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当海南遇到BA.5.1.3,其实任何一个奥密克戎亚株都是一样

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申明:仅代表个人观点,不代表任何组织与单位

海南不少地方因为疫情的缘故进入静态管理。而适逢暑期旅游高峰,三亚更是据说有超8万旅客因此滞留,目前的说法是7天5次核酸检测阴性方可离开。当然在当地航班、火车皆已暂停的时刻,谁也说不准7天后能以什么方式离琼。

这次海南疫情经病毒基因组测序显示为BA.5.1.3,国内有新闻说比以往病毒株传播更快。这个病毒株在海南从8月1日至7日就累计感染病例1100多例[1]。其实这一表现印证了我过往文章中提到的,对于中国境内,任何一个奥密克戎亚株都是一样的,没必要纠结具体是哪个。说XX亚株传播更快也有误导性。

1. BA.5.1.3是什么?

BA.5.1.3是奥密克戎BA.5这一系下的一个亚株。病毒在不断的复制过程中基因组难免会出现突变,因此当奥密克戎席卷全球时,大量的感染人群对应了大量的复制,自然也在不断积累突变,形成了一个个基因组上有差异的亚株。

很多国家都会对新冠做基因组测序,以进行病毒株的进化跟踪。如果看奥密克戎各亚株根据这些基因组测序而勾勒出来的进化树[2]:


这个图上密密麻麻的圆形节点,每一个都是一个有着自己基因组特征的亚株。而这些分支联系则代表了根据病毒基因组确立的亚株间进化关系,或者说亲缘关系。

如果对上面奥密克戎的进化树做几个大分支的标注:


可以看到2021年底2022年初席卷全球的是BA.1,当然这一支系下面也有很多亚株。BA.1之后则是BA.2称王,之前香港与上海的疫情都是BA.2。

BA.2在全球大量扩散的同时也衍生出很多分支。现在世界上占据主导地位的亚株已经不是原来的BA.2了,而是与BA.2支系接近的BA.4与BA.5支系。

BA.5.1.3正是BA.5这一支系下的一员


2. BA.5.1.3与BA.5区别很小

实际上我们现在说 全世界最主流的突变株是BA .5 ,是把包括 BA.5. 1.3这些 BA. 5下支系的 病毒株都算到一起的 。国内一些新闻好像在强调BA.5.1.3传播更快什么的,这些说法是有失偏颇的。

BA.5.1.3和BA.5差别非常小,甚至和BA.2在基因组上也非常类似。注意我们说某个突变株的突变,都是和原始病毒株比,比如说奥密克戎在S蛋白上有30多个突变,是指和原始病毒株比有30多个氨基酸不一样。

如果把这次海南检测到的BA.5.1.3,与BA.5以及更早的BA.2的氨基酸突变排列在一起比较,我们特别关注的,与免疫逃逸以及传播力密切相关的S蛋白上的突变如下[3]:


三个亚株每个和原始病毒株比都有30个左右的氨基酸突变。不过绝大多数突变是共通的。

需要注意即使是同一个亚株,测序出来也会有一定多样性,而图里的颜色深浅代表了在这一亚株的所有测序结果里,该突变的出现频率,紫色颜色越深,比例越高。实际上除了N440K突变在BA.2的测序里出现频率是86%,其余看着是紫色的,出现频率都在90%以上。而白色则是0.1%以下。Q493R在BA.5.1.3里是阴影,这是说在这一亚株的所有测序里都未检出。

从上述三个突变株S蛋白的突变来看,BA.5与BA.5.1.3唯一的区别是BA.5.1.3多了一个V289I突变。从BA.5下各亚株来看,V289I这个突变算是BA.5.1.3比较特别的,是它的标志了:


不过 这个突变之前在德尔塔的一个亚株AY47里也检测到。也没有文献指出V289I能带来什么特别之处。

整体来看BA.5.1.3只是BA.5支系里一个普通亚株,基因组上差异有限。

3. BA.5.1.3只因海南出名

要不是海南这次爆出BA.5.1.3,然后又强调其传播速度快,BA.5.1.3在一票BA.5里的咖位,真的就是连18线都不是的小透明。

在全球新冠基因组序列库GISAID里BA.5.1.3的基因组序列总共是多少?截至8月6号是2505个,来自全球37个国家。在美国最早检测出BA.5.1.3的时间是5月31号,全世界最早检出是2月24号(是的,那个很久以前还是BA.1与BA.2为主的时代)。自从被检测出来以后,BA.5.1.3的序列数量占所有新冠基因组测序的多少呢?无论是美国还是全球,都低于0.5%[4]:



