他是清初大儒，精通经史，与兄长并称“江东二毛”

我国传统的经史之学发展到清代进入了一个大总结和大调整期，此时的学术走向议论者众，但有个朴学大师不管如何褒贬都是绕不过去的，他就是与兄长毛万龄并称“江东二毛”的毛奇龄先生。

毛奇龄，字大可，又名甡，号秋晴，一曰初晴，学者称西河先生。萧山人。他幼年的时候聪颖过人。据说他耳闻母亲口授的《大学》即能成诵。明末大名士陈子龙很喜爱他，给毛奇龄补了诸生。毛奇龄早年参与过一阵子抗清活动，后来明亡，他就隐居不出了。直到康熙年间，应试博学宏词科，被授予翰林院检讨的职位，充《明史》纂修官。后来又当了一段时间的会试同考官，因为有腿疾，就请假辞官回乡不复做官了。

毛奇龄的学术研究领域很广，经史子集无不涉猎。但自负在经学，而且喜欢翻案。在我国的《尚书》学史上今古文之争可谓贯穿始终。古文尚书自宋吴棫后学界多疑其伪，到阎若璩已经被证明是伪书，但毛奇龄写了古文尚书冤词。力争古文尚书为真。另外，他还特喜欢找当时的学界名人踢馆，比如顾炎武、胡渭等人都曾被他驳难。

在哲学方面，他尊崇王阳明，抨击朱熹《四书集注》，撰《四书改错》。毛奇龄以为，应该在认识上以知代行，在本体上以心代物。所谓闭户造车，出门合辙。在对“格物”的理解上，他以为，就格物而论格物，非知本之学，而知本即格物。何谓知本？就《大学》言，一以修身为本，则本在修身；一以诚意为本，则本在诚意。而修身以诚意为本，由诚而正，即时正时诚，循环以至于尽，是谓物有本末。知物之本末，格物也；知所先后，致知也。在道学正统的问题上，他以为程朱道学来自道家，而《宋史．道学传》以程朱为正统，那么后来史传不宜有道学。圣学既然包括道学，谓阳明非道学则不可，但与道家有关之道学则无阳明，而阳明故儒也。阳明为儒而朱熹为道，此即道家之道，异学也。“圣学道学之争，实亦朱学王学之争，西河以朱子为异学而主阳明，在清初是王学之皎皎者。”

在《周易》研究方面，他于隐居杭州的时候，写成仲氏易一书，“一日著一卦，凡六十四日而书成，讬於其兄锡龄之绪言，故曰“仲氏”。”又著推易始末四卷，春秋占筮书三卷，易小帖五卷，易韵四卷，河图洛书原舛编一卷，太极图说遗议一卷。其言易发明荀、虞、干、侯诸家，旁及卦变、卦综之法。奇龄分校会闱时，阅春秋房卷，心非胡传之偏，有意撰述，至是乃就经文起义，著春秋毛氏传三十六卷，春秋简书刊误二卷，春秋属辞比事记四卷，皆条例明晰，考据精核。

在《诗经》研究方面，他著有毛诗续传三十八卷。

毛奇龄还懂音律，曾作竟山乐录四卷，及《乐本解说》、《皇言定声录》等。除潜心经学外，对地方志也有研究，著有《湘湖水利志》3卷、《萧山县志勘误》3卷。

毛奇龄的诗词写得也很好，本身是一位诗词大家。《<四库全书>总目提要》说“奇龄善诗歌乐府填词，所为大率托之美人香草，缠绵绮丽，按节而歌，使人凄怆，又能吹箫度曲。”他的《西河词话》，对词曲的发展演变影响深远。比如他有一首《江城子》就写的脍炙人口，“ 日出江城鸡子黄。照红妆。动江光。采莲江畔，锦缆藕丝长。欲问小姑愁隔浦，长独处，久无耶。赭门东上海潮青。古西陵。雨冥冥。越王宫女，着屐在樟亭。亭下教兵遗竹矢，秋日晚，堕鸦翎。””

毛奇龄的著述过多，后人多有微词，比如全祖望在《西河别传》有云，"西河所撰过富，经后儒审正，有造为典故以欺者---有信口臆说者---有前人之言本有出，而妄斥为无稽者---有因一言之误而诬其终身者---有贸然引证而不知其非者----”

毛奇龄于九十一岁时去世。死前他自撰墓志铭，提出死后“不冠、不履，不易衣服，不接受吊客”。他的门人弟子众多，比较著名的有李塨、邵廷采等人。