网易首页 > 网易号 > 正文 申请入驻

Nature Comm | 进化树“再现性危机”!新研究发现系统发育树存在9% -18%的不可重复性

0
分享至

  责编 | 逸云

  近日,浙江大学农业与生物技术学院沈星星研究员、陈学新教授以及美国范德堡大学Antonis Rokas教授课题组联合在Nature Communications发表题为An investigation of irreproducibility in maximum likelihood phylogenetic inference的研究论文,阐明了系统发育树存在9% -18%的不可重复性危机。

  

  研究结果可重复或可再现性是科学界的基石。在过去的几年里,科学家对已发表结果可重复性的担忧不断增加,导致了“再现性危机”一词的出现。系统发育树是进化生物学研究的基础。例如,系统发育树通常被用来研究基因、基因组、物种的演化过程。2013年报告称:由于缺乏数据公开化,6277/7539(83.3%)研究课题的系统发育树是不可重复的。这一研究促使了多个公共存储数据库的诞生(如figshare)。

  公共数据库提供的信息是否足够系统发育树的重复构建?此外,系统发育树的构建参数、计算资源(CPU处理器型号、线程数等)均存在差异。这些差异是否会导致不可重复的系统发育树?什么原因导致不可重复的系统发育树? 如何规避不可重复危机?回答这一系列问题有利于提高系统发育树的再现性,同时为系统发育学软件开发者提供重要的指导依据。

  

  图1

  该研究收集了15个动物、植物、真菌系统发育基因组学数据集(总共19414个基因比对数据)。这15个数据集包含非编码DNA 、外显子、氨基酸三类数据集。基于19414个基因数据集,该研究检验了常用系统发育树构建软件IQ-TREE和RAxML-NG可重复性。对每一个基因,运行两次完全相同的参数(Run1和Run2),并比较Run1和Run2产生的系统发育树是否一致(图2A)。研究结果表明:IQ-TREE和RAxML-NG分别存在81.9%和90.7%的系统发育树可重复。比较IQ-TREE和RAxML-NG之间,仅20.3%系统发育树可重复(图2B和C)。利用UCE、AHE等捕获技术收集的数据存在更高比例的不可重复性。

  

  图2

  如何提高系统发育树的可重复性?除了基本必备的参数(如基因、软件信息、替换模型、树搜索的数量),还应该提供处理器类型、线程数量和随机起始数的信息(图3)。考虑到系统发育基因组数据集中存在的成百上千个基因,一个更实用的方是公布每个分析的日志文件。因为日志文件包含所有关键参数 (例如基因名、程序名、树搜索的数量、替代模型、处理器类型、线程数量和随机起始数)。

  

  图3

  浙江大学农业与生物技术学院沈星星研究员为论文第一作者兼共同通讯作者,美国范德堡大学Antonis Rokas教授为共同通讯作者。浙江大学陈学新教授给予大力支持和悉心指导。范德堡大学和威斯康星大学麦迪逊分校的李远宁博士后、Chris Hittinger教授也参与了该研究。

  https://shenxlab.com/

  https://www.nature.com/articles/s41467-020-20005-6

特别声明:以上内容(如有图片或视频亦包括在内)为自媒体平台“网易号”用户上传并发布,本平台仅提供信息存储服务。

Notice: The content above (including the pictures and videos if any) is uploaded and posted by a user of NetEase Hao, which is a social media platform and only provides information storage services.

相关推荐
热点推荐

《赘婿》:宋轶实力演绎什么叫最痛的沉默,让人相信哀莫大于心死

禅语一人生
2021-03-02 07:48:53

清晰的轮廓、明净的氛围——新希腊主义唯美风格画家莱昂·杰罗姆

唯美品鉴
2021-03-02 01:28:38

3月1日起实施,停止营业,佩戴口罩!

最瑞典
2021-03-01 14:13:52

40岁的女人为什么会“来者不拒”?听听这三个女人的心里话!

共执桔梗枝
2021-03-02 11:18:16

98年混血体育老师,36E南半球甜美面庞性感身材,你还会逃课吗

肚皮健身
2021-02-25 14:59:23

犹太人上门兜售核原料,中央高层喜出望外,周总理严令:查明真伪

孤风婉史
2021-02-28 08:44:48

潜水员发布神奇照片,情趣用品掉到了海里?

鲁晓芙看欧洲
2021-02-27 02:54:01

股市年中将进一步下跌?

金评媒
2021-03-02 13:51:30

末节17分!全场狂轰39+14+9!再这样打下去,他要抢MVP了

野球帝
2021-03-02 11:48:29

曝辽宁男篮正式放弃福格!转签NBA级大外援,曾场均22+11

篮球大陆
2021-03-02 12:22:08

李小璐真是墙倒众人推,悼念吴孟达竟被网友骂到失声

阿猫悦读
2021-02-28 19:36:50

已无人问津!运营9年后 Intel关闭处理器超频质保计划

快科技
2021-03-02 10:28:07

姚策才是最幸运,郭威老婆有志气,许妈妈幸福来了!

星途列车
2021-03-01 15:58:49

82岁老人网恋3年被骗12万 “女友”竟是男儿身

看看新闻Knews
2021-03-02 14:25:04

台军退役“上校”:发动战争决定权在大陆,台湾无法“以拖待变”

海峡导报社
2021-03-02 08:42:05

帮弟弟付完首付,还要每月还三千五房贷,女儿泪崩:我工资才五千

天天故事谈
2021-03-02 13:07:42

重磅新闻!华西村陨落,苏宁引入国资,一切都在加速洗牌?

杨国英观察
2021-03-01 19:30:33

事关台湾海峡,美舰闯大祸了,24日解放军采取行动,不再口头警告

前沿时刻
2021-02-28 12:55:25

15岁被判,服刑68年,美国83岁黑人男子出狱后:“这么多高楼啊……”

北辰摘要
2021-03-02 04:20:06

斥资2332亿,台积电将在美国建6座芯片厂!中国发出全球合作信号

金十数据
2021-03-02 08:37:15
2021-03-02 16:45:06
BioArt植物
BioArt植物
植物科学领域最新研究进展
4251文章数 5761关注度
往期回顾 全部

科技要闻

特斯拉全自动驾驶要来了!马斯克:Q2推出

头条要闻

全国首案!因一时激愤 女子从三楼连扔2把菜刀被判刑

头条要闻

82岁老人与2女子网恋3年被骗12万 "女友"身份不简单

体育要闻

19年不胜屈辱终结!哈登率篮网创历史

娱乐要闻

王鸥穿长裙秀身材 眉眼间显熟女范

财经要闻

汽车要闻

奥迪RS e-tron GT亮相 续航472km/年内入华

态度原创

时尚
旅游
家居
艺术
教育

出道4年2位顶流男友 这女人怎么那么厉害?

旅游要闻

火车票仅需11.5元,沿途风景让你看不够

家居要闻

香港富婆晒372㎡半山豪宅 厨房有"聚财"风水宝位

艺术要闻

苏州博物馆西馆10月开放

教育要闻

延迟退休会影响年轻人就业吗?专家:没必要担心