清朝地方行政划分中，有省、府、厅、州、县的区别。这些不同级别的行政区，会设立相应官职，处理各自职权范围内的事务。同知跟知县都是如此。不过，这两个官职在设立时有很大不同。
知县在设立初期，便有明确职权和目的，就是协助朝廷，治理县一级的行政区，掌握辖区内征收钱粮，刑名治安，维护教化等事务。而同知却有很大不同。他们知府的副职，也就是府级官员。
清朝设立地方官制时，每一个层级的正式官员数量都不多，只有一个主印官和几个副手，其余大部分事务都要依靠书吏幕僚等人完成。
地方上需要处理的公务又极为繁杂，所以即便是副职实际也需要承担很多工作任务。同知在初期时，便是由知府派出，到地方处理盐务、征粮、治安、水利防备等事务。
每个府只有一两个同知，却需要处理那么多事务。很多同知被派往地方处理后，因为公务牵绊，经常是长时间无法回到府衙。所以，他们只能长期留任，久而久之，清朝地方官制开始出现变化，厅一级的行政区逐渐形成。
过去官府的办事机构叫做“听事”，简称“听”，后来就逐渐演变成“厅”，成为同知外出办事的独立机构。同样属于厅级长官的还有通判。厅级衙门明朝末期时就已经出现。天启末年，四川设立叙永厅。
清朝入关后，延续这一趋势。早期时，厅普遍设立于边地，很大程度上带有以军事维护治安的功能。《清世宗实录》记载，雍正七年在都匀府的八寨厅和单江厅分别设立同知和通判。（云贵总督鄂尔疏……应设文官分治，请于都匀府添设同知、通判一员，以同知分驻八寨，以通判分驻丹江）。
这并非孤例。雍正十年朝廷平定贵州叛乱后，就在大定府的水城厅和铜仁府的构城厅设立同治和通判。（移正大营同知驻扎松桃，大定府通判驻扎水城）
不过，当时通判虽然已经从府级衙门中独立出来，级别依然非常高。它们属于府级官员的层次。雍正八年时。朝廷在镇远府、黎平府设立同知，专门处理苗族事务。
但是，从乾隆初年开始，厅一级的行政区开始出现“散厅”的区分。散厅隶属于府或道，级别跟县相同。乾隆八年的时候，江西巡抚陈宏谋考虑到江西吉安府莲花桥一带距离县城太远，上疏将吉安府的永新、安福两个县的部分乡地合并成厅，并设立厅级衙门，驻扎莲花桥。
乾隆十二年，朝廷裁撤西安潼关县缺，把原本交归县官管辖的屯田钱粮事务，都交给同知管辖。乾隆中后期开始，在厅级行政区中，又划分出直隶厅的区别。这个在《大清一统志》中有明确记载。直隶厅跟散厅的区别在于，直隶厅是直接隶属于省级布政使司，属于府级行政区 ，级别跟府或直隶州相同。
也就是说，在整个清朝历史中，同知跟知县之间的关系，大致经历过三个阶段。第一阶段，同知是知府的副职，需要经常外出办事。它们的官阶是正五品，级别是府级官员，属于知县上级。
第二阶段，同知因为经常外派，逐渐成为州县常驻官员，于是从清朝初期到雍正年间，同知就逐渐摆脱知府，成为独立的地方官员，并且成为厅一级的行政长官。这个时候，同知依然是府级官员。
它们的地位跟官阶，仍旧没有太大变化，只是办事衙门出现变动。这个时候，它跟知县之间，属于行政级别不同，处理事务虽有交集，但知县所处理的更多是征收钱粮，同知则是维护治安。
第三阶段是从乾隆年间开始，清朝地方厅一级的行政区中，开始出现跟县同级别的“散厅”。过去厅级行政区主要集中在边地，乾隆时期也开始逐渐出现在内地。它们所处理的事务，也不再只是维护治安，同样会涉及到征收钱粮，推行教化等事务，跟知县相差不大。只是同知官职级别较高。
至于到乾隆后期出现的直隶厅知州也相差不大，只是它的辖区和行政级别和官职都比知县更高。这就是同知跟知县在历史演变中的不同区别。
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