四川
环境 RNA 病毒无处不在且种类繁多，可能具有重要的生态和生物地球化学影响。了解 RNA 病毒的全球多样性受到采样偏差、依赖细胞培养和 PCR 来发现病毒及重点关注对人类或具有重要经济意义的动植物致病的病毒的限制。
2022年7月28日，复旦大学张永振团队在Nature Microbiology（IF=31）在线发表题为“RNA viromes from terrestrial sites across China expand environmental viral diversity”的研究论文，该研究为了解决这一知识差距，从中国 16 个省和地区的 32 个不同环境中生成了元转录组序列数据。该研究从土壤、沉积物和粪便样本中鉴定了 6,624 个推定的新型病毒分类单位，极大地扩展了 RNA 病毒圈的已知多样性。
这些新发现的病毒包括来自至少 62 个科的正链、负链和双链 RNA 病毒。沉积物和动物粪便是病毒的丰富来源。病毒组成分受当地环境因素的影响，包括有机物含量和真核生物物种丰度。值得注意的是，与动物病毒组相比，环境因素对植物、真菌和细菌病毒的丰度和多样性的影响更大。总之，该研究数据证实，RNA 病毒是陆地和水生生态系统不可或缺的一部分。
宏基因组学改变了我们对 RNA 病毒世界的理解，特别是总 RNA 测序（宏转录组学）。这些不依赖于培养的方法大大加快了病毒的发现速度，识别出使用传统方法无法检测到的不同病毒。重要的是，这些技术进步还可以研究环境样本中病毒的多样性和丰度如何受到获取样本的当地环境的影响，包括环境的物理特征和地理位置。
尽管大多数环境病毒的大规模研究都集中在海洋系统上，但最近对陆地环境的研究表明，病毒可以发挥关键的生态作用。红树林中的病毒群落直接影响碳循环过程，而北极永久冻土中的病毒与碳代谢、有机物降解和其他生态系统功能的调节有关。尽管这些研究主要集中在 DNA 病毒上，但最近的宏转录组学研究表明，RNA 病毒构成了水生病毒的很大一部分，并与土壤碳循环有关。
样品位置和样品类型图（图源自Nature Microbiology ）
为了确定环境病毒组的多样性和丰度是否以及如何受到采样的当地环境的影响，该研究从中国 16 个省和地区的 32 个不同环境采样点生成了元转录组数据。分析的样本包括来自不同环境的动物粪便、土壤和沉积物，还获得了物理化学元数据，包括 pH 值、土壤养分水平和有机物含量。
该研究从土壤、沉积物和粪便样本中鉴定了 6,624 个推定的新型病毒分类单位，极大地扩展了 RNA 病毒圈的已知多样性。这些新发现的病毒包括来自至少 62 个科的正链、负链和双链 RNA 病毒。沉积物和动物粪便是病毒的丰富来源。病毒组成分受当地环境因素的影响，包括有机物含量和真核生物物种丰度。值得注意的是，与动物病毒组相比，环境因素对植物、真菌和细菌病毒的丰度和多样性的影响更大。总之，该研究数据证实，RNA 病毒是陆地和水生生态系统不可或缺的一部分。
参考消息：
https://www.nature.com/articles/s41564-022-01180-2
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