南通礁虽小其价值并不小，坐守资源宝库，扼守南海主航道
我国南沙群岛岛礁众多，基本集中在南海中部海域，南海南部及东南部海域岛礁较少，并且相距距离较远，南通礁就是一座位于南沙群岛南部的岛礁，且拥有巨大的价值。
南通礁位于皇路礁之南约89公里处，位于琼台礁之北约143公里处，是一个独立于深海上的封闭型干出环礁，孤立高地发育而成的珊瑚礁体，环礁长约1.9公里，宽约1公里，面积约1.6平方公里。
南通礁是一座台礁，礁体中无潟湖，水深4至5米，低潮时有大部分礁石露出水面，即使是高潮时也有海拔1.2至1.8米礁石露出水面，高潮时环礁成节不连续，所以我国渔民也称南通礁为丹积或丹节，南通礁附近海域自古就是我国渔民的传统渔场，周围海域渔业资源丰富，盛产赤瓜参。
相对于数量庞大的南海岛礁而言，南通礁的礁体环境可以说并不出众，但南通礁的价值是比较高的，虽然整个礁盘面积仅为1.6平方公里，礁盘中又无潟湖，但其为干出礁，开发建设难度较小，小小的南通礁，虽然小，但具价值并不小，南通礁的价值还体现在另两个方面。
其一南通礁坐守沙巴盆地、曾母盆地，这两大盆地蕴藏了丰富的油气资源。沙巴盆地和曾母盆地含有高达150亿吨以上的油气资源，南通礁离沙巴盆地和曾母盆地非常近，其礁体已处在富含油气海域范围之内，如果南通礁作为中转站或补给站进行开发建设，对南海油气资源的开发利用可以提供巨大保障，南通礁可以看作是一把打开南海能源宝库的钥匙。
其二南沙群岛岛礁众多，暗礁险滩不计其数，大型船舶想要快速通过南海，只能走暗礁险滩较少的航道。除了油气资源之外，南通礁还处在南海运输线上，南通礁扼守南海东航线，整个南海南北方向有两条主要海运线，一条是南海西部的国际航道，一条是南海东部的南沙海槽水道。
南沙海槽是南沙群岛与巴拉望岛的地理分界线，是一条漫长而巨大的深海沟，南沙海槽位于南沙群岛的东南缘，是一条长680公里，宽80-120公里，水深2000至3300米的东北向水槽。海槽之外，海底骤然凸起，形成海底高地，许多海底高地孤立而起，离水面较近，在珊瑚礁的帮助下，慢慢发育成了南沙群岛中的众多岛礁。
南通礁南距我国曾母暗沙约277公里，距文莱约213公里，北距我国永暑岛约376公里，西距我国万安滩约410公里，从马六甲海峡进入南海的船只，如走南海东部航道则必经过南通礁海域，然后沿着南海海槽水道一路北上。南通礁虽然小了点，但将来开发建设后，对维护南海东部航道安全、海难救援、远洋服务等具有重要作用。
1935年中华民国政府公布的地图中对南通礁做了准确标注， 1987年11月我国南海考察队在礁上竖立标志。上世纪八十年代初马方在南通礁礁坪上修建了一座混凝土灯柱，塔高约8米。1988年文莱宣布其对其拥有主权（马方通过交换后同意），但文莱并未在礁上驻守，南通礁现仍为无人礁，我国对南通礁进行不定期巡控。
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