阴阳五行的历史非常悠久，产生于先秦时代，而且之后对中国的文化、政治甚至技术，医学都有深远影响，时至今日我们很多人仍然非常熟悉所谓的金木水火土，五行相生相克，中医依然讲究五行对应人体的各个组织，认为健康就需要达到人体内的阴阳五行平衡。
一般认为，在《易经》已经有了阴阳（乾坤）五行的影子，不过有系统论述，并把阴阳五行论实际带入政治领域的是战国末期的齐国人邹衍。邹衍有感于当时战争频繁，礼崩乐坏，时局败坏，民不聊生，用阴阳五行推出朝代更迭的规律，也就是后世熟悉的五德始终说。后来梁启超批评邹衍搞这种五德是迷信其实有失公也就说邹衍核心思想是劝允，史记里记载得很清楚，邹衍当时推销自己的理论“然要其归，必止乎仁义节俭”，告诫统治者要勤政爱民，手段上用五行相生相克做一种神秘学上的约束，可谓用心良苦。
而都到了秦一扫六合席卷八荒，始皇帝要装点门面，论证自己是天命之子，就把阴阳五行拿来做宣传。因为邹衍当时煞费苦心地给不论实际存在的还是神话故事里的各朝各代都安上各种“德”，到周的时候是火德，水又克火，所以秦就自认水德，取而代之理所当然。不过始皇帝只收下了阴阳五行神秘学外衣，而仁义节俭的核心全当没有看见。
不过也正是因为没有顾忌到真正发挥作用“仁义”，秦二世而亡，而到汉武帝时期，董仲舒闪亮登场。在历史课本里董仲舒是“罢黜百家，独尊儒术”，但实际上董先生不如说是“融合百家，都叫儒术”，邹衍的学说在他手里有了新的发展。董仲舒把阴阳五行上升到了宇宙运行终极真理的角度，五行相生相克就是天道循环，君王治国也得在老天爷的监督下进行。实际上董先生跟邹衍一样，不是要搞怪力乱神，而是要用这种是不可知的天意来约束统治者，但是汉武帝跟秦始皇一样，对有利于自己统治的，坚决拥护；对不利于自己统治的，坚决反对。所以董仲舒想吓唬自己的时候，就给关到他牢里去，让他再也不敢乱说话。
可惜即便最高统治者不信这个，阴阳五行却在民间迅速流行，这跟汉武帝后统治非常残暴很有关系，老百姓就直接拿本来是维护你统治的学说反过头攻击你。说汉朝气数已尽，按五行相生相克，汉的“火德”该被“土德”取代，最后王莽代汉就顺水推舟称自己是“土德”。
不过王莽和他的新朝倏忽而亡，汉光武帝刘秀找回“火德”正统，而且重新审视起让西汉大吃苦头的五德说，最后决定对五德说进行改造。首先就是严禁民间私自搞谶纬，谶纬学是阴阳五行学说剥离道德内核后发展起来一门神秘学，专门就搞占卜迷信之类。禁止民间搞谶纬，就是把阴阳五行的解释权收回官方，按今天的话说就是不准打着红旗反红旗。
然后就是把邹衍，董仲舒嘴里循环变化的五行相生相克改造成一个永恒体系，从此以后没有朝代更迭，天道永远定格到了汉的“火德”之上。至于天生异象，地震洪水不再是老天爷表示要改朝换代，而只是对人君的善意提点。
最后就是把五德扩大到整个社会秩序上，把自然现象跟体制设置相提并论，“君众民，何法？法天有众星也···不以父命废主命，何法？法金不畏土而畏火”。既然自然规律亘古不变，那么社会体制也当然就再也不会变化了！
所以到了这个时候，阴阳五行说便彻底沦为封建君主的统治工具，之后历朝历代也比照办理，而将最原始，最核心的仁义节俭观念束之高阁，阴阳五行也渐渐失去了本来面貌，越来越像是腐朽可笑的封建迷信了。而用五行对各种事物的牵强附会，强加解释的传统，一直到今天都还在对我们的生活产生着深远的影响。
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