在许多人的认知中，清朝最大的的功劳之一，就是彻底解决了北方草原游牧民族对中原地区的侵扰，始终牢牢的控制着广阔的蒙古地区。但是，虽然事实的确如此，但是，素来桀骜不驯的蒙古绝不是不战而降的小白兔。
事实上，从清朝的前身后金开始，清朝始终就没有停止与蒙古的战争。清朝与蒙古诸部的战争，从努尔哈赤崛起之时一直到乾隆年间彻底覆灭准噶尔汗国，足足历经了上百年的时间。
自努尔哈赤统一女真诸部，在白山黑水之间崛起之后，努尔哈赤所建立的后金政权就成为东北地区最具实力的政权。同时，野心勃勃的努尔哈赤及其继任者一直试图南下进攻庞大臃肿、反应迟钝却又富庶无比的明朝，以壮大自己。但与此同时，位于后金西部、近在咫尺的蒙古诸部，成为后金最大的威胁。
努尔哈赤所建立的八旗之所以能一次次击败明军，除了明朝军队的腐败堕落之外，也得益于八旗的根本——骑射。也就是说，八旗利用战马的机动优势和弓箭的远程攻击能力，一次次挫败了明朝军队，并多次入关劫掠。
但是，八旗的这些优势相比蒙古而言，不但不再是优势，甚至还要居于劣势。因为，渔猎起家的女真人，在骑射方面，先天就差于在马背上长大的游牧民族，相比能在马背上骑射的蒙古骑兵，八旗更像一支骑在马背上的步兵。
而人口只有几十万，早已全民皆兵的八旗，也不具备同时面对明朝和蒙古的实力。因此，努尔哈赤一直对于近代咫尺的蒙古部落极为重视，并想尽办法消除蒙古的巨大威胁。后金不断的同蒙古部族联姻，在将女儿不断嫁给蒙古贵族的同时，他们也迎娶了大量蒙古妃子。清初著名的孝庄太后，就是在这种情况下嫁给的皇太极。
当然，信奉拳头大才是真理的蒙古部落，也不可能都甘心听命于后金，而对于这些蒙古部落，后金则采取了武力征讨的方式。例如，对于掌握察哈尔部的黄金家族嫡系后裔、蒙古最后一名大汗林丹汗，皇太极就曾多次纠集投靠后金的蒙古诸部共同进攻，并将林丹汗打得节节败退。最终，林丹汗病逝西逃的路上，林丹汗的儿子在投降后金后，将元朝的传国玉玺献给了皇太极。也从这时开始，蒙古黄金家族嫡系停止了传承。
在击败林丹汗之后，后金政权基本上掌握了人口最多、也最为富庶的漠南蒙古。也正是有了漠南蒙古部落的支持，没有了后顾之忧，同时又获得了大量蒙古骑兵的补充之后，八旗最终有了入关占领天下的实力。
当然，此时的蒙古诸部不仅仅只有漠南蒙古一支，同时位于漠北的喀尔喀蒙古，占据西域的卫拉特蒙古四部，都不在清朝的统治之下。虽然皇太极之时，喀尔喀蒙古三部曾对皇太极献了九白之贡，但喀尔喀蒙古并没有完全臣服清朝，此时尚未入关的清朝，也不具备统治喀尔喀蒙古的实力。
公元1644年，在汉奸吴三桂的带领之下，八旗入关，击败了已乱成一锅粥的关内诸方势力，奇迹般的统一了天下。历经数十年歼灭各方反抗势力之后，尤其在剿灭三藩之乱后，终于一统中原的康熙皇帝突然发现，位于西域的卫拉特蒙古准噶尔部在葛尔丹的率领下开始崛起，并基本统一了维拉特蒙古四部，建立了准噶尔汗国。
同时，野心勃勃的葛尔丹将目标指向了喀尔喀蒙古等其他蒙古部族，意图像成吉思汗一样，一统整个蒙古。这显然与以中华自居、要建立大一统王朝的清朝，产生了不可调和的矛盾。而且，如果放任葛尔丹统一整个蒙古，这个统一后的蒙古也将成为清朝西方和北方最大的威胁。
因此，无论作为中央王朝的继任者，还是现实利益的考量，清朝都不可能放任准噶尔汗国的存在。双方的战争也由此爆发，从康熙年间开始，这场战争打了整整68年之久，历经了康熙、雍正、乾隆这三个清朝中前期最优秀的皇帝，才最终在乾隆年间彻底将准噶尔汗国覆灭。
在准噶尔汗国覆灭之后，尤其在卫拉特蒙古土尔扈特部东归之后，绝大多数的蒙古传统疆域和蒙古部族都处于清朝的统治之下，蒙古与清朝的战争才彻底结束。
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