R包【ggsci】各大期刊论文配图一步到位，再也不会被吐槽审美了

作为理工科的直男，常常被师兄们吐槽审美。生信分析做出来的图片，经常被要求重画，内心也是很崩溃了。审美这个东西因人而异，当然一篇文章里的图色调统一肯定是没错的，但一张张手动去调太麻烦！果然，懒人推动了世界的发展，找到一个专门用于配色的包，赶紧来试试吧！

ggsci打包了多个sci杂志的配色，包括Lancet，Nature，Science等。可以直接通过CRAN安装：

Install ggsci from CRAN:

install.packages("ggsci")

Or try the development version on GitHub:

# install.packages("devtools")
devtools::install_github("nanxstats/ggsci")

网址：https://nanx.me/ggsci/index.html

ggsci提供一系列高品质调色板，灵感来自科学期刊，数据可视化库，科幻电影和电视节目中使用的颜色。调色板ggsci可用作ggplot2刻度。对于所有调色板，相应的比例命名为：

• scale_color_palname()

• scale_fill_palname()

还提供了别名，例如scale_colour_palname()for scale_color_palname()。

library("ggsci")

library("ggplot2")

library("gridExtra")

setwd("F:/ggsci包练习/")#设置工作路径，注意window系统里的‘\\’，需要改成'/'或'//'，这里设置为F盘的ggsci包练习文件夹

data("diamonds")#导入数据

head(diamonds)#查看数据矩阵的格式

p1 <- ggplot(

subset(diamonds, carat >= 2.2),

aes(x = table, y = price, colour = cut)

) +

geom_point(alpha = 0.7) +

geom_smooth(method = "loess", alpha = 0.05, size = 1, span = 1) +

theme_bw()

p2 <- ggplot(

subset(diamonds, carat > 2.2 & depth > 55 & depth < 70),

aes(x = depth, fill = cut)

) +

geom_histogram(colour = "black", binwidth = 1, position = "dodge") +

theme_bw()

#保存图片p1.tiff到工作路径

tiff(file="p1.tiff")

p1

dev.off()

#保存图片p2.tiff到工作路径

tiff(file="p2.tiff")

p2

#以NPG为例

p1_npg <- p1 + scale_color_npg()

tiff(file="p1-npg.tiff")

p1_npg

p2_npg <- p2 + scale_fill_npg()

tiff(file="p2-npg.tiff")

p2_npg

tiff(file="p2-p1-npg.tiff",res=300,height = 2300,width = 2300)

grid.arrange(p1_npg, p2_npg, ncol = 2)

#很多时候你需要把你的数据改成diamonds的形式，可以使用reshape2包的melt()函数

#例如：data1 <- read.table('mydata.txt',sep='\\t',header=T);data2 <- melt(data)

#实际使用的时候只要把diamonds参数改为你自己的数据框data2;x, y, colour参数对应data2的列名即可

离散色调板

使用具有平滑曲线的散点图和条形图来演示离散的调色板ggsci。

NPG调色板的灵感来自于出版的期刊中的情节 自然出版集团 ：

美国科学促进会

AAAS调色板的灵感来自于出版的期刊中的情节 美国科学促进会 ：

NEJM调色板的灵感来自于地块 新英格兰医学杂志 ：

“柳叶刀”调色板的灵感来自于其中的情节 柳叶刀 期刊，如 柳叶刀肿瘤学 ：

JAMA调色板的灵感来自于其中的情节 美国医学会杂志 ：

JCO调色板的灵感来自于其中的情节 临床肿瘤学杂志 ：

UCSCGB调色板来自UCSC Genome Browser用于表示染色体的颜色。此调色板（内插，带alpha）广泛用于Circos生成的可视化。

D3调色板来自D3.js（版本3.x及之前版本）使用的分类颜色。有四种类型的调色板（category10，category20，category20b，category20c）可用。

GSEA调色板（连续）的灵感来自GSEA GenePattern生成的热图。

等等......

非ggplot2图形

要将调色板ggsci应用于其他图形系统（例如基本图形和点阵图形），只需使用上表中的调色板生成器功能即可。例如：

您可以相应地为这些图形系统使用生成的十六进制颜色代码。整个调色板的透明级别可通过"alpha"每个生成器或缩放功能中的参数轻松调整。

更多关于ggsci的具体参数设置，可以参考ggsci官网：
https://nanx.me/ggsci/articles/ggsci.html#discrete-color-palettes

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