前沿报道 | 余方友教授：MRSA、CRKP及结核分枝杆菌研究前沿

今天，检验君为大家分享的是同济大学附属上海市肺科医院余方友教授课题组于2022年发表的关于耐甲氧西林金葡菌（MRSA）、肺炎克雷伯菌（CRKP）、结核/非结核分枝杆菌的最新研究成果。

MRSA相关研究

我国潜在高毒力ST8型耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分离株的鉴定

金黄色葡萄球菌是导致医院和社区获得性感染的重要病原体之一，可引起皮肤脓肿、心内膜炎和败血症等多种感染。其中，与甲氧西林敏感的金葡菌（MSSA）相比，由耐甲氧西林金葡菌（MRSA）引起的感染更为复杂，死亡率更高。MRSA在世界范围的流行克隆呈现显著的地域差异，在北美地区以USA300的ST8型MRSA为主要流行的高毒力克隆株，然而其在中国等亚洲地区却非常罕见。尽管ST8型金葡菌近年来在不同地区已经有零星报道，但是依然缺乏对该类菌株的毒力致病性表征和遗传进化分析。

日前，同济大学附属上海市肺科医院余方友教授课题组的一项研究充分明确中国分离的ST8型金葡菌的潜在毒力特征和致病特点，并探究其可能的起源以及与ST8流行菌株USA300的生物进化关系，为我国制定相应的防控措施提供相关证据。该研究发表在《Emerging Microbes & Infections》，2022年影响因子为19.568，上海市肺科医院检验科2020级硕士王欣怡、赵慧琳为该论文的共同第一作者，余方友教授为该论文的通讯作者。

该研究从上海、温州和南昌三所三甲医院共分离6株ST8型金葡菌，包括三株 MRSA（MR50、MR526 和 MR254）和三株 MSSA（H78、H849 和 H863）。全基因组测序和SNP进化分析表明，这六株菌株形成了两个独立的进化分支，分别包括两个（MR50和MR526）和四个（MR254、H78、H849和H863）分离株。其中，MR50和MR526属于spa t008，携带有Ⅳa型SCCmec 元件，精氨酸分解代谢移动元件，在遗传特点上与USA300流行菌株接近，而其他4个菌株属于spa t9101，形成了一个独特的分支。

其中，MR254携带了一种新型的混合SCCmec元件（即SCCmec V-254）。MR254中的SCCmec区域长度为41.5kb，显示对SCCmecFinder 数据库中所有已知 SCCmec元素的覆盖率低于40%。SCCmec 254的连接区域（J 区域）相当复杂，很少与其他 SCCmec类型的连接区域匹配。基于mec复合体（mec class C2）和ccrC的组合，我们暂称这个元素为SCCmec type V variant 254（SCCmec V-254）。

进一步通过生物被膜形成实验、溶血活性检测、α毒素表达水平检测以及小鼠皮肤脓肿模型，全面评估该研究所关注的两株ST8型MRSA菌株（MR254和MR526）的毒力特征。与USA300-LAC毒力菌株相比，除MR254外，其余ST8菌株均产生较弱的生物被膜。其中，MR254的溶血能力和α毒素水平明显高于其他分离株，而MR526的溶血能力和α毒素表达水平与USA300-LAC相当。在小鼠皮肤脓肿模型中，MR254表现出超强的侵袭能力，并伴有组织坏死，而 MR526则表现出与 USA300-LAC相似的致病水平。值得注意的是，研究人员还通过RT-qPCR对hla、saeR、lukF-PV和lukS-PV 等毒力基因的表达水平进行检测，发现毒力基因的表达与毒力表型具有一致性。这些数据表明，分离自中国的ST8型MRSA（例如 MR254 和 MR526）具有高毒力特征，显示出与流行的 USA300 菌株相比更高或相似的毒力潜力。

ST8型金黄色葡萄球菌既往在中国各地有零星描述，但是仅局限于分子流行特点描述，缺乏该菌株毒力表型和遗传进化的深入分析和研究。研究人员对中国的ST8型金黄色葡萄球菌进行了相关毒力表型和分子遗传特征分析，并进一步挖掘了菌株之间的进化关系。该研究揭示了两个不同遗传分支的ST8型 MRSA克隆，包括一个与USA300 流行菌株密切相关的分支和携带有新型SCCmec 254元件的新ST8-t9101菌株。值得注意的是，中国分离的USA300-like 和 ST8-t9101 MRSA 菌株的毒力水平都与USA300-LAC 原始菌株相似甚至更高，这对中国公共卫生构成新的威胁。未来应警惕该类高毒株的传播，并主动检测该类菌株的分子流行情况。

https://doi.org/10.1080/22221751.2022.2031310

中国的甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌：一项多中心纵向和全基因组测序研究

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)是一种臭名昭著的多重耐药菌,可引起感染性休克、心内膜炎、重症肺炎等一系列感染性疾病。在过去的几十年中，包括医院相关 MRSA (HA-MRSA) 和社区相关 MRSA (CA-MRSA) 以及牲畜相关 MRSA (LA-MRSA) 的几个流行克隆传播一直是危害世界公共卫生的健康问题。尽管在中国已有多项 MRSA 流行病学研究，但主要聚焦表征特定感染类型相关MRSA 的流行病学特点。为制定更加有效的预防策略，对整个MRSA 种群进行非针对性分析至关重要。

日前，同济大学附属上海市肺科医院余方友教授课题组的一项研究对中国的MRSA的分子流行病学和表型特征进行充分全面的描述，为MRSA流行情况提供了重要线索。该研究发表在《Emerging Microbes & Infections》，2022年影响因子为19.568。上海市肺科医院检验科2020级博士生王冰洁为该论文的第一作者，余方友教授为该论文的通讯作者。

该研究从上海、浙江、广东、四川、湖北、江西、内蒙古7个省市采集了2014年至2020年间565株MRSA 非重复临床分离株，分离部位分别为血液(34.5% ,195/565)、脓液/伤口渗出液(31.5%, 178/565)和痰液(34.0%, 192/565)。565株MRSA菌株均携带mecA基因，对红霉素和克林霉素的耐药率分别为81.4% 和78.9%。对环丙沙星、四环素和庆大霉素的耐药率分别为44.1% 、42.8% 和33.5%。临床常用药物夫西地酸、莫匹罗星、利福平、磺胺甲恶唑/甲氧苄啶、奎奴普汀/达福普汀和头孢洛林对大多数MRSA仍具抗菌活性，耐药率为0.2-16.3%。此外，MRSA菌株对达托霉素、替考拉宁、利奈唑胺、万古霉素和达巴万星均敏感。

