1661年，“天下英才，半数尽出江南”的江南省被一分为二，昔日的超强省份便逐渐退出历史舞台。江南省的范围包括今天的上海市、江苏省和安徽省以及江西省婺源县、浙江省嵊泗列岛等地区，一个省的赋税曾经占全国的三分之一，每期科举中一个省的上榜人数占了全国的一半。
江南省的前身则是明朝的南直隶，此处为了便于大家理解，我从元朝的行省制度说起。1279年，崖山海战，10万军民投海殉国，南宋灭亡，元朝正式开始在全国实行统治。但是这个马背上的蒙古族，打仗在行，管理起国家却是焦头烂额，封建农奴制度更是让曾经生活富裕的南宋故民非常不满，在元朝不足百年的统治中，宋朝旧地的叛乱从未停止。元世祖忽必烈于是在地方上建立行省，中央设中书省，开创我国省制之端。
1368年，凤阳穷苦人家出生的朱元璋，靠着多年的刀尖舔血，完成逆袭，推翻元朝的统治，但元朝的行省制却被保留了下来。朱元璋起初想把都城建立在老家凤阳，而不是南京，因为他觉得南京距离中原太过遥远，不易威慑北方。而凤阳正好处在明王朝的正中心，且有长江、淮河作为天险防卫，运输粮食也很方便。
但是刘伯温却嫌弃凤阳的风水不好，“凤阳虽帝乡，非建都地”很多不想从奢华南京搬到偏远凤阳的大臣纷纷附和刘伯温，朱元璋只好作罢。但是，刘伯温为了让朱元璋心里舒服点，就想出了个两全其美的方案，提议建立南直隶，这样做不仅可以让凤阳拥有首府地位，也可以保全南京的帝都身份。
1420年，朱棣在“靖难之役”后夺得皇位，并迁都北京，建立北直隶，与南直隶南北呼应。朱棣在南京留下了一整套中央办事机构，南京作为陪都。因此，明朝时期，中国的政治版图可以简要概括为“两京十三省”，即南北直隶和13个承宣布政使司。
南直隶虽然各方面都很强，但是明朝统治者并不担心它会发生造反和割据。因为这是一个由朝廷直接把控的地方，而且这里是全国最富，没有天灾、没有战乱，谁会放着好日子不过，铤而走险。反观清朝，害怕这个地方叛乱或割据，将此地一分为二，结果光一个江苏就在200多年内发动了超300次的“反清复明”运动。
清朝入关后，1645年，顺治废除了明朝的南直隶和南京的陪都地位，改为江南承宣布政使司，后来又改为江南省。清朝初期，天下尚未完全统一，东南有朱氏南明，西南又有其它割锯势力，再加上清朝皇室内部自身矛盾尖锐，斗争不断。而作为清廷主要的财源和人材库之一的江南省，其稳定性和安全性就至关的重要了，1661年，为了更强有力的管理，防止第三方势力利用富裕的江南省作大作强而危及朝廷，顺治便开始将完整的江南省拆成两块，江南右布政使司，江南左布政使司，分而治之。
1667年，康熙将江南右布政使司改为江苏布政使司，江南左布政使司改为安徽布政使司。乾隆当政时期，在《清一统治》中明确省的命名，江苏取江宁府和苏州府之首字而来，安徽取安庆府和徽州府之首字。此时的安徽、江苏两省共有三省会：江宁是安徽和江苏共享的省会，安庆是安徽省会，苏州是江苏省会。1760年，乾隆在七下江南后，苏州的省会地位被废除，安庆依然是安徽的省会。
抗日战争爆发后，日军沿着长江南下，安徽省会安庆沦陷，安徽省政府被迫从安庆迁出，先后暂驻立煌、芜湖、合肥等地区。1952年8月7日，中央人民政府重建安徽省，8月25日，安徽省人民政府在合肥市正式成立，合肥成了新安徽的新省会。
而江苏曾经因为国民党定都南京，南京由省会升级为首都，同时选择了距离南京比较近的镇江作为江苏省的省会。1953年1月1日，国民党败退台湾4年后，江苏省重新建立，南京再次成为了江苏省的省会。
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