明朝的国子监是当时的最高学府和教育管理机构。
为了培养人才，朱元璋大力兴办学校推行教化。
“治国之要，教化为先，教化之道，学校为本。”（《明太祖实录》）
元至正十九年（公元1359年）正月，朱元璋下令在婺州开设郡学，聘请儒士叶仪、宋濂为五经师，戴良为学正，吴沈、徐原等为训导，这是朱元璋设立的第一所学校。
至正二十五年（公元1365年）九月，朱元璋下令在元朝集庆路学旧址建立应天府学，设博士、助教、学正、学录、典乐、典书、典膳等官职，任命许存仁为博士。
明朝建立后，应天府学改为国子学。明朝洪武元年（公元1368年）二月，朱元璋下诏在国学以太牢祭祀孔子。
国子学地处应天城的中心地带，繁华热闹，缺乏安静的学习环境，而且校园不大，可容纳的学生数量有限。
随着学生人数的不断增加，朱元璋多次下令建造国子学房舍。洪武元年三月，朱元璋下令增修国学斋舍；洪武二年三月，下令增筑国子学舍；洪武六年二月，增筑国子学舍一百多间。
可是国子学的房舍仍然不够使用，朱元璋决定迁址重建。
经过用心选址，洪武十四年（公元1381年）四月，朱元璋下诏在鸡鸣山下重建国子学，令工部尚书陈恭挑选材料、招集工匠，金吾前卫亲军指挥谭格监督施工。
新校址环境清幽，十分适合读书学习。
洪武十五年三月，朱元璋下诏改国子学为国子监，设祭酒一人，从四品；司业一人，正六品；监丞一人，正八品；典簿一人，博士三人，助教一十六人，全部从八品；学正三人，正九品；学录三人，从九品。
这年五月，新建的国子监顺利竣工，新校舍正式投入使用，旧国子学改为应天府学。
国子监按照左庙右学的布局建造。教学区的正堂称为彝伦堂，是祭酒、司业办公的场所，左边是祭酒、司业讲课的地方。彝伦堂后面有六堂，分别是率性、修道、诚心、正意、崇志、广业，是学生学习的场所。祭祀区的正殿是祭祀孔子的大成殿。祭祀区的东边是教师和学生的生活区，学生的宿舍称为号房。
五月十七，朱元璋亲临国子监，拜谒先师孔子，行释菜礼，然后为学生亲自讲解《尚书》的《大禹》、《皋陶谟》、《洪范》等文章。
国子监的学官各司其职，祭酒是国子监的主管官员，司业协助祭酒管理国子监。监丞执掌绳愆厅，负责监督师生的纪律。博士负责给学生讲课，每位博士专门讲授《周易》、《诗经》、《尚书》、《春秋》、《礼记》中的一门课程，同时讲授《大学》、《中庸》、《论语》、《孟子》。助教、学正、学录负责辅导学生学习。
“祭酒、司业，掌国学诸生训导之政令。”（《明史》）
洪武二十四年正月，朱元璋下令更改国子监的品秩及官员数量。祭酒一人，从四品；司业一人，正六品；监丞一人，正八品；典簿一人，博士五人，助教十五人，都是从八品；学正十人，正九品；学录七人，典籍一人，都是从九品。
洪武二十六年，中都国子监并入京师国子监。
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