国子监是我国古代的最高学府，这个称呼最早来源于唐代，唐太宗时将专门为贵族子弟服务的国子学改名为国子监，并由国子监兼管国子学、太学、四门学、律学、书学和算学等门类。
国子监的最高长官称为国子监祭酒，负责最高行政工作，而其他官员负责诸如学籍登记、成绩考核等工作。此后，唐朝的国子监曾经反复改名，但基本架构没有发生大的变化。
至宋代"凡学皆隶国子监"，此时国子监包括了国子学和太学，国子监的最高长官成为国子监祭酒，另外还有司业、监丞各一人，以及博士、学谕若干人。
国子监祭酒总治学事，外学官属，司业、丞各一人，稍减太学博士、正、录员归外学，仍增博士为十员，正、录为五员，学生充学谕者十人，直学二人。
元朝时期，蒙古统治者为了强化其统治，开设了蒙古国子监，招收蒙古人及汉人学习蒙古文及其典籍，另又设回回国子监管辖回回国子学，培养诸官衙译史人员。可见虽然元朝也设立了国子监，但是学习内容并不涉及汉人经典。
到明清，国子监基本定型，当时学校有二：曰国学，曰府、州、县学，其实就是这样学习和地方学校的区别，国学为中央的学校，而府、州、县学则是地方学校。国学就是国子监，在国子监学习学生称为监生。世祖定鼎燕京，修明北监为太学。顺治元年，置祭酒、司业及监丞、博士、助教、学正、学录、典籍、典簿等官。从明朝开始北京的国子监同时兼具太学功能，当时有南监、北监之说，南监是南京国子监、北监是北京国子监，北京国子监兼具太学功能。到了清代南京地位下降，南京国子监也就降为江宁府学，国子监只有北京国子监。
由此可以看出，国子监一方面办学招收学生，另一方面还会监督地方学校，但是学生的科举考试在地方有学政负责，在中央由内阁负责，因此国子监的最高长官就相当于最高学府的校长监管着教育事项，因此就相当于今天的清华大学校长在加上教育司的司长的功能，当然清华大学校长本身就是副部级，所以就相当于管理教育司的教育部副部长兼任清华大学校长，也就是说是副部级的。
这一点也可以从清朝末年改革学制看出，当时新设学部，其尚书并没有由原来的国子监祭酒出任，原来的国子监祭酒只保留了祭孔的功能。
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