在明朝将元朝蒙古人赶往漠北后，元朝蒙古人逃亡漠北故地，元朝的一班人马仍在，史称北元。同时蒙古人除北元外，在中亚、欧洲还存在有几大汗国。
历史发展到了明朝末年，蒙古因为内部问题纷争不断，而明朝也国力衰微，后金却乘势崛起，有人用“明亡清兴”来概括当时东亚中国的形势。
此时的蒙古草原，虽然披着蒙古帝国的外衣，但诸侯割据，互不买账，各自为战。作为神圣蒙古大汗的林丹汗继位后，蒙古诸部并不服气，不承认林丹汗汗位。此时林丹汗继位后又与蒙古诸部在宗教信仰上发生矛盾。原初林丹汗信仰的本是藏传佛教中的黄教，但在他26岁那年，在青藏高原一位红衣活佛的教导下，改信藏传红教。此后，林丹汗开始大兴土木，大肆兴修红教寺院，意图将整个蒙古变成红教天下，遂引起蒙古诸部不满，引发战争。
此时后金努尔哈赤借蒙古内部纷争之际，乘势统一了女真各部，建立了后金，后金势力崛起。
原来东北的女真人一直受蒙古人统辖，看到后金有势不可挡之势，林丹汗既有武力统一蒙古各部企图，也有联合明朝打击后金努尔哈赤势力的想法。
林丹汗对蒙古诸部的统一战争进展顺利，诸如蒙古科尔沁部、土默特部两个最强大部落都被打败归顺。但在明朝万历47年，林丹汗指令科尔沁部、喀尔喀部与后金努尔哈赤进行战争，结果出人意料的是努尔哈赤大胜。
明朝皇帝此时希望借助林丹汗军事实力联手阻止努尔哈赤后金的崛起，但林丹汗不知是出于对中原明朝的疑虑，还是出于蒙古人与汉族人历史恩怨原因，竟然没有答应，导致林丹汗在蒙古诸部与后金的对峙中怨声载道，声望大降。处于自保，加上原有矛盾，喀尔喀蒙古等五部落与后金建立了同盟关系。
气急败坏的林丹汗派兵攻打喀尔喀蒙古诸部，却不料导致蒙古其他诸部的追随者纷纷倒戈投降后金。
1628年，即明朝崇祯元年，清天聪二年，林丹汗率军与蒙古喀喇沁、鄂尔多斯诸部联军激战，结果兵败；继而又在对阵后金军队和漠南蒙古诸部联军战斗中被打败；1631-1632年林丹汗与后金皇太极率领的军队在西拉木伦河的军事战役中大败，被迫西逃；1634年死于现今甘肃民乐县东南部的大草滩。
林丹汗死后，其子额哲被后金追杀，走投无路只好于1635年投降后金，不得已献出元朝皇帝传国玉玺。原有漠北蒙古诸部都归顺后金。
1636年，漠南蒙古16部46个领主先后归顺后金，皇太极顺理成章继承蒙古大汗汗位，成为“博格达彻辰汗”，建立国号“大清”。从皇太极一直到末代皇帝溥仪共11帝，大清皇帝始终都是蒙古人的可汗。
唐太宗李世民“天可汗”的称号是如何来的？
是征服大唐周边的少数民族以后，获得的“尊称”，一直到安史之乱前的唐玄宗时期，都被万族共尊为“天可汗”，包括“武则天”。
不管是唐朝的“天可汗”，还是清朝的“蒙古大汗”，都是打出来的。
清朝是什么时候征服蒙古族的？
朱元璋灭亡元朝以后，对于逃亡草原的“北元”政权一直耿耿于怀，多次不惜国力的派遣精兵强将远征草原，终于灭亡“北元”，使蒙古族再次成为一盘散沙。
同为草原上的游牧民族，满清与蒙古是天生的敌人，因此满清崛起以后先后多次与蒙古族林丹汗发生激战，终于在1635年被多尔衮灭亡，甚至获得了元朝的传国玉玺。
从此以后，漠南蒙古臣服于满清，皇太极也正式被蒙古族尊为“博格达彻辰汗”，这也被清朝皇帝视为荣耀，历代皇帝都以身兼“蒙古大汗”为荣。
哪一位清朝皇帝的“蒙古大汗”含金量最高？
漠南蒙古族归顺满清以后，清朝历代皇帝采用规模远朝历代的“和亲”政策，死死的绑架漠南蒙古族，成为清朝北方边境线上的坚实屏障。
这一时期，清朝皇帝也会迎娶蒙古贵女为皇后、妃子，比如非常著名的“孝庄太后”就是蒙古族出身。
康熙时期，经过多年的征战，终于征服了漠北蒙古族，被蒙古族尊为“恩赫阿木古朗汗”，就连西藏也不甘寂寞的尊称康熙为“文殊皇帝”，夸张吧？
所以，康熙才是历代的所谓“蒙古大汗”，含金量最高的。
历代的清朝皇帝都有什么蒙古“汗号”？
清太宗，爱新觉罗·皇太极，博格达彻辰汗；
清世祖，顺治帝，爱新觉罗·福临，额耶尔札萨克汗；
清圣祖，康熙帝，爱新觉罗·玄烨恩赫阿木古朗汗；
清世宗，雍正帝，爱新觉罗·胤禛，纳伊拉尔图托布汗；
清高宗，乾隆帝，爱新觉罗·弘历，腾格里特古格奇汗；
清仁宗，嘉庆帝，爱新觉罗·顒琰，萨伊什雅尔图伊鲁格尔图汗；
清宣宗，道光帝，爱新觉罗·旻宁，托尔格勒特汗；
清文宗，咸丰帝，爱新觉罗·奕詝，图格莫尔额尔伯特汗；
清穆宗，同治帝，爱新觉罗·载淳，布伦札萨克汗；
清德宗，光绪帝，爱新觉罗·载湉，巴达古尔特托尔汗；
清宪宗/清恭宗，逊帝，爱新觉罗·溥仪，哈瓦图猷斯汗。
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