在565株 MRSA 中，鉴定出28个不同的ST型，包括主要的ST59(27.1%)、ST5(11.0%)、ST239(9.0%)、ST764(8.1%)和ST398(5.3%)。有31株MRSA为新的STs。已鉴定的28个STs分属于14个克隆复合体(CCs)。最常见的是1个CA-MRSA克隆群CC59(31.2%)和2个HA-MRSA克隆群CC5(23.4%)和 CC8(13.6%)。CC59和CC8克隆群的菌株通常分离于血液或者伤口渗出液，而CC5克隆群多分离于痰。综合分子分型数据，该研究中的MRSA菌株以亚太流行克隆 CC59-ST59-t437-IV (14.9%，84/565) 、欧亚克隆 CC8-ST239-t030-III (6.4%，6/565)和纽约/日本克隆CC5-ST5-t2460-II (6.0%，34/565)为主。占主导地位的MRSA克隆群 CC59、CC5和CC8显示出不同的耐药表型。

值得注意的是，不同地区流行的MRSA克隆群有所差异，在MRSA检出率较高的地区，CC5是最常见的克隆群，如广东（29.5%）、上海（35.7%）和湖北（42.9%）；在MRSA检出率中等的地区，CC59是最常见的克隆群，如四川（55.8%）、江西（36.2%）、浙江（43.5%）；在MRSA检出率较低的内蒙古，CC8是最常见的克隆群(42.1%)。

随着时间的推移，主要克隆群也发生了更替演变。CC8克隆群(主要是 ST239-t030-III)在2014-2015年占绝对优势（66.7%），但在2020年下降到8.9%；CC59(主要是 ST59-t437-IV)和CC5(主要是 ST5-II 和 ST764-II)的检出率呈上升趋势，分别由2014至2015年的27.8%和5.6%上升至2020年的35.6%和27.4%。另外，值得注意的是CC398从2014-2015年的0%上升到2020年的8.9%，该克隆群与家畜有关，在欧洲、澳大利亚、北美和南美流行。

进一步分析流行克隆在全球的遗传进化情况。与NCBI公开的全球各地的基因组数据库比对，发现中国、欧洲和北美地区的ST59、ST5和ST239分别属于不同的进化支。但是，在ST398克隆中，中国(n=90)、法国(n=20)、美国(n= 6)以及拉丁美洲和其他欧洲国家的ST398 MRSA和MSSA菌株集中在同一支系。其中，全球大流行的ST5克隆包含的不同克隆最多，至少包含15个不同的克隆。值得注意的是，ST764作为ST5的一个单点变异ST型，几乎没有公开的基因组测序，但它已经在中国局部流行。

这是一项对中国MRSA的纵向大规模监测。主要发现如下：CC59、CC5和CC8克隆群是中国最主要的MRSA流行克隆群。近年来，MRSA的流行在时间和地域上存在明显差异，CC59-ST59-t427-IV基因型持续占优势。不同的克隆群与特定的抗生素耐药性分布毒力模式有着显著的联系。该研究提供了七年来中国不同地区流行的MRSA的遗传和表型特征的流行病学数据，为了解耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的发展提供了重要信息。

https://doi.org/10.1080/22221751.2022.2032373

小分子化合物SYG-180-2-2有效抑制耐甲氧西林金黄色葡萄球菌生物被膜形成

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA），治疗难度大、死亡率高。随着人工导管、人工关节等生物材料的引入，植入材料相关感染频发，该类感染多与细菌生物被膜的形成有关。传统抗生素治疗无法有效应对当前严重的耐药情况。因此，迫切需要开发既能有效抑制生物被膜形成又能防止细菌突变产生耐药性的新药。

日前，同济大学附属上海市肺科医院余方友教授课题组的一项研究揭示了一种由吲哚环、硒基和酰胺基组成的新型小分子SYG-180-2-2可有效抑制MRSA生物被膜的形成，为MRSA临床治疗方案的制订提供新思路。该研究发表在《Frontiers in Microbiology》，2022年影响因子为6.064。上海市肺科医院检验科2020级硕士饶璐琳为该论文的第一作者，余方友教授为该论文的通讯作者。

SYG-180-2-2的全称是N-(3-(phenylselanyl)-1- pivaloyl- 1H -indol -7-yl)benzamide，是一种白色固体（纯度 96.0527%），经色谱纯化（洗脱：35% EtOAc 的石油醚溶液），熔点为 230–231°C。

该研究使用半定量生物被膜来检测亚抑菌浓度的SYG-180-2-2对MRSA生物被膜形成的影响。与未处理组相比，4 μg/ml浓度的SYG-180-2-2处理使MRSA菌株JP5023和JP4856生物被膜分别降低了82.9±2.3%和 71.9±6.8%。此外，进一步观察到用 4 μg/ml CLSM 处理的SYG-180-2-2处理的细菌生物被膜中，生物被膜的密度较低且较稀疏。

该研究进一步研究SYG-180-2-2对MRSA生物被膜的代谢活性影响。研究发现，在4 μg/ml 的SYG-180-2-2存在下，6、12、24和48小时后JP5023菌株和JP486菌株的代谢活性相比对照组均显著降低。此外，该研究通过细菌附着试验观察到，亚抑菌浓度的SYG-180-2-2 (4 μg/ml)对MRSA生物被膜初始粘附阶段有显著抑制作用。生物被膜形成的下一阶段是细胞外基质的产生和细胞增殖。为研究SYG-180-2-2对MRSA生物被膜基质的影响，该研究检测PIA和eDNA的释放。与未处理组相比，SYG-180-2-2 处理菌株的 PIA 产量显着降低，但 eDNA 没有显着差异。

此外，该研究使用RT-qPCR测定用4 μg/ml浓度的SYG-180-2-2处理的生物被膜相关基因的表达，以进一步阐明SYG-180-2-2对生物被膜形成的影响。结果表明，在JP5023和JP4856中，除icaR和codY基因表达上调外，icaA、icaD、icaR、fnbB、eno、fib、ebps、saeR、psmα、psmβ、和agrA基因在SYG-180-2-2处理下呈现不同程度的下调。这些结果与细菌的粘附和PIA的检测一致。

该研究发现，亚抑菌浓度的SYG-180-2-2不仅对人体细胞无毒，而且可以通过抑制细菌与宿主的初级附着和减少PIA 的产生以抑制生物被膜的形成。因此，SYG-180-2-2 有潜力具备成为临床上用于MRSA感染治疗的新型药物。

