浙江
按照西方海军惯例，舰队或分舰队长官所乘坐的军舰会悬挂代表长官的将旗。而且按照长官军衔的不同，会悬挂不同的将旗。
北洋水师很多方面都是模仿西方海军，也照搬了这个制度。《北洋海军章程》规定，提督旗为黄、白、黑、青、红五色长方旗，其他诸将则是黑、青、红三色长方旗，旗的上角各饰以锚形（后改为团龙）。
比如说1890年2月，丁汝昌率北洋水师南下避冻抵达香港的时候，有记者就看到“镇远”号铁甲舰上飘扬着丁汝昌的提督将旗。
之后丁汝昌率“致远”、“经远”等四舰前往海南岛一带巡视，琅威理、林泰曾、刘步蟾则负责带着“镇远”、“定远”等舰在香港维修。丁汝昌走后，林泰曾、刘步蟾就将“镇远”舰上的提督将旗降下，改为总兵将旗。
琅威理一直以北洋水师副提督自居，而且1886年5月，醇亲王奕譞巡阅北洋的时候，因为琅威理训练水师有功，于是授予二等第三宝星并赏给提督衔，所以后来李鸿章给他的公文、电报中常常是说“提督衔琅威理”或“丁、琅两提督”。北洋水师的正式公文中，琅威理的头衔“会统北洋水师提督衔二等第三宝星”，所以他认为丁汝昌离队以后自己还在，不应该降下提督将旗，于是责问道：“丁提督离开，有我副职在，为什么撤下提督旗？”
可是按照《北洋海军章程》规定，北洋水师中提督仅有一人统领全军，另设总兵二人分统左右两翼，并无副提督一职。而且提督衔和实授提督不同，只是一种荣誉，并不能悬挂相应将旗。
比如说左翼总兵兼“镇远”舰管带林泰曾同样也加提督衔，可是丁汝昌一走，他只能老老实实挂总兵将旗。所以刘步蟾回答说：“按海军惯例应当如此。”摆明态度不承认琅威理副提督的身份。
琅威理大怒，立即致电李鸿章，质问自己在北洋水师中的地位问题。然而出乎他意料之外的是，李鸿章回电告知林泰曾：“五色团龙旗只为中国实授提督所用，告知琅威理不可用之，以免中外贻笑。”也支持林泰曾和刘步蟾的做法。
大约是觉得这个答复有点让琅威理下不来台，第二天李鸿章再次致电林泰曾，说：“琅威理昨电请示应升何旗，《章程》内未载，似可酌制四色长方旗，与海军提督有别。”这个电报看上去是把琅威理的地位定于诸将之上，实际上却再次明确了他并非提督。
对于这个结果不满意的琅威理随后又和返回的丁汝昌谈及此事。丁汝昌安慰他说北洋水师官兵都是他的学生，让他不必在意官衔，这话其实也是否认了琅威理的提督身份。等到返回北洋以后，琅威理在丁汝昌陪同下面见李鸿章，就此事再次提出交涉。李鸿章也是坚持此前看法，琅威理随即提出辞职，李鸿章同意。
然而这起“撤旗事件”并没有因此结束，辞职后的琅威理先后给英国海军大臣和赫德写信，接着又拜会了英国驻华舰队司令萨德蒙将军，坚持自己受到了羞辱。英国外交部随即做出反应，要求驻华公使调查此事，并考虑没有满意答复的话就撤出在北洋水师中的英国顾问。
驻英公使薛福成得到消息以后紧急电告李鸿章，然而李鸿章却认为琅威理要求实缺提督不成就以辞职威胁，不能任由他这么要挟中国。因此当驻华公使询问此事时，李鸿章坚持当初聘请琅威理时，并没有约定他具有和丁汝昌同样的职位，称琅威理为提督“乃客气用语”。
英国虽然明知李鸿章这些话符合事实，不过他们一直希望借助在华海军顾问间接控制北洋水师，加上面子问题，最后还是拒绝了李鸿章另外聘请英国海军军官代替琅威理的要求，并召回其他英国顾问，不再接纳中国海军留学生，两国之间的海军合作关系随即陷入低谷。
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