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对于克罗恩氏病，科学家尚不确定确切原因是什么。然而，关于可能导致克罗恩氏病和其他形式的炎症性肠病（IBD）原因的理论正在缩小，目前的想法是，它可能是多种因素的复杂相互作用，包括基因，免疫系统参与和环境触发因素。（详见：治疗克罗恩病的最新技术。J胃肠。2018; 53（9）：989-998。doi：10.1007 / s00535-018-1479-6）
基因
弄清楚克罗恩病如何遗传的确切性质是需要时间的，因为尽管一段时间以来人们已经知道克罗恩病是 “家庭传染病 ”，但还不清楚这种病是如何发生的。
科学家现已鉴定出约200个基因，这些基因可能与克罗恩氏病有关。（详见：遗传学家庭参考。克罗恩病）
患有克罗恩病的人中有2％到14％的人都有亲戚也患有这种疾病，这意味着大多数患有IBD的人实际上没有亲戚患有这种疾病。
但是，对于家庭成员患有IBD的人，患该病的风险会增加。人们认为，仅仅拥有基因的因素不足以发展成克罗恩氏病，还必须有一个或多个“触发器”导致IBD的发展。因为并非每个携带与克罗恩病相关基因的人最终都会患病，所以可以理解，病因不仅包括遗传因素，还有其他方面的原因。
自身免疫反应
克罗恩氏病通常被描述为自身免疫性疾病，或者最近被称为免疫介导的疾病。这是因为人们认为该疾病实际上源于免疫系统的问题。
由于科学家尚不清楚的某些原因，可能会触发免疫系统来“攻击”消化系统的健康部分。这就是经常用抑制免疫系统的药物来治疗克罗恩氏病的原因。当免疫系统受到抑制时，它可以减少过度活跃免疫系统对消化系统进行攻击。
免疫系统中的失火可能来自某种过敏反应，导致大量嗜酸性粒细胞释放。 嗜酸性粒细胞是抵抗过敏反应的细胞。这样做会释放出有毒的化合物。研究表明，患有克罗恩病的人的血液和组织中过量的嗜酸性粒细胞之间存在关联。（详见：嗜酸性克罗恩重叠性结肠炎并文献。J克罗恩斯结肠炎。2011; 5（3）：256-61。doi：10.1016 / j.crohns.2011.02.009）
环境触发因素
即使考虑了遗传和免疫系统因素，克罗恩氏病的促发因素仍可能还有更多。
科学家们还认为，一种或多种环境因素可能与克罗恩的成因有关。
目前尚不清楚这些触发因素中有多少或它们如何与克罗恩氏病的其他潜在原因相互作用。正在研究的一些可能的触发因素包括：（详见：克罗恩病：流行病学，诊断和管理。梅奥诊所 2017; 92（7）：1088-1103。doi：10.1016 / j.mayocp.2017.04.010）
· 抽烟。香烟会使克罗恩病恶化，因此鼓励患有该病的人不要吸烟。当前吸烟或过去吸烟的人患克罗恩氏病的风险增加。
· 非甾体抗炎药（NSAIDs）。这些常见的止痛药可能与克罗恩病发作加剧有关。目前尚不清楚它们在疾病发展中可能发挥的作用。
· 抗生素。有证据表明，尤其是在生命的早期，抗生素的使用可能会导致克罗恩氏病的发展。在某些人中，抗生素也与疾病的发作有关。
· 避孕药。有证据表明，避孕药（避孕药）可能会增加患克罗恩氏病的风险。
· 地理位置。克罗恩氏病在工业化国家中更为普遍，尤其是在北美和西欧，尽管在亚洲和南美，发病率正在上升。
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