金匮肾气丸首见于张仲景所著《金匮要略》一书，一般认为其功效在于温补肾阳，历版《方剂学》教科书也将其作为温补肾阳的代表方而归于补阳剂中。
但由于对金匮肾气丸的组方用药和配伍意义的认识一直有不同的观点，因而对金匮肾气丸的功效也有不同的认识。那么，究竟应该怎样认识金匮肾气丸的功效呢？我认为金匮肾气丸的功效不在温补肾阳，顾名思义当为补益肾气。若其功效为温补肾阳，那方名似以肾阳丸或温肾丸更妥。金匮肾气丸具有补益肾气的功效，可以从以下几个方面分析得知。
肾气乃由肾精所化生，即精化为气。若肾气不足，气因精而虚者，当补精化气。我们认为金匮肾气丸的配伍特点是方中重用干地黄八两，干地黄滋补肾阴、益精填髓；又用山萸肉四两，山茱萸不仅能补肾固精，又有收敛固涩的功效。因为肾中之精气还赖于水谷精微的补充与化生，方中同时佐以山药四两、茯苓三两，其作用在于健脾益肾，助后天之本。
以上诸药可充肾气化生之形质，使肾气化生有源。然而仅用滋肾益精之品，未免缺乏生机，肾气不能由之自动化生，所以，方中加入桂枝、附子各一两，以温肾助阳。附子味辛性大热，主人肾经，能入下焦峻补肾阳，《本草求真》称之为“补先天命门之火第一要剂”。桂枝辛热之性虽不如附子，但不可否认其同样有温阳之功。
然而从方中用药比例来看，温阳药所占较小。这种配伍，其目的不在峻补肾阳，而是通过温阳以化气，也就是取其少火以生肾气之意。即《医宗金鉴》所论：“此肾气丸纳桂附于滋阴剂中十倍之一，意不在补火，而微微生火，即生肾气也。故不叫温肾，而名肾气。金匮肾气丸方配伍的精妙之处，不仅在于滋肾填精药物和温补肾阳药物的配伍，更在于此两类药物用量的轻重不同。方中倘若仅用滋肾填精之味，则甘味之药往往会阻碍脾运，不仅难以化生成肾中精气，而且易成阴寒之邪损伤元气。
同样，倘若方中重用温补肾阳之桂附，或许能获一时之效，但因桂附气厚性烈，日久势必耗损精血，不仅使肾气化生无源，而且会使虚损加重。而金匮肾气丸剂型为丸剂，丸者缓也，有一个缓慢起效的过程，需长期给药，此其一；其二，金匮肾气丸在《金匮要略》中所治有五：虚劳，脚气，痰饮，消渴，转胞（中医妇科病），皆不属于急切之间即可痊愈的急性病证，也需持续治疗。
由此可见，也正是由于金匮肾气丸中此两类药物的巧妙配伍，才使肾气得以不断地化生。应该指出的是，认为金匮肾气丸有温补肾阳的功效，很重要的一点就是从“阴中求阳”的配伍方法来认识的。如五版《方剂学》教材就认为：本方配伍之法，属于“阴中求阳”之类，正如张景岳说：“善补阳者，必阴中求阳，则阳得阴助而生化无穷。“阴中求阳”、“阳中求阴”，是张景岳根据阴阳互根的原理提出的阴阳偏衰的治疗方法。
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