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2021.770657/full

NWMN2330可能通过上调hla和saeRS的表达而增强金黄色葡萄球菌的毒力

金黄色葡萄球菌是一种机会性致病菌，可引起血流感染、心内膜炎等一系列感染性疾病。近年来，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的出现和增多，对该致病菌引发感染性疾病的抗生素治疗提出了巨大挑战。针对毒力因子的抗毒力策略是治疗金黄色葡萄球菌感染的有效新疗法，因此探究新型潜在的毒力因子可为治疗金黄色葡萄球菌感染提供理想的候选靶标。

日前，同济大学附属上海市肺科医院余方友教授课题组的一项研究报道了一种可对多种毒力基因具有调控作用的上游毒力调节因子NWMN2330，为MRSA临床抗毒力治疗方案的制订提供新思路。该研究发表在《Infection and Drug Resistance》，2022年影响因子为4.177。2017级硕士刘莉（导师为余方友教授）为该论文的第一作者，余方友教授为该论文的通讯作者。

该课题组在前期的研究中发现亚抑菌浓度的白藜芦醇可通过下调α-溶血素基因的表达从而降低金黄色葡萄球菌的毒力，其中NWMN2330 基因的表达也出现显著下调。因此，研究人员预探究该基因的表达是否与金黄色葡萄球菌的毒力相关。在该研究中，构建了金黄色葡萄球菌Newman的NWMN2330缺失株（Newman-ΔNWMN2330）和回复株（NewmanΔNWMN2330-C），以研究NWMN2330在金黄色葡萄球菌毒力中的作用。转录组测序结果显示，与金黄色葡萄球菌Newman相比，Newman-ΔNWMN2330中224个基因的表达存在显著差异（>2倍），其中91个基因上调，133个基因下调。生物信息学分析发现，这些基因参与多种代谢途径，包括金黄色葡萄球菌感染、细胞杀伤、类胡萝卜素生物合成、双组分调节系统、补体结合和氨基酸合成代谢。值得注意的是，转录组测序结果和RT-qPCR结果均提示NWMN2330基因可上调hla基因的表达，表明NWMN2330基因可能参与hla表达的调节。

溶血素的产生是金黄色葡萄球菌毒力的重要组成部分，而α-毒素是溶血素中最重要的毒素。研究通过ELISA定量检测α-毒素的量，发现Newman-ΔNWMN2330的产生量明显少于Newman。此外，Newman产生的溶血环明显大于Newman-ΔNWMN2330，而回复菌株的溶血环则与野生菌株相当。这些结果表明，NWMN2330能促进金黄色葡萄球菌溶血素的表达。此外，大蜡螟幼虫感染模型和裸鼠的皮肤脓肿模型均表明NWMN2330基因的缺失可显著降低金黄色葡萄球菌的致病性。

明确NWMN2330基因与金黄色葡萄球菌的致病性相关之后，课题组进一步探究可能的调控机制。双组分调控系统是一种调控多种毒力表达的调节因子。转录组测序数据提示，saeRS可能参与与NWMN2330对hla基因表达的调节。RT-PCR结果表明，当NWMN2330被敲除时，saeRS的表达显著下调，但是其他相关调节因子sarA没有下降趋势。该部分结果验证了作者的假说，即NWMN2330可能通过上调saeRS促进hla的表达。

该研究发现，NWMN2330基因可通过上调hla基因的表达，增强金黄色葡萄球菌的致病性。因此，NWMN2330基因可能是限制金黄色葡萄球菌感染的重要靶点。

https://doi.org/10.2147/IDR.S365314

CRE相关研究

中国多中心血流感染分离耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌的全基因组特征分析

多项全球研究表明，肺炎克雷伯菌是血流感染患者中最常见的分离株之一，近年来耐碳青霉烯类抗生素的肺炎克雷伯菌（CRKP）逐年增加，给公共卫生健康造成了极大的威胁。为制定有效策略，以遏制该耐药菌的形成和传播，我们需充分了解其分子流行病学特点。

日前，同济大学附属上海市肺科医院余方友教授课题组的一项研究描述了分离自中国8个省份的12 家医院的血流感染患者中的CRKP 的基因分子特征、耐药性和主要毒力基因的流行分布情况，为CRKP防控策略的制定提供有效线索。该研究发表在《Microbiology Spectrum》，2022年影响因子为9.043。哈肯萨克大学医学中心Astrid Cienfuegos Gallet博士后为该论文第一作者，余方友教授为该论文的通讯作者。

该研究分析了2015年4月至2018年11月中国8个省份的12家医院的147株CRKP。147株CRKP对所有 β-内酰胺类药物均表现出高耐药性（>90%），包括哌拉西林-他唑巴坦、头孢噻肟、头孢他啶、头孢吡肟、氨曲南、亚胺培南和美罗培南。在β-内酰胺类抗生素中，CRKP分离株对头孢他啶-阿维巴坦的敏感性较高（74.8%）。此外，CRKP分离株对其他抗生素也呈现高水平耐药，具备多重耐药菌的典型特征。

该研究中，大多数CRKP属于ST11型肺炎克雷伯菌 ( n=98, 66.6%)，其次是 ST45 ( n=12, 8.2%)、ST15 和ST290 ( n=8, 各占 5.4%)。此外，KPC为最常见的碳青霉烯酶（n=98, 66.7%），其次是 NDM（n=27,18.4%）和 IMP（n=3, 2.0%），以及与 KPC 组合的双碳青霉烯酶，NDM 或 IMP。耐药基因分析表明除编码碳青霉烯酶的基因外，87.1%的分离株携带以blaCTX-M-15（65.6%）和blaCTX-M-15（18.9%）为主的ESBL基因。氨基糖苷类抗生素的耐药性由氨基糖苷类转移酶介导。此外，72.2%的分离株可检测到gyrA和parC基因中喹诺酮类药物耐药决定区 (QRDR) 的几个突变。值得注意的是，该研究仅检测到一株含有mcr-1基因的菌株，其对多粘菌素呈现高水平耐药表型。

