1、腐皮镰孢菌根腐病是非嫁接黄瓜的主要根腐病种类。
主要为害根和根茎部。根部初呈水浸状，后引起腐烂，变干呈褐色，但茎基部并不缢缩。茎部初呈水浸状，后表皮变淡黄褐腐烂，且腐烂处的维管束变褐，不向上发展，后期病部水腐，剩下维管束呈丝麻状。病株下部叶色较淡，强光下中午萎蔫，早晚恢复。严重时不能恢复，病部变糟，产生粉红色霉状物，仅留丝状维管束，枯死。
本病与枯萎病的不同点是：维管束变褐只限于腐烂部分，不再向上发展。
诊断要点：一是地下茎基部腐烂，缢缩不明显；二是茎基部导管变褐色；三是茎基部后期导管变褐色，但不向上发展，即地上部茎的导管不变色。
2、拟茎点霉根腐病是当前嫁接黄瓜的主要根腐病种类。
结果后陆续发病。病程较长，开始白天叶片出现萎蔫，晚上或阴天尚可恢复，持续几天后，下部叶片开始枯黄，且逐渐向上发展，导致瓜条发育不良。发生上述情况有2种：一是嫁接苗属于黑籽南瓜部分近地面的茎基部出现水浸状变褐腐败，致使全株死亡；二是茎基部不出现水浸和腐败症状，南瓜和黄瓜的维管束也不变褐，掘取根部可见细根基部变褐腐烂，主根和支根的一部分也出现浅褐色至褐色，严重时根部全部变褐色和深褐色，后细根基部全部发生纵裂，并在纵裂中间可能发现灰白色黑带状菌丝块，在根皮细胞可见到密生的小黑点。
综合防治要点：
1、高温高湿有利于发病，浇水后注意排湿。
2、增施生物菌肥，另外在灌根药剂中，混掺生物菌肥(叶面肥)效果更好。
3、灌根药剂可选：多菌灵、络氨铜水剂、广枯灵、恶甲水剂、多菌灵+福美双等药剂。混掺生根剂，例如：生根壮苗剂、丰收一号、甲壳丰等。
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