在6月时曾有欧洲的研究人员讨论在葡萄牙等地测出BA.5.1.3,似乎有上升趋势[5]。只不过从现在的趋势来看是多虑了[6]:


欧美多国,BA.5.1.3比例都很低,一直在5%以下,也没有明确的上升趋势。

刚才比较各BA.5亚株突变的图里是有每个突变株的基因组测序总数的,实际上看一下这个数据就会发现BA.5.1.3真的不出挑[4]:


全基因组测序上五位数的就有BA.5,BA.5.1,BA.5.2,BA.5.2.1以及BA.5.5。

从各方面来看,BA.5.1.3都没什么特别之处,我不太理解为什么去强调传播速度更强,也不知道这传播速度到底是和谁在比。

4. BA.5.1.3在海南的表现意味着什么?

可就是这样一个在全球不出挑的小透明版BA.5亚株,愣是让海南航班停飞、动车停运,八万旅客滞留三亚。

很遗憾,这可以说是验证了我在过往文章( )里说的:对中国来说,奥密克戎的亚株是没有区别的

所有的奥密克戎亚株,都有非常强的传播力,对原始病毒株以及现有疫苗也有很强的免疫逃逸(针对感染)。具体某个奥密克戎病毒株在某个地方能产生什么样的影响,基本取决于当地的免疫背景

像在很多国家,由于过去BA.1与BA.2已经造成过大量感染,BA.5支系对BA.1与BA.2也有免疫逃逸,可这主要是针对感染,防重症的有效性仍在。因此我们在这些地区看到的是感染病例大幅上升,但住院人数与死亡人数上升幅度比感染小很多。

另外,很多地方还是高效疫苗+过往BA.1或BA.2感染的混合免疫,这样一个较高的免疫屏障上,BA.5支系造成的感染高峰也比最初奥密克戎在那些地方肆虐时小一些。

但中国的人群免疫背景显然与大多数国家不同。绝大部分人接种的灭活疫苗对任何一个奥密克戎亚株的防感染能力都是非常有限的,人群里也没有很高的近期过往感染史。在这种情况下,任何一个奥密克戎亚株入侵,都有可能在短期内造成大量感染。而潜在感染高峰风险,应该参考2021年底BA.1在欧美,以及2022年初BA.2在香港那种一柱擎天的超级流行。

去强调某个奥密克戎亚株很特别,是毫无必要也不准确的。就像现在BA.5.1.3,不到一个礼拜,在海南感染人数上千,这是因为BA.5.1.3有什么特别吗?比别的奥密克戎厉害吗?完全不是,要是这个亚株真那么厉害,全世界检测出来的量,与其它亚株比,怎么可能占比连1%都不到?

这次据说是经由渔民与越南的渔获交易引起,这个传入方式也显示了极大的偶然性。全世界目前占据主导的是BA.5下各个亚株,一个偶然的机会就可以造成其中一个亚株 进入中国,比如这次是BA.5.1.3。不过下次完全可能是另一个地方遇到另一个亚株。说白了,遇到某个奥密克戎亚株纯属偶然,但遇到一个奥密克戎亚株是大概率事件,甚至可以说只是早晚问题

真正需要考虑的是,如何提升国人的免疫背景,做到即使某个奥密克戎亚株真流行开了,不搞得惊天动地的,也能把重症死亡等实际影响降到极低水平,让新冠成为一个不影响实质生活的疾病,不必让几万人滞留海岛。

海南遇到的BA.5.1.3,没什么特别的。就好像澳大利亚的欧洲野兔入侵问题,如今澳洲估计有两亿只野兔,是对当地生态危害极大的入侵物种。可在1859年最早引入到澳洲的只有13只欧洲野兔。从13到两亿,是因为这13只兔子特别吗?比别的兔子更能生,还是跑得更快,力气更大?

都不是,只是兔子本身作为一个物种的特征与澳洲当地的生态环境,导致了这样一个后果,不是因为这13只兔子有什么特别,你换个13只兔子(只要有公有母),结局都是一样的。

参考资料:

  1. hhttps://finance.sina.com.cn/jjxw/2022-08-07/doc-imizmscv5244964.shtml

  2. nextstrain.org

  3. outbreak.info

  4. gisaid.org

  5. https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/765

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