此外，为表征CRKP 分离株的毒力基因型，研究进一步分析了该类菌株的荚膜多糖类型。在13种荚膜类型中，KL64检出率最高 (n=75, 51.0%)，该新型荚膜与菌株毒力的增强和传播密切相关。其次是 KL47 ( n=22, 15.0%) 和 KL24 ( n=14, 9.5%)。荚膜多糖的分型与 ST分型存在关联，KL64 和 KL47 仅存在于ST11 型CRKP中，KL24 存在于ST45分离株中，KL19和KL48存在于ST15分离株中，而KL21存在于ST290分离株中。研究进一步分析了肺炎克雷伯菌其他关键毒力因子。研究人员在大多数分离株（n=123, 83.7%）中检测到耶尔森菌素，主要来自 ST11、ST15、ST290 和 ST45分离株。49.9% 的分离株（iuc1和iuc3）可检测到气杆菌素，8株携带沙门菌素（n= 8, 5.4%）。除铁载体相关基因，该研究还分析了高粘液表型相关的基因rmpADC和rmpA2的存在。rmpADC操纵子存在于25.2% ( n=37) 的分离株中，其中89.2% ( n=33) 的阳性分离物属于与毒力质粒 KP-VP-1 相关的等位基因rmp1。

为了解该类菌株的传播特点，该研究重点探究ST11和ST45两个优势克隆群的院内和院际传播情况。该研究在ST11菌群中鉴定出两个主要亚克隆 (n=98)，ST11-KL47 (22/98) 和ST11-KL64。不同医院的ST11克隆株存在不同的分子传播特点。在08号医院，检测到三个具有不同毒力基因谱的ST11-KL64 亚群在医院内传播。在医院 h02、h04 和 h05中检测到医院相关ST11菌株。在h04医院，检测到了10株ST11-KL64分离株，它们编码毒力因子耶尔森菌素、气杆菌素和RmpADC和KPC碳青霉烯酶。在h02医院中，发现ST11-KL47所致的多个病房（ICU、外科、胃肠病学和神经病学）感染，该克隆是耶尔森菌素阳性、气杆菌素阴性和RmpADC阴性、KPC 阳性并携带孔蛋白基因突变。

此外，该研究在山东省04医院新生儿科和儿科检测到ST45分离株的院内传播。2017年5 月至 2018年8月，检测到12例由 ST45-KL24克隆引起的早发性菌血症。所有分离株均呈NDM-1阳性，2株也同时携带KPC-2。值得注意的是，ST45克隆株感染儿童的所有血标本均在出生后一小时内采集，并分离出肺炎克雷伯菌，这表明医院获得的菌株从母婴垂直传播或环境污染。

在这项研究中，研究人员在几家医院检测到ST11特定亚克隆谱系的院内传播。重要的是，ST11克隆对用于治疗肺炎克雷伯菌感染的常规抗菌药物显示出多重耐药表型。在CRKP ST11-KL64 中频繁检测到耶尔森菌素、rmpA和气杆菌素提醒我们，抗菌素耐药性和毒力表型可能会集中在相同遗传背景的克隆株中，并在医院环境中传播。令人担忧的是，约75%的CRKP分离株与院内传播有关，因此，减少院内传播仍然是中国控制 CRKP血流感染的关键。

https://journals.asm.org/doi/10.1128/spectrum.02290-21?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori:rid:crossref.org&rfr_dat=cr_pub%20%200pubmed

ST11-KL47肺炎克雷伯菌中同时检测出编码 ArmA-、RmtB-、KPC-2和iuc操纵子的高危质粒

因抗生素治疗选择有限，产碳青霉烯酶的肺炎克雷伯菌(CRKP) 已成为对公共健康的巨大威胁。氨基糖苷类药物是治疗CRKP引起的感染的重要选择，与 β-内酰胺类药物联合使用可有效降低死亡率。然而，耐氨基糖苷类抗生素CRKP的检出率逐渐增多，极大的增加了治疗困难，表征该类菌株的耐药表型和传播特征将有助于制定有效措施防控其感染。

日前，同济大学附属上海市肺科医院余方友教授课题组的一项研究详细描述两株分离自血流感染病人，且同时对碳青霉烯类抗生素和氨基糖苷类抗生素高水平耐药的肺炎克雷伯菌的耐药特点、分子特征和传播潜力，为临床上该类菌株的防控提供线索。该研究发表在《Microbiology Spectrum》，2022年影响因子为9.043。上海市肺科医院检验科周迎博士为该论文的第一作者，余方友教授为该论文的通讯作者。

该研究从137株血流感染分离株中，依据二代测序的分子特征挑选出1632和1864两株肺炎克雷伯菌，因其同时携带有armA、rmtB（介导氨基糖苷类抗生素高水平耐药）和blaKPC-2基因（介导碳青霉烯类抗生素耐药），分子表型罕见。药敏实验表明，肺炎克雷伯菌1632 和1864具有相似的多重耐药特征，对所有 β-内酰胺类抗生素和氨基糖苷类抗生素，呈现出出高水平耐药，但仍对头孢他啶-阿维巴坦和替加环素敏感。全基因组测序（WGS） 分析表明，肺炎克雷伯菌1632和1864都属于ST11-KL47 分离株。研究人员在该菌株中检测到两个关键耐药质粒，其中rmtB和blaKPC-2共存于同一个耐药质粒上，具备共传播的潜力。此外，还观察到关键的毒力因子iutA-iucABCD操纵子与armA耐药基因共存于p1864-1质粒上，且该质粒赋予1864菌株高铁载体含量的毒力表型。

在1632菌株中，检测到两个关键的耐药质粒：p1632-1和p1632-2。p1632-1是 IncFII 型质粒（携带rmtB和blaKPC-2），尽管其携带有完整的接合模块，但是并未在实验过程发现其可以自主转移。进一步研究发现p1632-1质粒的接合系统分为三个不连续的部分，且缺乏两个关键的 IV型分泌系统 (T4SS) 相关蛋白 TraH 和 TraY，关键功能蛋白的缺失可以解释p1632-1质粒为何不可自主转移。p1632-2属于IncM2 型质粒，且含有接合转移必须的四个模块（oriT、松弛酶、IV 型偶联蛋白 （T4CP） 和 T4SS）。体外接合实验的结果表明p1632-2质粒可以高效自主转移（0.98×10 -1~1.96×10 -1）至转移到大肠杆菌J53中。

