1948年，历史的大动荡，将清华大学所有的情谊斩断，继续上演大动荡中屡屡重演的悲欢离合。清华永远的校长梅贻琦先生离开了守护了22年的清华大学，随国民党南下，随后东渡台湾。从此天人永隔。终此一生，梅贻琦先生再未踏上故土半步。
梅贻琦左五
随之改变的还有服务清华多年的教授的命运，随着历史风云跌宕起伏，继续上演人间一幕幕的悲惨剧，诉说着他们的才情壮志，幽微无奈，从其进退见风骨。
不可能留下
作为清华大学的校长，中共曾经委婉地希望梅先生能够留下来，继续主政清华。但是这是不可能的。因为和梅先生主张的治学思想完全相悖，梅先生曾说过：“所谓大学者，非谓有大楼之谓也，有大师之谓也”。
事实上梅师决不可能留下，更不能（留下）主长清华。
梅师一生尊重学术自由，不干涉教授与同学个人的政治思想，
中共接收清华之后，即有改造清华之计，
联大三校各自复员，（其他两校均得到）大事扩充。
……唯我清华被削减为工业专科大学。
……清华的菁华——文、理、法、三个学院，完全归并入北大。
名教授叶企孙、冯友兰、陈岱孙、周培源等多人皆由清华园迁移到前燕京大学校园。
清华大学不但不再是个全科综合性大学，清华园内整个的学术气氛完全改观了！
回与不回两徘徊
梅先生离开大陆后，在大陆的清华校友始终没有中断欢迎老校长回去的声音。虽然这种声音也是经过授命的。
北京解放初期，周恩来总在协和医院礼堂向北大、清华两校教授们一次讲话时曾说：“梅贻琦先生可以回来嘛，他没有做过对我们不利的事。”
而此时远在美国的梅贻琦，选择了观望。他没有回绝清华校友的邀请，只是托从美国回到大陆的校友对清华说：如果清华需要国外的图书仪器，他可以设法购寄。
事情到了1952年，国内院校开始大调整。清华大学从一个全科综合性大学变为一个全部的工科大学。清华园内整个的学术气氛完全改观了。
此时的梅先生决定不再回来。
保管庚子赔款——清华创校基金
八国联军侵华后，清政府签订辛丑条约，开始割地赔款。后来美国第一个主动退还庚子赔款，但是要求必须用于教育，于是清华学堂诞生，庚子赔款成为清华的创校基金。
这批数量庞大的创校基金始终由清华大学校长梅贻琦先生保管。梅先生掌握着这笔基金的参与管理权和签章使用权，按规定，只有中国的教育部长和清华校长一致同意，才能动用基金。
而这批创校基金，时至今日，依然在服务清华大学，只不过不是大陆的清华大学，而是台湾的清华大学。每年7、8月时新竹清华会收到支票。
复建国立清华大学
经过1952年的院校调整，清华大学已被完全外科手术。梅先生对回到中国不再抱有希望。决定在台湾复建国立清华大学，重拾清华荣光。
梅贻琦先回到台湾，勘察校址，经过多次考察，清华校址定在新竹。建筑工程费用由台湾政府承担，随后梅校长赴美对接清华创校基金拨划事宜，进而订购图书、设备，延聘教师等，用于新建的清华大学。
新竹的清华大学
梅贻琦先生也把大陆时期的治校理念带到了清华大学，继续推行蔡元培先生的“兼容并包”精神。同时外铸民主思想，内造学术自由，他对左右派的思想兼涵并容，从不干涉。
2017年7月，台湾清华大学共设有理、工、原子科学、人文社会、生命科学、电机资讯及科技管理10个学院。梅先生提议创立的原子能研究所，在众多科研院系中显得格外扎眼，如今已是树木参天，造福台湾人民。
而他保管的庚子赔款清华创校基金，每年还会收到美国的支票，数目庞大，继续造福新竹的清华大学。
2010年公布的英国泰晤士报世界大学排名，台湾清华名列世界第107名。
文脉火种
清华大学在台湾复校，只是曾经在大陆的院校的一个缩影。随后东吴大学、圣约翰大学等在台湾复校。而学校的治学理念都是大陆的班底。量小却质高。
1949年，随国民党政府流亡孤岛的知识分子们，“他们得到了天空，却失去了大地”，他们在被日本皇民化和孤悬海外多大半个世纪的台湾，广播中华文脉火种，发扬和保护中华文化，带出了一批批国学学养深厚的衣钵传人。实现了他们当初自己都认为难以的理想。而且成果至今大陆难以超越。
中华传统道德价值观“忠孝、仁爱、信义、和平、四维、八德”，成了台湾主干道的路名。传统文化平被铺在了台湾城市的路面上，他们以润物细无声的方式，将中华传统文化浸润到这个孤悬海外已经半个多世纪并且早已经和中华文化渐行渐远的台湾的每一寸土地上。
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