1949年10月19日，中央人民政府政务委员会第三次会议决定由郭沫若出任中央人民政府政务院副总理兼文化教育委员会主任，同时兼任中国科学院院长。
10月31日，中华人民共和国主席毛泽东签署政府令，向郭沫若颁发中国科学院印信。全文如下：
郭沫若院长：
一、兹颁发中国科学院铜质印信壹颗，文曰“中国科学院印”，希即具领。
二、希将启用日期并拓具印模壹份，报府备查。
主 席 毛 泽 东 一九四九年十月三十一日
现在有很多人不理解，郭沫若又不是科学家为什么能当中国科学院院长？
当时的中国科学院和现在不太一样，不仅有自然科学也有社会科学，中国科学院里有历史所、考古所。郭沫若是人文社会科学的领军人物，他是有资格做院长的。
郭沫若是二十世纪少有的全才人物，在历史学、考古学、古文字学、古器物学、文学、艺术等方面都有很高的造诣。
1948年，郭沫若凭借在甲骨文和考古学研究上的出色成绩，当选第一届中央研究院院士。郭沫若的学术水平是公认的大家。
郭沫若的才华被毛泽东所欣赏，1959年毛泽东作七律《到韶山》《登庐山》两首，于9月7日写信给胡乔木说：“诗两首，请你送给郭沫若同志一阅，看有什么毛病没有？加以笔削，是为至要。”郭沫若两次写信，直率地谈了修改意见。毛泽东在9月13日又写信给胡乔木说：“沫若同志两信都读，给了我启发。两诗又改了一点字句，请再送郭沫若一观，请他再予审改，以其意见告我为盼！”
郭沫若当中国科学院院长还有个原因就是政治需要。
郭沫若是树立的一面旗帜。周恩来在《新华日报》的《纪念郭沫若先生创作二十五周年特刊》中这样评价郭沫若：“郭沫若创作生活二十五年，也就是新文化运动的二十五年。鲁迅自称是‘革命军马前卒’，郭沫若就是革命队伍中人。鲁迅是新文化运动的导师，郭沫若便是新文化运动的主将。鲁迅如果是将没有路的路开辟出来的先锋，郭沫若便是带着大家一道前进的向导。鲁迅先生已不在世了，他的遗范尚存，我们会愈感觉到在新文化战线上，郭先生带着我们一道奋斗的亲切，而且我们也永远祝福他带着我们奋斗到底的。”
解放以后，郭沫若进入国家领导层，出任政务院副总理。1966年8月30日，在周恩来开列的《一份应予保护的干部名单》中，郭沫若居宋庆龄之后，位列第二。郭沫若逝世后，邓小平在悼词中称：“他是继鲁迅之后，在中国共产党的领导下，在毛泽东思想的指引下，我国文化战线上又一面光辉的旗帜。”
以郭沫若当时的地位，出任中国科学院院长是名至实归。
郭沫若有两个贡献今天还在受益，一个是郭沫若主张书籍报刊上的汉字改为左起横排。1956年1月1日，《人民日报》经党中央的批准改为横排，并向全国推广应用，郭沫若功不可没。 另一个就是创办中国科学技术大学。
郭沫若保护科学家。郭沫若与院党组专门向中央汇报，建议对科学家采取保护政策：凡回国不久的，不参加运动；对于思想问题与政治问题一时难以区别的，先作为思想认识问题处理；对于一些著名科学家，即使是对问题认识错了，只采取谈话方式给予帮助，不能采取批斗方式。
看看科学院的同仁如何评价郭沫若？
郭院长对推动和组织我国科学事业的发展做出了巨大的贡献。旧中国文化不发达，科学很落后，中国科学院是在总共只有200多人的中央研究院和北平研究院的薄弱基础上建立的，现在，已经拥有一百多个科研单位、几万人的研究队伍。科学事业的光辉成就，凝聚着郭院长和广大科学工作者的辛劳。
-------周培源 《悼念郭老-沉痛悼念敬爱的郭沫若院长》
我们念及郭老的功德，不禁潸然泪下，悲痛不已。
-------华罗庚《悼念郭老-挥泪悼郭老》
他是我们中国的大科学家、大文学家、大书法家……由于郭老在日本的个人威望，将我们代表团的地位都提高了，这次访问对重新建立中日友谊，打下了基础。
-------茅以升 《悼念郭老-卓越的贡献 惊人的成就》
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