关于明惠宗朱允炆的下落，六百年来一直众说纷纭，这无疑是大明历史上的第一大最引人注目的悬案。朱棣攻破南京之时，没有人能确定朱允炆是否被大火烧死。后世对他的帝业抱同情心的学者们都愿意说他当时逃离南京。大明官方自然只能说建文帝及其长子已死于靖难中，要不然朱棣怎么能名正言顺的称帝？
关于建文帝朱允炆的去向，主要有以下几种说法：
1、朱棣宣布朱允炆死于火中
据永乐年间的史料记载，朱允炆继位后，听从兵部尚书齐泰和大常卿黄子澄之言，开始削藩。朱棣在被逼无奈之下，发起了“靖难之役”，短短三年时间，朱棣便兵临南京城下。朱允炆求和被拒后，李文忠之子李景隆打开金川门喜迎朱棣入城。
朱允炆自知大势已去，只得已下令焚宫，大火熊熊之际，朱允炆携皇后马氏跳入火中自焚，妃嫔侍从大都随之跳火而死。朱棣入宫后，搜索宫中三日搜查朱允炆，宫内侍人均说建文帝已自焚，并找到一具惨不忍睹的烧焦的尸体，朱棣只得以天子礼葬朱允炆。
朱棣只能对外宣称建文帝死于火中，尸骨已确认。这条布告连朱棣自己都不相信，更何况是天下悠悠之口。明朝并不具备DNA检测技术，跳火之人很多，随便找几具尸体，说就是朱允炆及其长子朱文奎的尸首。朱棣也就来个顺水推舟，不然会影响登基。至于寻找朱允炆真身，那就是后来的事情了。
2、民间流传朱允炆削发为僧
清代吕安世和近代蔡东藩等人认为朱棣破城后，朱允炆本想一死了之，但少监王钺告诉朱允炆说：你祖父（朱元璋）临死时，留下一个铁箱子，让我在你大难之时交给你，我一直秘藏在奉先殿。大家急忙打开一看，里边有度牒三张、僧衣三件、剃头刀一把、白金十锭、遗书一封。
遗书写明：“朱允炆从鬼门出，其余人从水关御沟走，傍晚神乐观西房集合。”建文帝等三人剃头换衣后，只带了九人来到鬼门。鬼门是太平门内的一扇小矮门，仅可一人出入，外通水道，建文帝等人出了鬼门后，就看见水道上有艘小船，船上僧人自称名叫王升，并向建文帝叩首称万岁。
建文帝甚为疑惑，僧人解释道：“我是神乐观住持，昨夜梦见太祖皇帝，叫我在此等候并接你入观为僧。”在《明史》里记载： 明成祖朱棣当了皇帝后，也曾怀疑建文帝削发为僧外逃了。于是他就将建文帝的主录僧溥洽关进监狱长达十余年，逼他供出建文帝下落，但并没有得到什么结果。
3、野史流传朱允炆逃到东南亚
民间野史中传说朱允炆逃到了东南亚，宫中失火后，建文帝从密道带领数人逃离南京之后，便往泉州方面逃跑，之后便与商队秘密前往东南亚。永乐年间的郑和下西洋的任务之一便是寻找建文帝。
另据《胡濙传》记载，都给事中胡濙遍行它乡16年，搜寻建文帝下落。直到朱棣死前的一个晚上，胡濙告诉朱棣，建文帝离开宫后，既没有去神乐观，也没有去东南避难，而是被溥洽所救，藏在江苏吴县普洛寺内，他已无复国之意。据传永乐二十一年，建文帝死于江苏吴县穹窿山，终年46岁。
当时燕军将南京皇宫团团围住，建文帝完全可以用插翅难逃来形容了。令据考察，南京故宫中并没有传说中的鬼门和水路。建文帝应该清楚朱棣的狠辣，假如被朱棣抓住，绝不会有好下场。至于朱棣为何要寻找建文帝，就是他不想背负杀建文而夺位的臭名，故意寻找建文帝，掩人耳目，最终制造了历史谜案。因此，建文帝朱允炆应该是自焚身亡的。
对于现代考证出的建文帝的葬身地及所谓的后人家谱，都没有坚实的证据做支撑，只能是属于猜测和推断。
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