近日，国际MetaSUB联盟（地铁与城市生物群落宏基因组学及元设计联盟）报告了迄今为止规模最大的全球城市微生物宏基因组学研究结果。该项目从全球60个城市的公共交通系统和医院收集了样本，进行了测序和分析，并对所有已确定的微生物物种进行了全面注释，包括参考数据库中没有的数千种病毒和细菌以及两种古细菌。相关研究成果刊登于Cell杂志（题：A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance）。文章的通讯作者是来自威尔康奈尔医学院 (Weill Connell Medicine) 的Christopher Mason教授，他同时也是国际MetaSUB联盟的主要负责人。
在本研究中，研究人员用不含DNA和RNA的棉签收集样本，并将样本以及阳性和阴性对照组送到WCM实验室进行分析。大部分序列的分析和组装都是在匹兹堡的极端科学和工程发现环境（XSEDE）超级计算机上完成的。本研究结果基于来自六大洲的4728份样本，这些样本是在3年内采集的，表征了区域抗菌素耐药性标记。基于这些数据，研究人员成功绘制了世界上第一个系统性的城市微生物生态系统目录。
除了不同城市具有不同微生物特征外，分析还揭示了31种核心微生物物种，这些物种在97%的样本中都有发现。研究人员确定了4246种已知的城市微生物，但还发现，任何后续的采样都可能继续发现以前从未见过的物种，这凸显了在城市环境中发现微生物多样性和生物功能的原始潜力。
这项新研究对检测已知和未知的微生物感染暴发，以及研究不同城市环境中耐抗生素微生物的流行情况具有重要意义，它还有助于得到微生物生命进化的新发现。MetaSUB联盟的瑞士研究人员Andre Kahles和Gunnar Rätsch发布了一个全球DNA序列门户网站（MetaGraph），该网站索引了所有已知的基因序列（包括MetaSUB数据），并将已知或新发现的基因元素映射到它们在地球上的位置，有助于发现新的微生物相互作用和功能。
关于 国际MetaSUB联盟
国际MetaSUB联盟全称为“The International Metagenomics and Metadesign of Subways and Urban Biomes”。2015年，Christopher Mason创建了国际MetaSUB联盟，该联盟现已扩展到收集空气、水和污水，以及硬质表面样本，并负责监督诸如每年6月21日举行的全球城市采样日等项目。联盟进行了广泛的研究，包括在2016年夏季奥运会前、期间和之后对里约热内卢的城市表面及其蚊子的全面微生物分析。另一个项目于2020年启动，重点调查新冠病毒和其他冠状病毒在家猫中的流行情况，他们还计划为2021年日本东京奥运会开展一个项目。
原文链接：
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)00585-7
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