在1864菌株中，同样检测到携带相同耐药基因的两个质粒，但是其遗传特征与1632菌株中分离的两个质粒完全不同。armA阳性质粒p1864-1属于IncFIB质粒，具备接合转移能力，可同时传播armA耐药基因和iuc毒力基因。p1864-1质粒不仅使大肠杆菌J53的铁载体含量显著升高，同时也显着降低了大蜡螟幼虫的存活率。该结果揭示了可转移的p1864-1的质粒的高危害性。rmtB /blaKPC-2阳性质粒 p1864-2属于 IncFII 质粒，然而它缺少两个关键的接合转移模块：松弛酶和 T4CP 蛋白，这些发现表明p1864-2不能自我转移。然而，oriT位点为 p1864-2 质粒的诱动转移提供了可能。因此，p1864-2的传播威胁同样不容忽视。

除质粒外，其他可移动元件（MGEs）的作用，如插入序列 (IS) 和转座子 (Tns) 也有助于耐药基因的捕获、积累和传播。尽管 p1632-2（armA）和 p1864-1（armA）的遗传同一性很低，但armA基因周围的遗传区域在两个质粒中是保守的，它们由完整的Tn1548转座子携带。Tn1548序列两侧有两个IS 26元件，IS 26的转座运动可以促进armA质粒的进化。而p1632-1（rmtB /blaKPC-2）和 p1864-2（rmtB /blaKPC-2）质粒中，blaKPC-2基因由保守的Tn1721转座子携带，rmtB基因则嵌合于复杂的耐药基因岛（ARI）中。在 p1632-1中，rmtB与blaTEM相连，rmtB-bla TEM两侧有8个可移动元件，包括 IS 1D、IS 26、IS 91、IS kpn14和 Tn 3。在 p1864-2 中，MGEs 也是多样化且包含更多的耐药，形成了blaCTX-M-44-fosA3-blaTEM-rmtB ARI。ARI可在菌株间形成高活性传播，危害极大。

这项研究详细表征了两株同时对碳青霉烯类和氨基糖苷类抗生素表现出高水平耐药的肺炎克雷伯菌。该研究专注于armA和rmtB的罕见共存现象，这两种氨基糖苷类相关耐药基因的共存将严重限制临床治疗的选择。值得注意的是，该研究所发现的armA和iuc的质粒共转移可促进 hv-MDR肺炎克雷伯菌菌株的迅速出现，并提高宿细菌的毒力水平。作者表示，我们需提高对该类高危菌株的检测能力，并警惕该类菌株的临床传播。

https://journals.asm.org/doi/10.1128/spectrum.02371-21?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori:rid:crossref.org&rfr_dat=cr_pub%20%200pubmed

编码NDM-5、MCR-1 和 FosA3质粒的共存和共传播有助于广泛耐药的肺炎克雷伯菌的形成

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)已成为对全球公共卫生构成重大威胁的一类主要细菌病原体，因其可引起高致死性感染，并且治疗选择非常有限。替加环素、粘菌素、磷霉素和头孢他啶-阿维巴坦被认为是治疗CRKP感染最有效的抗菌药物，然而对这四种抗生素耐药的临床分离株经常出现。阐明相关耐药机制以及这些耐药表型在临床分离株中的传播潜力是解决抗生素耐药性的关键。

日前，同济大学附属上海市肺科医院余方友教授课题组的一项研究详细描述了一株携带多个耐药质粒的泛耐药肺炎克雷伯菌的耐药分子特征和质粒共传播潜力，为临床上该类菌株的防控提供线索。该研究发表在《Frontiers in Microbiology》，2022年影响因子为6.064。上海市肺科医院检验科周迎博士和2019级硕士艾文秀为该论文的共同第一作者，余方友教授为该论文的通讯作者。

该研究从一名71岁患者的血培养阳性样本中分离出肺炎克雷伯菌1678，该菌株不仅对碳青霉烯类抗生素具有高度耐药性，而且对包括替加环素、头孢他啶-阿维巴坦、磷霉素和多粘菌素在内的所有替代抗生素都呈现出耐药性。为进一步研究介导肺炎克雷伯菌1678广泛耐药 (XDR) 特征的相关机制，课题组使用全基因组测序（WGS） 深入描述了XDR细菌的基因组信息。研究人员在该分离株中发现了20多个耐药基因和5个耐药质粒。替加环素耐药的机制较为复杂。先前的研究表明，质粒携带的tet(A)基因突变可能是导致肺炎克雷伯菌对替加环素耐药的重要因素。然而，该研究发现该突变不可介导1678对替加环素的耐药性，RND 型外排泵AcrAB和OqxAB的过表达在其中发挥了重要作用。

除替加环素外，其他耐药表型均由耐药质粒所介导。p1678-3（fosA3）是典型的IncFII型质粒，具有完整的接合转移模块，与中国分离的第一个fosA3质粒（pFOS-HK151325）具有 81% 的相似性。IncX3型p1678-4 质粒是介导blaNDM-5基因的广泛传播的流行质粒，该质粒同样携带完整的接合转移模块，且与之前报道的第一个blaNDM-5质粒（pNDM-MGR194）高度相似。p1678-5质粒属于IncX4型质粒，携带有mcr-1耐药基因。研究表明，大多数携带mcr-1的质粒都是可转移的，而IncX4型质粒是携带该基因的流行质粒。

综上分析，1678中所分离的耐药质粒均为流行质粒，且具备自主转移能力。然而，这三种质粒在一种肺炎克雷伯菌中共存的情况罕见，且其共传播模式尚需研究和阐明。发现所有的质粒都可以高接合转移频率转移至受体菌株中（1.42 × 10–4 - 7.9 × 10–3 )。除了单个质粒的自主转移外，还观察到两个质粒甚至三个质粒的共转移，与单个质粒相比，两个质粒的共转移频率仅降低1-log。

为全面了解耐药基因的传播机制，研究人员进一步耐药基因的周边基因环境。发现IS 26是介导fosA3转移的关键元件，IS 26复合转座子的运动会促进fosA3周边基因环境的进化和改变，可插入新的耐药基因和毒力基因。blaNDM基因通常由Tn 125转座子携带，在p1678-4 质粒中，Tn 125被 IS 5、IS 26和 IS 300截断。p1678-4 中的这些新遗传背景可能会形成一种参与blaNDM-5转移的新机制。与其他携带mcr-1的 IncX4 型质粒类似，在 p1678-5质粒中鉴定出典型的IS 26-parA-mcr-1.1-pap2结构，其中pap2基因截断。相比第一个报道mcr-1质粒（pHNSHP45），复合转座子 IS Apl1的丢失可能会增加mcr-1的稳定性，并促进mcr-1基因的广泛传播。

在这项研究报道了 FosA3、NDM-5 和 MCR-1 编码质粒在肺炎克雷伯菌中的共存和共转移。这些质粒和各种移动元件的高传播率或共传播增加了泛耐药表型传播的风险，未来的研究仍然需要评估这种多重耐药分离株的流行情况。

