《暗黑者》改编自周浩晖的畅销小说《死亡通知单》，讲述了一起轰动全城的连环杀人案。
凶手不仅手段残忍，还在现场留下署名“暗黑者”的死亡通知单，公然挑衅警方。于是，警方迅速成立专案组与之抗衡。
专案组的成员们各具特点，堪称“奇葩”：有高智商但人品极差的犯罪学专家罗飞、高贵冷艳且口舌伶俐的心理学专家穆剑云、被称为“警界耻辱”的帅哥痕迹学专家尹剑、“暗黑萝莉”法医梁音、电脑高手曾日华以及腿脚比大脑先行的恐怖刑警熊原等。
在破案过程中，发生了许多离奇案件。例如，专案组组长韩灏出公差期间，尹剑代理组长时，警局收到神秘视频，一男子被暗黑者绑架，视频直播无法追踪，专案组推断暗黑者想通过私刑惩罚金融诈骗犯；光洁中学十四岁学生坠楼身亡，网传校长性侵，在校长因证据不足被释放后，暗黑者发出死亡通知单，专案组决定引蛇出洞将其抓获，这让小队开始思考暗黑者惩罚这些罪犯是否有合理性。
后来，律师离奇暴毙，其妻子颜明玉成为最大受益者并收到通知单。专案组在保护她的同时调查其杀人证据，却发现颜明玉无罪，小组成员也曾对程序正义产生动摇，但罗飞坚持私刑不可取。在其他案件中，暗黑者似乎掌握了专案组每个人过去的秘密。
随着剧情推进，四年前悬案的唯一嫌疑人有着完美不在场证据，其手法媲美暗黑者，而复仇女神的行动被真正的暗黑者干扰，案件更加扑朔迷离。
专案组与暗黑者在拾荒老人去世案、女记者操控舆论案等案件中相互较量，逐渐掌握暗黑者的线索。罗飞惊觉暗黑者似乎隐藏在自己身边，他与暗黑者之间存在千丝万缕的关联。
原来，十二年前，暗黑者犯下四一八仓库爆炸案，罗飞的女友孟芸和导师袁志邦均死于这场爆炸。最终，罗飞找出了真相，黄少平的真实身份其实就是袁志邦，他进行一系列报复的起因是女友发现局长违法交易后被灭口。
当年的爆炸案因孟芸勇敢地提前引爆炸弹而出现“两分钟”时间差，而袁志邦主动现身，向罗飞解释并表明暗黑者的使命远远没有结束。十二年前的凶手对自己的宿命进行了断，留下继承者和罗飞继续厮杀。
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