来自肺，5例来自其他组织），还有2例来自液体活检。总体而言，40例患者为野生型，而61例患者存在致病性突变。其中35例为单一突变携带者，11例有2个突变和15例有≥3个突变。其中，根据ESCAT量表分类，46例为I-II级突变。

共发现85个突变：最常改变的基因是PIK3CA(40/85，47%)，其次是FGFR(16/85，18.8%)、ERBB2(10/85，11.7%)、MAP2K1(6/85，7%)、CDK(4/85，4.7%)和ESR1(3/85，3.5%)；其他突变包括ALK、JAK/STAT、MYC和BRAF/MEK(6/85，7%)。在诊断时具有Luminal表型的患者中，转移性疾病期间最常发生突变的基因是PIK3CA(39.8%)；在HER2+表型的患者中，ERBB2是最常发生改变的基因(30%)（图1a，b）。

图1. (a) 主要基因改变发生率。(b) 诊断时与肿瘤表型相关的主要突变的分布。#本图中未考虑三阴性肿瘤，因为5例患者中仅2例显示基因突变（分别为CDK6和MYC）

• 基于NGS分析的预后影响

中位随访57个月后，99/101例患者被纳入最终生存分析。其中53例患者行转移部位活检，结果显示32.7%表现为与原发灶不同的表型。然而，与初诊时表型保持相同的患者相比，表型变化与OS之间无显著相关性(p=0.584)（图2）。

图2. 转移灶相比原发性肿瘤的表型变化与OS之间的相关性

无论在诊断时、治疗期间还是在末次治疗时进行NGS检测，OS获益与NGS检测的时机之间均无统计学显著意义。然而，在末次治疗时进行NGS检测的患者中位OS(mOS)在数值上更差，为1.4年(95%CI：0.3-4.3)，而其他两组分别为5.2(5.2-5.2)和6.2(5.5-8.5)年（图3）。

图3. NGS检测时机与OS之间的相关性

野生型和突变患者之间未观察到OS的统计学显著差异(p=0.147)（图4a）。当考虑每例患者的突变数量时，单一突变组的mOS为8.5年，两种突变组的mOS为8.5年，三种突变组的mOS为6.1年。野生型患者的mOS在数值上更低，为5.3年。然而，未观察到统计学显著差异(p=0.447)（图4b）。

图4. (a) 基因改变对OS的影响。(b) 每例患者的突变数量与OS之间的相关性

研究发现40个PIK3CA突变。PIK3CA突变人群的mOS为6.8年，PIK3CA野生型组为6.1年。在FGF受体家族中，FGFR突变组的mOS为5.8年，而FGFR野生型组的中位生存期为6.8年。这两种情况下，这些相关性均不具有统计学显著性：分别为p=0.625和p=0.153（图5a，b）。

图5. (a)PIK3CA突变与OS的相关性。(b)FGFR突变与OS的相关性

• NGS检测对接受CDK4/6抑制剂治疗患者OS的影响

在接受CDK4/6抑制剂治疗的患者亚组（占研究人群的78%）中评估了进行NGS检测的影响。其中无突变占39.3%，至少有1个突变占60.7%。这两组患者的mOS无统计学显著差异，数值分别为6.2年和6.8年，p=0.403（图6）。

图6. NGS检测对接受CDK4/6抑制剂治疗患者OS的影响

• 可靶向突变

在61例携带致病性突变患者中，根据ESCAT量表，35例至少有一个可靶向的I级突变，建议使用特定药物。最常见的可靶向I级突变是PIK3CA(47%)。I–II级突变患者的mOS为8.5年，而≥3级突变患者的mOS为5.2年。这些组之间未观察到OS的统计学显著差异(p=0.549)。

研究结论

随着医学科学技术的不断进步与演进，特别是NGS技术的迅猛发展，乳腺癌的精准治疗领域正经历着重大变革。越来越多的肿瘤驱动基因突变被逐步发现。NGS技术在临床试验中的重要性日益增加，其提供的丰富患者基因信息对于后续治疗方案的选择具有重要的参考价值。因此，应当积极探索NGS技术在包括PIK3CA、ESR1、HER2等多基因联合检测中的标准化应用。关于检测时机，美国国家综合癌症网络（NCCN）指南建议在首次转移时进行活检并检测PIK3CA突变，以便为治疗决策提供指导。展望未来，期待随着NGS技术的广泛普及和检测成本的进一步降低，助推乳腺癌的精准诊疗步入崭新的时代。

参考文献：

[1]Canino F, Tornincasa A, Bettelli S,et al. Real-World Data and Clinical Implications of Next-Generation Sequencing (NGS)-Based Analysis in Metastatic Breast Cancer Patients. Int J Mol Sci. 2024 Feb 20;25(5):2490.

审批编号：CN-147750 过期日期：2025-11-27

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