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2021.811263/full

IncX8 质粒介导的 产KPC-3碳青霉烯酶的肠杆菌目细菌在中国内陆地区的播散

耐碳青霉烯肠杆菌目细菌（CRE）作为重要的致病菌，因流行范围广、致死率高，成为全球关注的公共卫生问题。多项研究表明，CRE的形成主要与碳青霉烯酶的产生有关。目前，肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶 (KPC) 是全球临床上最重要的碳青霉烯酶，其中 KPC-2 和 KPC-3 是最常见的突变体。在大多数 KPC 流行地区，KPC-3 呈现出与 KPC-2相当的流行率，并且在临床CRE 分离物中经常检测到这两种KPC突变体。值得注意的是，尽管中国是KPC流行地区，但 KPC-3在中国只是零星报道。

日前，同济大学附属上海市肺科医院余方友教授课题组的一项研究报道并详细表征了在中国爆发的产KPC-3酶的肠杆菌目细菌的感染爆发，其中涉及碳青霉烯类耐药基因blaKPC-3的克隆和水平传播，为中国地区该类菌株的潜在传播提供线索。该研究发表在《Emerging Infectious Diseases》，2022年影响因子为16.126。宁波市第一人民医院检验科陈岚主管技师、2019级硕士艾文秀和上海市肺科医院检验科周迎博士为该论文的共同第一作者，上海市肺科医院余方友教授和哈肯萨克大学医学中心Liang Chen教授为该论文的共同通讯作者。

在 2020 年 8 月1 日至 2021 年 6 月 30 日期间，该研究从中国某三级医院收集了 25 株对碳青霉烯类抗生素耐药的非重复产 KPC-3 酶的肠杆菌目细菌，其中粘质沙雷氏菌18株，肺炎克雷伯菌3株，大肠杆菌1株，霍氏肠杆菌2株和奇异变形杆菌1株。第一个KPC-3菌株(S. marcescens CG2008) 于 2020 年 8 月分离自3号楼的ICU-1病房。在此之后，在 2020 年 8 月至 2021 年 5 月期间在同一ICU 病房中检测到另外 4 株耐碳青霉烯类粘质沙雷菌。从2021年1月开始，还在2号楼的ICU-2病房同样分离出6株碳青霉烯类耐药的粘质沙雷菌。携带这些病原菌的患者主要入住我院2号和3号医疗楼的病房，大多数患者在同一时间共用同一病房，尤其是ICU-1和ICU-2的患者。值得注意的是，两栋楼由人行天桥相连，两栋楼之间人员（医务人员、患者和访客）和便携式医疗设备频繁流动，为楼内和病房之间细菌病原体的院内传播提供了很多机会。大多数患者有严重的基础疾病，并接受了涉及医疗器械的侵入性手术。此外，大多数患者的住院时间胶长，其中 6 名患者住院时间超过 6 个月。部分患者预后较差。近一半的患者（n = 12）在出院期间健康状况恶化，3名患者在住院期间死亡。从 2021年中开始（与 COVID-19 疫情同时发生），医院制定了强化感染控制措施，对患者环境进行净化，加强医疗器械消毒。这些措施最终控制该 KPC-3 CRE的爆发。

然后，研究人员对25株分离株进行相关药敏实验。结果表明，这些分离株均呈现多重耐药的特点，对所有β-内酰胺类抗生素(包括碳青霉烯类)表现出高水平耐药，但对阿米卡星、庆大霉素和头孢他啶/阿维巴坦仍敏感(CG2126除外)。在我国，头孢他啶/阿维巴坦自2019年开始获批用于临床治疗。然而，头孢他啶/阿维巴坦在包括中国在内的不同地区临床使用后很快出现耐药性，这种抗性通常与 KPC 酶的 omega 环突变有关。头孢他啶/阿维巴坦耐药性似乎在 KPC-3 中比在 KPC-2 背景中更频繁地发生，这可能是因为 KPC-3 对头孢他啶具有更高的水解活性。该研究的亚抑制浓度头孢他啶/阿维巴坦诱导实验结果同样表明，KPC-3菌株相比KPC-2菌株更容易在头孢他啶/阿维巴坦的使用过程中被诱导耐药。

为探究该研究中所分离的18株粘滞沙雷菌的遗传进化特点，研究人员将分离的18株菌与NCBI数据库中的748株粘质沙雷菌进行基于SNP的核心基因组系统发育分析。进化树分析结果显示，18株KPC-3粘质沙雷菌形成了一个单独的簇，与中国地区的KPC-2菌株存在7400个SNP差异，这表明KPC-3菌株属于一个独特的克隆。此外，该研究所分离的18株粘滞沙雷菌之间平均只存在7个SNP的差异，表明它们属于克隆传播。此外，该研究所分离的3株肺炎克雷伯菌属于ST65和ST967两个分型。其中，ST65-K2型肺炎克雷伯菌为典型的高毒力菌株，大蜡螟幼虫感染模型进一步验证了该菌株在获得IncX8型blaKPC-3质粒之后，致病性并不会降低。

通过全基因组测序分析发现，此次blaKPC-3基因在肠杆菌目细菌中的爆发，主要与IncX8质粒有关。体外接合实验也进一步证明，该研究中的典型质粒pCG2111-KPC-3可通过自我接合转移的方式传播进入其他菌株当中。值得注意的是，携带 blaKPC-3的InX8 质粒 pCG2111-KPC-3 与携带 blaKPC-2 的质粒 p13190-3 和 p15WZ-82_KPC 几乎相同，后者分别分离自中国肺炎克雷伯菌和水痘克雷伯菌株，这表明该类KPC-3质粒可能起源于同一IncX8 质粒上的单个氨基酸取代。然而，质粒 p13190-3 和 p15WZ-82_KPC 在 KPC-3 爆发（2020 年）前 7 年（2013 年）和 5 年（2015 年）被发现，表明携带 blaKPC-2 的 IncX8 质粒已经在中国存在，但并未引起爆发流行。进一步分析发现，与p13190-3 和 p15WZ-82_KPC相比，该研究分离的 KPC-3 IncX8 质粒在复制起点的iterons少了1个拷贝。iterons 对于质粒复制和抑制质粒过度复制是必不可少的。iteron 拷贝的缺失是否会影响质粒复制或拷贝数，从而导致质粒转移增加，尚不清楚，这需要进一步研究。尽管如此，该研究清楚地表明，IncX8 质粒可以跨不同的临床肠杆菌属物种转移。

