亲政后，朱翊钧最出名的事，就是几十年不上朝
朱翊钧登基后的教育工作，由权臣张居正直接负责，张居正开给万历皇帝的教学日程，堪称最牛课程表：每次日讲，要先读《大学》十遍，再读《尚书》，然后讲官们陆续进讲。听完课之后，还要看奏折，并提出处理批改意见。
歇口气之后，接着是“午讲”，也就是历史课，学习历代王朝兴衰的典故。而且，只听还不行，皇上还要随机提问题，由讲官来负责解答。对这填鸭式教育，朱翊钧表示十分适应，每次听课，都表现优良，提的问题都特别精到，就连阅读奏折的时候，也常能透过细节发现问题。一次，朱翊钧看奏折，发现直隶上年处决犯人的奏疏日期不对，一年前的案子，一年后才报给自己，立刻下令严查。一查，才知道，原来是刑部办事官员刘体道回家休假，因而耽误了。于是，倒霉的刘大人，就这样被贬官了。
为了敦促朱翊钧好好学习，张居正老师脑洞大开，甚至还进行“忆苦思甜”教育。命朱翊钧学习太祖朱元璋的《皇陵碑》，即朱元璋回忆自己早年贫苦艰辛往事的碑文，果然把朱翊钧感动的稀里哗啦，不但向张居正表示自己阅后很悲痛，更在宫里下旨，命令太监宫女都要好好学习。
自那以后，朱翊钧便有意的向群臣表现自家的学习精神，每次上完课后，都让太监拿着书给讲官们展示，说皇上每天读书十分用功，这些书都读很多遍。还秀学习成果，最爱秀的就是自家书法，经常亲自赐墨宝给大臣们，尤其是给张居正。
张居正一开始很高兴，谁知赐了没几次，便十分生气，一次朱翊钧刚给张居正写了一幅字，立刻被张居正劈头盖脸上奏训一顿，说皇上您应该成为一个圣君，而不是书法家，会写字就行了，别整天练个没完。这事之后，朱翊钧十分憋屈，一直到张居正过世后，才重新开始研究书法。
朱翊钧在位时期，明王朝的内外战争极多，比较有名的就是“三大征”，其实萨尔浒之战前，明王朝还有两次颇具影响的战争，一次是万历十三年（公元1585年）正月开始的平缅战争，一次是万历十八年（公元1590年）开始的河洮之战。
这两次战争，从决策到战争进程，朱翊钧本人的态度，和群臣都是相悖的。一次是大家不让打，朱翊钧偏打了，一次是大家都要打，朱翊钧偏不打。
先是平缅战争，万历十三年（公元1585年）正月，长期向北蚕食中国云南领土的缅甸，悍然发动了对明朝云南地区的全面入侵，战报传来后，申时行等内阁重臣，皆反对与缅甸开战，原因是云南地处偏僻，且中缅交界地区，明王朝甚少有直属军队，多为土司统治，可谓鞭长莫及。
明朝内阁大学士王锡爵，甚至拿出朱元璋不征越南的例子，来反对开战决议，对此朱翊钧回复了一句话：缅甸不是安南（越南），我也不是太祖朱元璋。开战之后，明朝政府军与当地土司密切配合，取得斩杀缅甸军数万的“攀枝花大捷”，收复自明朝嘉靖年间以来，缅甸侵吞中国的所有领土（后来又被清王朝给搞丢了）。
另一次“河洮之变”，起因则因鞑靼可汗扯立克悍然进犯青海地区，杀明朝总兵李连芳，消息传来，群臣一片喊打声。但朱翊钧却力排众议，虽然任命宣大总督郑洛主持战事，但密令郑洛不要冒然开战，而是采取分化瓦解策略，拉一支，打一支，最终平息动乱。被认定昏庸的朱翊钧，在国家大事上，却有他刚猛果敢的一面。
亲政后的朱翊钧，最出名的事，就是几十年不上朝。但即使不上朝，国家大事他也不糊涂，朱翊钧最大的本事就是用人。群臣曾建议从朝廷大臣里选派封疆大吏，接着，被他一顿批，说没上过战场的京官怎么能戍边？甚至还曾下令，只要是人才，可以破格越级提拔。
后来，在青海立下边功的郑洛，便来自他的慧眼识英。而且一旦决定用谁，朱翊钧的态度便十分坚定，哪怕周围各种构陷弹劾，也从不为之所动。他任命李如松提督辽东，任命徐贞明开垦京郊农田，都招来反对声一片，弹劾奏章满天飞。朱翊钧却从不动摇，相关弹劾一律压住：天塌下来朕顶着，你就给我放心做事。事实证明，他都对了。
甚至连民生细节问题，朱翊钧也很明白，内阁大臣们曾奏请在京城开发水田，各位臣子们妙笔生花，把开发水田的美好前景说的天花乱坠，朱翊钧耐着性子听半天，最后吐槽一句：南方气候温和，北方气候干燥，要是碰上干旱，水田怎么办？就这一句话，令各位“能臣”顿时哑火，一场开发闹剧也就及时叫停。
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