在生态保护及补偿方面，政府起着主导作用，仅“十三五”期间全国财政安排生态环保资金约4.4万亿元，未来每年生态环保财政支出将超1万亿元，如何分配好这笔巨额财政资金关系着生态保护效果。
9月12日，中办、国办印发《关于深化生态保护补偿制度改革的意见》（下称《意见》），其中对生态环保资金分配给出相关要求，总体来看改进相关资金分配办法，聚焦国家生态安全重点区域等，让保护生态环境的地方不吃亏。
受经济下行压力等因素影响，未来财政收入将维持中低速增长，但刚性财政支出有增无减，财政收支矛盾加大，尤其是生态保护区域的基层市县财政收支矛盾较大，非常依赖中央和省的纵向转移支付。
此次《意见》明确，加大纵向补偿力度。结合中央财力状况逐步增加重点生态功能区转移支付规模。继续对生态脆弱脱贫地区给予生态保护补偿，保持对原深度贫困地区支持力度不减。各省级政府要加大生态保护补偿资金投入力度等。
根据财政部数据，上述“十三五”时期的约4.4万亿元生态环保财政总支出中，中央财政支出约1.9万亿元，占比超四成。根据上述《意见》，未来中央财政会继续加大相关生态环保转移支付，这对地方来说十分重要。
近些年不少全国人大代表、政协委员的建议、提案中，都涉及增加当地生态环保转移支付内容，如何科学合理地分配好这笔巨额转移支付资金十分关键。目前多数生态环保转移支付采取因素法来分配。
此次《意见》要求，突出纵向补偿重点。比如对青藏高原、南水北调水源地等生态功能重要性突出地区，在重点生态功能区转移支付测算中通过提高转移支付系数、加计生态环保支出等方式加大支持力度，推动其基本公共服务保障能力居于同等财力水平地区前列。各省级政府要将生态功能重要地区全面纳入省级对下生态保护补偿转移支付范围等等。
2021年中央财政重点生态功能区转移支付预算约882亿元，未来这笔中央财政近千亿级资金将向生态功能重要性突出地区倾斜，省级也将加大投入力度，不让这些区域保护环境的老百姓吃亏。
另外，《意见》还要求改进纵向补偿办法。比如，引入生态保护红线作为相关转移支付分配因素，加大对生态保护红线覆盖比例较高地区支持力度。探索建立补偿资金与破坏生态环境相关产业逆向关联机制，对生态功能重要地区发展破坏生态环境相关产业的，适当减少补偿资金规模。
此举可以更好地激励地方落实好生态环保责任。除了中央财政对地方的纵向转移支付外，省际省内流域横向生态保护补偿机制也很重要。
此次《意见》要求，健全横向补偿机制。比如推动建立长江、黄河全流域横向生态保护补偿机制，支持沿线省（自治区、直辖市）在干流及重要支流自主建立省际和省内横向生态保护补偿机制。对生态功能特别重要的跨省和跨地市重点流域横向生态保护补偿，中央财政和省级财政分别给予引导支持。
目前这方面工作正在快速推进。比如目前长江经济带11个省市都建立了省内的流域生态保护补偿机制，在这个基础上，还先后建立了5条跨省际的流域横向生态保护补偿机制，调动了上下游地区之间开展长江生态保护修复工作的积极性。
为深化生态保护补偿制度改革，《意见》还要求，发挥财税政策调节功能。比如发挥资源税、环境保护税等生态环境保护相关税费以及土地、矿产、海洋等自然资源资产收益管理制度的调节作用。继续推进水资源税改革等等。
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