该研究报告了KPC-3 肠杆菌目细菌在中国内陆地区的爆发，其中涉及碳青霉烯类耐药性的克隆和水平传播。该研究提示，我们未来应密切监测携带 blaKPC-3 的IncX8质粒和这些 KPC-3菌株在中国和其他全球地区的进一步传播。

https://doi.org/10.3201/eid2807.212181

结核/非结核分枝杆菌的研究

中国堪萨斯分枝杆菌微生物学特征以及引起肺部感染的临床特点

堪萨斯分枝杆菌是一种慢生长型非结核分枝杆菌，是人类重要的机会致病菌，可引起严重的肺部疾病。堪萨斯分枝杆菌病的流行因地区而异。在欧洲、日本和南非，堪萨斯分枝杆菌感染率很高。在临床上多数耐药结核分枝杆菌是由于染色体突变引起的，但非结核分枝杆菌的耐药机制还未知。

日前，同济大学附属上海市肺科医院余方友教授课题组的一项研究详细描述中国堪萨斯分枝杆菌临床分离株的分子鉴定和测定亚型、临床特征、地理分布和药物敏感性的特点，为临床上该类菌株的治疗提供线索。该研究发表在《Microbiology Spectrum》，2022年影响因子为9.043。上海市肺科医院检验科郭银娟硕士为该论文的第一作者，上海市肺科医院检验科余方友教授为该论文的通讯作者。

该研究利用全基因组测序对中国60株堪萨斯分枝杆菌进行检测，同时收集NCBI数据库中公布的36株堪萨斯分枝杆菌的全基因组测序结果，共计96株菌株，并将这些细菌进行对比分析，以完整表征其分子特征和遗传进化特点。

研究中超过90%的堪萨斯分枝杆菌分离自中国东部地区。患者年龄范围为17～85岁，平均年龄为44岁，50岁以下患者45例（75.0%）；男性44例（73.3%）。最常见症状为咳嗽（75.0%），其次为咳痰（61.7%）和咯血（28.3%）。合并既往肺结核、慢性阻塞性肺疾病（COPD）、支气管扩张者分别占21.7%、15.0%和8.3%。影像学检查结果显示，肺部阴影（86.7%）和浸润（63.3%）是堪萨斯分枝杆菌感染患者的主要特点，且约2/3的患者合并肺部空洞和结节。

根据ITS、rpoB、hsp65和tuf基因分型，该研究分离的60株堪萨斯分枝杆菌分离株均被鉴定为分子I型，其基因特点多种多样，共计4个分支。通过分析NCBI数据库的36株细菌以及该60株细菌的全基因组数据发现，与参考菌株ATCC12478相比较，少于200个SNP的菌株有88株，其中本组菌株的单核苷酸多态性（SNP）均少于20个，且在整个基因组中均匀分布；而来自巴西和德国的8株分离株的基因组显示出较大的异质性，其中大于1500个SNP但少于2000个SNP的菌株有6株，大于10000个SNP的菌株有2株。同时，与不同基因型相关的堪萨斯分枝杆菌分离株的成对平均遗传相似性（ANI）值超过85%，说明不同亚型之间的堪萨斯分枝杆菌分离株基因组也高度相似。

该研究中最早的堪萨斯分枝杆菌分离株是1983年分离自江苏，其中78.3%（47/60）的分离株是1999年以后分离出来的。所有的分离株都对利福平敏感。除1株分离株外，均对克拉霉素敏感。堪萨斯分枝杆菌对利福平、阿米卡星、莫西沙星和利奈唑胺的敏感率分别为80.0%、90.0%、88.3%和91.7%，但对环丙沙星和乙胺丁醇的耐药率很高，分别达到73.3%和76.7%。与结核分枝杆菌H37Rv相比较，在所有堪萨斯分枝杆菌分离株中观察到12个embCA 突变，且本组所有分离株均具有相同的rpoB、inhA、katG、rrl、rrs、rpsL、gyrA和gyrB基因序列。

该研究发现中国I型堪萨斯分枝杆菌分离株具备基因多样性，通过SNP分型可分为四个分支。堪萨斯分枝杆菌在全球范围内表现出较大的遗传多样性，但其耐药机制不一定与基因突变有关。堪萨斯分枝杆菌的耐药性可能与结核分枝杆菌对相同药物的耐药性具有不同的遗传决定因素。

https://journals.asm.org/doi/10.1128/spectrum.01475-21?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori:rid:crossref.org&rfr_dat=cr_pub%20%200pubmed

全基因组测序技术对早期阳性液体培养物直接测序预测结核分枝杆菌复合物药物敏感性

由结核分枝杆菌复合体（MTBC）感染引起的结核病（TB）是一种重要的传染病，对公共卫生健康带来严峻的挑战。不适当的治疗会延迟治疗并导致获得性耐药性的发展。因此，及时准确地检测MTBC的药敏性对于结核病的治疗和控制至关重要。

日前，同济大学附属上海市肺科医院余方友教授课题组的一项研究使用全基因组测序技术对早期阳性液体培养物来预测结核分枝杆菌的耐药性，为临床上临床用药提供有力的证据。该研究发表在《Microbiology Spectrum》，2022年影响因子为9.043。上海市肺科医院检验科吴小翠主管技师（博士在读）和上海中医药大学附属曙光医院谭光坤主管技师为该论文的共同第一作者，上海市肺科医院检验科余方友教授和结核科沈洪波教授为该论文的通讯作者。

该研究共选择182株临床分离株进行相关研究，并根据表型药敏实验确认菌株的耐药特征。其中，57.1%（104/182）对至少一种抗菌药物耐药，47.3%（86/182）对任何一线药物耐药，46.2%（84/182）对任何二线药物耐药。在所有分离株中，32.4% (59/182) 被确定为耐多药结核病（MDR-TB，至少对异烟肼和利福平耐药）。

