元朝时期的汉人知识分子不受重视，无所事事的一个朝代。在这一百年间，大部分知识分子与官场和政治无关。与戏剧、诗画等有关。元朝大约在建国50多年后的第四任皇帝才恢复科举，科举之前都是以使用蒙古人、色目人为主。
在剩余的50多年中，元朝一共举行了16次科举，录取了1100多名的进士。这种规模的人才录取数量，简直可以忽略不计。知识分子也就只能改行做其他事情了。所以，元朝的官僚体系是比较简单明了，而且内中的制度、流程、上下级权属等相对简单。
元朝在这种背景下，形成了有自己特色的官僚体系。一是将权力尽可能的集中在中央，所以中央的部门众多，反而是到了地方后变得非常的简洁。主要是两部分，一是民政，二是军政。其他基本没有设立。所以，在元朝其实对地方和民众的控制力度是很弱，而且也收不了多少税，所以包税制非常盛行。元朝的恶名更多来自于不给汉人知识分子做官，不开科举。
元朝的官僚体系是废弃了三省制，但在一定程度上保留了六部制。这个六部制已经是所有王朝都绕不开的一种架构，它基本能分门别类，而且高效的管理国家的基本事务，所以大家都喜欢用它。元朝的一级中央机构，包括掌控全国政务的中书省，这是唐宋三省之中的最重要的一个部门，也是管理六部和全国政务的部门。元朝没有抛开这个先进高效的制度，而是做了改良后继续使用。
中书省
设中书令一名，左右丞相各一名，基本这个中书令等同于宰相。按元朝的制度规定，中书令与左右丞相有一定的上下级关系，如果中书令缺失，就由右丞相暂替中书令的职权。
在左右丞相之下还设立一个职位后才到六部，那就是增加了左司和右司，各设郎中和员外郎一名。左司管理工部、兵部、刑部，右司管理吏部、礼部、户部。这就比唐宋的架构多了一层，也让皇帝更加远离官员，只能接触到身边的几个部门。
六部下是地方机构
分为四层，分别是省行中书省、路总管府、州或府，最后是县。
唐宋时期的架构是从皇帝到地方县基层，基本是5层的管理架构。而到元朝，起码增加了三层。令整个管理结构的层次加深，皇帝无论是控制地方、接触地方，还是传递信息，都变得低效。中央与地方的脱节更加严重，中央的政令更加难以到达地方。
地方架构是深而简洁，中央则是平而复杂。除中书省外，还有几个比较主要和很多次要的部门。主要部门包括了三公，这是唐宋基本废弃的职位设置，元朝估计因为部落首领或家族元老的影响力非常大，皇帝需要笼络他们，所以设置了三公的职位，但并不是常立，有合适的人则立，不合适的则不立。
枢密院
也是元朝的重要一级部门，主要掌管全国军政、京城皇宫守卫、情报机密等，下面设有设有客省使、断事官、行枢密院、右卫、左卫、中卫、前卫、后卫等官署。
御史台
是监察百官，负责风闻奏事的机构，设有殿中司、察院、行御史台、肃政廉访司等官署。这个机构从秦汉开始出现后，就一直没有消失过。无论各个王朝的官职如何变迁，皇帝始终还是明白自己无法监督所有的官员，官员也不是全部都是圣人，都是需要监督管理的凡人。反而到了现代，很多政党在理想主义的驱动下，失去了这种普遍的意识，没有建立或者重视御史台的机构，导致问题丛生。
大宗正府
主要是管理皇亲国戚、蒙古及色目人贵族的宗族事务，如处理纠纷、审理案件等。统治阶层内部的矛盾或违法行为都是由这个大宗正府负责处理的。也可以说是普通的法律是不适应他们的，六部的刑部等也没有权利处理他们的事务。刑部只是处理普通平民或汉人。
宣政院
有点像现在的外交部之类的部门，主要是处理藩属国的事务，包括管理、接待、赏赐、宣传、笼络等事情。
从大概的情况也可以看出，元朝的官制并没有什么高明之处。整个框架的设计，是参照蒙古的部落制和汉人的官僚制两种体制，掺和而成。相对军事体制来说，这套官制是失败的，因为它只维持了元朝一百年统治，完全没有发挥出汉人官制几百年的统治潜力。这种只重中央，忽略地方的官僚系统，并没有能够很好的管理地方，导致中后期就出现了像秦朝那样的地方失控的状况，从而导致各地反抗如潮，根本无法控制局面，最后只能退回草原。
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