生物信息学常用分析软件

随着生物信息学作为一门新兴交叉学科越来越倍受关注，数据分析成为了目前生物信息学研究的热点，今天小编跟大家分享一部分常用分析软件。

GENEIOUS

GENEIOUS是一款综合性生物信息学软件，用于分析和处理生物信息学数据，支持序列比对和系统学分析、引物设计、克隆和限制性分析、使用NCBI和EMBL、BLAST、蛋白质结构查看、自动化医学搜索等功能。

https://www.geneious.com/

DAVID、KOBAS、GOplot

在进行差异基因表达分析时，得到显著差异基因后，接下来就需要分析这些基因参与了哪些功能，常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析，所以小编推荐使用在线分析工具DAVID与KOBAS进行KEGG通路富集分析，使用GOplot绘制高颜值的GO分析图。

DAVIDBioinformatics Resources 6.8

https://david.ncifcrf.gov/tools.jsp

KEGG Orthology-Based Annotation System (KOBAS)

http://kobas.cbi.pku.edu.cn/genelist/

GOplot

http://cran.r-project.org/web/packages/GOplot

Evolview

Evolview是一款强大的进化树在线编辑软件，可用于绘制出高颜值的进化树，并提供17种示例树及5个具体项目示例。除此之外，它还可导出多种格式的文件，包括pdf、svg、tif、png，绘制好的进化树可永久保存在网站内或共享。主界面由7个部分组成：（1）logo，点击图标会在弹出面板中显示Evolview使用情况的统计数据；（2）标题栏；（3）快速访问工具栏；（4）搜索框；（5）树样式；（6）数据集控件，数据集可容易使用图标操作，用户可选择隐藏用户数据面板；（7）画布，显示可视化结果。Evolview允许用户以各种格式保存数据，包括Newick、Nexus、NHX、PhyloXML，以及图像格式如SVG、PNG、TIF、PDF。另外，Evolview网站是免费访问的，对所有用户开放，没有登录要求，并免费注册账号，即可在服务器上保存用户的数据。

https://www.evolgenius.info/evolview/

RSeQC

RSeQC是一款RNA-Seq质控工具，提供一系列有用的小工具能够评估高通量测序，其中一些基本模块包括检查序列质量、核酸组分偏性、PCR偏性和GC含量偏性，还有RNA-Seq特异性模块如评估测序饱和度、映射读数分布、覆盖均匀性、链特异性、转录水平RNA完整性。

http://rseqc.sourceforge.net/#

Pathview

Pathview是一个可视化KEGG通路的R包，是一个基于路径的数据集成和可视化工具集。可从KEGG网站下载KEGG通路，并进行个性化处理，它在相关的通路图上绘制和呈现各种各样的生物数据。即可绘制基因与代谢通路热图。Pathview可自动下载路径图数据，解析数据文件，将用户数据映射到路径，并使用映射的数据呈现路径图。此外，Pathview还与路径和基因集(富集)分析工具无缝集成，实现大规模、全自动的分析。

https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/pathview.html

To install this package, start R (version"4.1") and enter:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("pathview")
browseVignettes("pathview")

antiSMASH

antiSMASH的英文全称是antibiotics & Secondary Metabolite Analysis Shell，是目前寻找代谢基因簇最好的软件，一般情况下，参与代谢途径中生物合成酶的基因在染色体上成簇排列，基于指定类型的模型，可以准确鉴定所有已知的次级代谢基因簇。在antiSMASH中，将次级代谢基因簇分为了24类。antiSMASH依赖的软件有ncbiblast、hmmer、glimmer3、GlimmerHMM和muscle。能够识别所有已知次生代谢物类的生物合成位点(聚酮类、非核糖体多肽、萜烯类、氨基糖苷类、氨基香豆素类、吲哚咔唑类、抗生素类、细菌素类、核苷类、β -内酰胺类、丁内酯类、铁载体类、黑色素等)。它从包含所有其他已知基因簇的数据库中，将基因簇级别的识别区域与它们最近的亲属进行比对，并在一个交互视图中整合或交叉连接所有以前可用的次级代谢产物特定基因分析方法。

http://antismash.secondarymetabolites.org

OrthoMCL

OrthoMCL是一款直系同源基因聚类软件, 它不仅能得到多个物种共有的直系同源基因, 还能够分别获得不同物种特有基因家族的扩张情况。OrthoMCL提供了一种可扩展的方法来构建跨多个真核生物分类群的正同源群，使用Markov聚类算法来分组（假定的）正同源和副同源。当应用于两个基因组时，这种方法执行类似于INPARANOID算法，但可以扩展到聚类来自多个物种的同源物。OrthoMCL已应用于七个公开基因组（人类、苍蝇、蠕虫、酵母、拟南芥、疟疾寄生虫恶性疟原虫和大肠杆菌）的蛋白质组数据集。

https://orthomcl.org/orthomcl/app

DNAStar

DNAStar是一款序列分析软件，由EditSeq MegAlign、GeneQuest MapDraw PrimerSelect Protein SeqManII七个模块组成，MegAlign模块可对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示，并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。

https://www.dnastar.com/

DNATools

DNATools5.1软件可快速获取、储存和分析序列及数据库查询获得的序列相关信息。DNATools包容性很好。当程序不能辨别序列的格式时，比如通过寻找常用序列格式的特征，会显示这个文件的文本形式，以便你编辑生成正确的蛋白或DNA序列，编辑后再被载入程序中。如果序列是DNATools格式，如DNA或寡核苷酸序列，程序不加注解的载入序列，程序模式调整为可接受载入的数据类型，如蛋白、DNA和寡核苷酸引物序列。在一个项目中可加入几千个序列或引物，并在整个项目中分析这些序列及标题。这个程序的一个特点是给每个序列或引物添加文本标题，这样就可用自定义的标题识别序列。

https://rdrr.io/cran/DNAtools/

BioEdit

BioEdit是一款具有序列分析和序列对比功能的软件，界面友好，集成其他已经很有效果的序列比对软件。BioEdit还有很多有用的相关站点连接。虽然该软件看起来结构简单，但可充性很强，可自由整合很多软件，如viewtree。

https://bioedit.software.informer.com/7.2/

Phylip

Phylip是最通用的进化树分析软件，主要包括五个方面的功能软件：

1. DNA和蛋白序列数据的分析软件；

2. 序列数据转变为距离数据后，对距离数据分析的软件；

3. 对基因频率和连续的元素分析的软件；

4. 把序列的每个碱基/氨基酸独立看待时对序列进行分析的软件；

5. 按照DOLLO简约型算法对序列进行分析的软件；

6. 绘制和修改进化树的软件。

https://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

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