北京
10月18日，由中国科学院微生物研究所国家微生物科学数据中心开发的“全球病原微生物数据库（gcPathogen， https://nmdc.cn/gcpathogen/）“在《核酸研究》数据库专刊发表文章gcPathogen: a comprehensive genomic resource of human pathogens for public health（https://doi.org/10.1093/nar/gkad875）。文章详细介绍了人类病原体综合基因组参考数据库以及利用参考数据库所整合的一系列病原微生物研究分析工具和应用实例。
全基因组测序（WGS）数据已被广泛应用于疫情监测、检测、溯源和进化等研究中。但是现有的病原基因组数据库并未覆盖所有人类病原体，也存在数据质量低、缺乏流行病学信息等问题。此外，我国病原微生物研究及传染病监测也缺乏相关独立自主的平台。因此，一个全面覆盖致人类传染病病原体的高质量参考基因组数据库并整合流行病学数据的知识库，将对疫情的全球监测和预警具有重要价值。
“全球病原微生物数据库“通过收集、整合全球范围的食品、环境、病人等来源的病原微生物基因组及流行病学、文献等数据，对人类病原微生物进行了分型、核心基因、药物抗性、毒力基因和移动元件的分析研究；并推出一系列整合高质量参考数据库的病原微生物鉴定、溯源和进化分析的在线工具平台，实现了基于全球真实数据的动态病原谱、分型谱、抗性谱和毒力谱的绘制。
该工作得到国家重点研发计划“病原学与防疫技术体系研究”专项“‘平急一体’数据标准化接口与体系建设”、中国科学院网络安全和信息化专项应用示范项目“权威数据库”项目的支持。
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