能不能正常退休最关键的因素只有两条，一是基本养老保险的缴费年限最低达到15年；二是达到法定的退休年龄。只要同时满足这两个条件，都能正常办理退休手续，和是否缴纳医疗保险或是新农合没有必然联系。
从题主的意思来分析，估计这里讲的社保，是狭义的社保。广义的社保，是社会保险的总称，包括了基本养老保险、基本医疗保险、失业保险、生育保险、工伤保险等五险。
狭义的社保，是指在社保机构和医保机构分设以后，由人社部门经办的基本养老保险、失业保险、工伤保险被称为社保；由医保部门管理和经办的基本医疗保险，生育保险被称为医保和生育保险。在缴费时都是将医疗保险和生育保险合并在医疗保险费用中缴纳。
对于灵活就业人员来讲，很多人口中的社保，主要指的是基本养老保险，缴纳城镇职工基本养老保险的，被称为城镇社保，缴纳城乡居民基本养老保险的，被称为居民社保或是农村社保。虽然这些都是口语化的表述，在长期使用中大家也明白其中的意思，但总体上这种表述还是不规范的。
按照题主的意思，翻译过来就应该是在单位只缴纳了职工基本养老保险，在农村买了新农合，缴费满15年能正常办理退休吗？当然是能够正常办理退休的。但是需要纠正的是以前农村的新农合，现在已经合并为城乡居民基本医疗保险。
不管是以前的新农合也好，还是现在的城乡居民基本医疗保险也罢，都和办理退休没有关系，能否办理退休的关键还是养老保险，而且是养老保险的缴费年限达到15年，达到法定的退休年龄。
在单位工作如果只缴纳养老保险，过去有这种情况存在，但是随着社保法的实施，缴纳养老保险、医疗保险、失业保险、生育和工伤保险，是用人单位的责任和义务，同时也是员工应当享受的权利。如果到了社保法实施以后，用人单位只为职工缴纳基本养老保险，这是明显的违法行为，也不符合现在的法治环境和形势，职工是可以要求用人单位为自己缴纳五险的。
在单位只缴纳养老保险，虽然不影响按时办理退休，但由于不能享受基本医疗保险的退休待遇，还需要一直缴纳新农合，就是现在的城乡居民基本医疗保险，才能享受医疗保险待遇。由于城乡基本医疗保险的报销比例比较低，最高支付限额比较低，这对个人的医保待遇的享受也是一种比较大的损失和遗憾。
最佳的操作办法是在单位缴纳养老保险的同时，要同时缴纳职工基本医疗保险，停缴农村的新农合，这样在退休后不但有基本养老金待遇，如果医疗保险的缴费年限达到参保地规定的缴费年限，还能享受退休后的医保待遇，这才是比较完美的退休方式，才能愉快的享受退休的后的生活，做到了养老就医两不愁。
综上所述，你在单位只缴纳了社保，也就是职工基本养老保险，在老家缴纳新农合，只要职工基本养老保险的缴费年限达到15年，达到法定的退休年龄，正常办理退休手续是完全没有问题的。但由于在退休前没有缴纳职工基本医疗保险，退休后还需要每年缴纳新农保或是城乡居民基本医疗保险，才能继续享受医疗保险的待遇，这也算是退休生活的一种遗憾。
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