研究人员进一步使用全基因组测序技术（WGS）检测了MTBC中的与结核分枝杆菌耐药相关的基因突变。在具有利福平耐药相关基因突变的 77 株分离株中，13株可检测到多个突变。11个分离株含有RRDR之外的突变。共有76 株（41.8%）分离株存在与异烟肼耐药相关的基因突变，包括katG（n  = 66）、fabG1 ( n  = 11)、ahpC ( n  = 5) 和inhA ( n  = 1)。52株具有遗传性乙胺丁醇耐药性，9个分离株有embA突变，47个分离株有embB突变。链霉素耐药相关基因分别为rrs、rspL和gid。其中，26株同时存在rspL和rrs突变，1株在三个链霉素耐药相关基因中均有突变。对于氟喹诺酮类药物，36个分离株（92.3%）显示gyrA基因突变，其中Asp94Gly 突变最为常见（n  = 19）。所有63株阿米卡星和卡那霉素基因型耐药菌株均为rrs基因突变，最常见的突变为1,402 C→A（n  = 59）和1,484 G→T（n  = 49）。对氨基水杨酸抗性基因突变仅在5个分离株中发现，而环丝氨酸抗性基因在该研究中未发现突变。

研究人员将WGS所提示的耐药突变与AST所提示的耐药表型进行比对，以评估WGS在耐药结核分枝杆菌的早期诊断价值。发现所有 11 种药物的平均一致性为85.6%，范围从 68.7%（阿米卡星和卡那霉素）到 96.2%（对氨基水杨酸）。WGS预测MTBC药物敏感性的敏感性和特异性分别为97.1%（89.8~99.6%）和90.4%（83.4~95.1%）。只有39株分离株存在一线药物（利福平、异烟肼和乙胺丁醇）的表型和基因型耐药结果不一致。103个分离株显示出耐药相关突变，但表型AST敏感。43个分离株没有显示出与耐药性相关的突变，但表型AST显示出对一种或多种药物的耐药性。

该研究发现，来自早期阳性液体 (MGIT) 培养物的 WGS 可能是预测抗结核药物耐药性的有前景的方法，尤其是利福平、异烟肼、莫西沙星和氧氟沙星。值得注意的是，一些突变与耐药性的关系仍需进一步研究，如rrs上的突变1,402 C→A和1,484 G→T 。

https://journals.asm.org/doi/10.1128/spectrum.02516-21?url_ver=Z39.88-2003&rfr_id=ori:rid:crossref.org&rfr_dat=cr_pub%20%200pubmed

核酸飞行时间质谱技术预测结核分枝杆菌耐药性

耐药性结核病仍然是引起全球公共卫生的重大威胁之一。抗结核药物使用不当可能会延缓治疗进展，甚至导致获得性耐药。因此，及时准确地检测结核分枝杆菌（MTB）的药物敏感性对于患者治疗和控制结核病传播至关重要。近年来，基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）利用其快速的周转时间，广泛应用于核酸、蛋白质等生物大分子的分析。然而，核苷酸MALDI-TOF-MS检测MTB耐药基因的研究非常有限。

日前，同济大学附属上海市肺科医院余方友教授课题组的一项研究全面评估核酸飞行时间质谱技术（nucleotide MALDI-TOF MS）预测结核分枝杆菌耐药性的性能，为临床上结核病的临床用药提供快速、有效的依据。该研究发表在《International Journal of Infectious Diseases》，2022年影响因子为12.074。上海市肺科医院检验科吴小翠主管技师（博士在读）和上海中医药大学附属曙光医院谭光坤主管技师为该论文的共同第一作者，上海市肺科医院检验科余方友教授和结核科沙巍教授为该论文的通讯作者。

该研究从上海市肺科医院检验科存储的结核分枝杆菌临床分离株菌中，随机选取115株利福平耐药和53株利福平敏感的分离株，利用核酸飞行时间质谱技术对3种一线抗结核药物（利福平、异烟肼、乙胺丁醇）和9种二线抗结核药物（链霉素、氧氟沙星、阿米卡星、环丝氨酸、乙硫异烟胺、卡那霉素、莫西沙星、氨基水杨酸和利福布汀）进行耐药相关基因突变鉴定，并以基于培养的表型药物敏感性试验结果为金标准，对分子耐药预测结果进行评估。

使用核酸 MALDI-TOF-MS 发现56个分离株（33.3%）bu存在与抗结核药物耐药相关突变。其余112株中，核苷酸MALDI-TOF-MS的总耐药率如下：利福平（106, 63.1%）、异烟肼（91, 54.2%）、乙胺丁醇（50, 29.8%）、链霉素（64, 38.1%)、阿米卡星 (14, 8.3%)、卡那霉素 (15, 8.9%) 和氟喹诺酮类 (44, 26.2%)。通过核苷酸 MALDI-TOF-MS 鉴定了与 MTB 中抗结核药物耐药相关的突变。有 106 株rpoB基因密码子突变与利福平耐药相关。在 91个分离株中，在inhA-15 (n=14) 和katG315 (n=79)的两个密码子中发现了与异烟肼耐药相关的突变。在 50个分离株中鉴定出与乙胺丁醇耐药相关的突变，最常见的突变位于embB306的密码子。 链霉素耐药突变株64株，其中rpsL43突变株54株， rpsL88突变株10株。有14个分离株存在与对阿米卡星和卡那霉素耐药相关的rrs1401突变，1个分离株存在与对卡那霉素耐药相关的rrs1402突变。此外，44个氟喹诺酮类耐药菌株在gyrA基因的密码子90和密码子94处发生突变。

进一步评估核酸飞行时间质谱技术预测的耐药性与药敏实验的一致性。课题组发现，核酸飞行时间质谱技术对利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、阿米卡星、卡那霉素、氧氟沙星、莫氟沙星各种抗结核药物的总体敏感度和特异度结果分别为92.2%和100.0%、90.9%和98.6%、71.4%和81.2%、85.1%和93.1%、94.0%和100.0%、77.8%和99.3%、75.0%和93.3%、75.0%和93.3%。168株分离株对所有药物的平均一致性为91.3%，范围为79.2%（乙胺丁醇）至99.4%（阿米卡星）。对利福平、异烟肼、阿米卡星和卡那霉素的耐药预测值均大于90%，对乙胺丁醇、链霉素、阿米卡星、卡那霉素、氧氟沙星和莫氟沙星的药物敏感性预测值均大于90%；一致性分别为利福平94.6%、异烟肼90.1%、乙胺丁醇79.2%、链霉素89.9%、阿米卡星99.4%、卡那霉素97.0%，氧氟沙星88.1%、莫氟沙星88.0%。

这项研究使用了核酸飞行时间质谱技术预测了结核分枝杆菌的药物敏感性，结果表明，核酸飞行时间质谱技术是一种有前途的快速检测上述抗结核药物敏感性的方法。

https://www.ijidonline.com/article/S1201-9712(22)00261-2/fulltext#seccesectitle0021

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编辑：唐强虎 审校：方琪