幕府晚期，萨摩、长州、土佐和肥前四大强藩达成协议，组建联合军队推翻幕府统治。由于四强藩之间的差异逐渐扩大，原来的土佐、肥前势力和地位逐渐减弱，被日益强大的长州和萨摩所取代。明治时代形成两大势力，即“萨摩阀”和“长州阀”。
为了在政府中占据主导地位，长州阀和萨摩阀展开了激烈的战斗。加上双方在倒幕之前，长州和萨摩已经积累了很多不满。萨摩推行公武合体、勤皇佐幕，长州信奉的则是南朝理论松阴思想，立场上两藩处于对立状态。在“七卿之乱”和“禁门之变”中，长州与萨摩结下了不共戴天之仇，他们将萨摩和会津并称为“萨贼会奸”，把这四个字写在鞋底上天天踩来踩去。“萨”在前，“会”在后，这说明萨摩比会津更加可恶。
然而，在坂本龙马和其他人的积极调解下，两藩暂时放下了他们的矛盾并决定团结起来。由于长州和萨摩之间的敌对时间太长，虽然结成了萨长联盟，双方之间的矛盾没有得到根本解除。在倒幕过程中，双方也不断摩擦。
自明治政府成立以来，两藩在政治上一直占据主导地位，兵部省的军务大权也被萨摩阀、长藩阀掌控。萨摩藩阀专注于海军建设，逐渐成为成为海军的主导。而长州藩阀阀则占据陆军主流。萨摩藩阀和长州藩阀各自拥兵自重，形成“长之陆军、萨之海军”的态势。在大村益次郎遇害后，兵部省也因为两藩的政见不和而陷入混乱之中。
兵部大丞船越卫和山田显义在木户孝允等长州藩出身的官员支持下，拼命想扩充陆军势力。船越寄给山田的信中写道：
从我全国地形论之，目前确应以建设海军为当务之急，此虽三尺童子亦知之。但国内陆军如不统一，万一国内出现不轨之徒，将无以防范。如欲以不足之经费完成建设海陆两军之大业，是犹缘木求鱼耳。是故莫若先专致力于陆军，逐一解决，果能建成陆军，尚可防备国内，此系已故兵部大辅（大村益次郎）之一贯主张，想吾兄亦有同感。惟世人不察，每称今日不兴海军，则皇国即无以自保，此说实难接受。
但是同为兵部大丞的黑田清隆以及其他萨摩藩阀，主张应先兴建海军，以稳固国家的海防。明治时期围绕陆海军背后两派藩阀势力的冲突也就此展开。
1870年8月，长州出身的山县有朋就任兵部省大辅，承袭了大村的军事改革构想，并同萨摩藩阀在实现举国皆兵征兵制的问题上达成一致。并于同年10月2日发布统一各藩军队制度的政令，建立“海军仿照英国，陆军仿照法国”的统一兵制，有利于提高军队的作战能力。但不久之后，陆军仿照法国式的军制因普法战争中法国战败而被改换成德国式的军制。
原来的法国军制，实行的是“一元化”制度，即军政与军令相统一的模式。而德国军制则采用“二元制”模式，即将军政与军令分属不同的军事机构。早前具有留学德国经历的桂太郎，有幸亲眼目睹德国完备的军事组织与体制。鉴于对德国参谋本部的认识，桂太郎主张在日本应该扩大陆军参谋局的权限和规模，建立起掌控军令的参谋本部。
最终，陆军派阀选取了军令与军政独立的军制。从此确立了陆军以德国式军制为标准进行发展，而海军则一直沿用英国式的军制进行发展。
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