1758年，乾隆皇帝在位的第23年，清军进入新疆天山南路，平定了大小和卓叛乱，维护了边疆的稳定和统一。
新疆地区的地形大体上可以概括为“三山夹两盆”，从北往南的三大山脉阿尔泰山、天山、昆仑山，将新疆分为南北两部分。两盆是我国最大的两个盆地：塔里木盆地（53万平方公里）和准噶尔盆地（38万平方公里）。
清代对新疆天山南路，亦称“回部”，与天山北路的准部并称“南回北准”。大致范围为天山以南，昆仑山以北，帕米尔高原以东的南疆地区。面积虽大，但是这里有我国最大的沙漠，面积约 33万平方公里的塔克拉玛干沙漠。
在准噶尔部势大的时候，为了控制天山南路，大小和卓被准噶尔当作人质软禁在伊犁。清朝平定准噶尔达瓦齐叛乱后，将大小和卓释放，并护送大和卓返回叶尔羌（今新疆莎车），统领旧部。留在伊犁的小和卓野心比较大，阿睦尔撒纳叛乱时，他也趁机起事，返回叶尔羌，于1757年自立为巴图尔汗，公开反叛清朝。
1758年二月，乾隆皇帝任命兵部尚书雅尔哈善为靖逆将军，统兵万余人，从吐鲁番出发，进军天山南路征讨大小和卓。大军一路长途跋涉、风餐露宿三个月后抵达库车（今新疆阿克苏库车县）。小和卓霍集占率3000人马，从叶尔羌（今新疆莎车）出发，经阿克苏、沙雅尔（今新疆沙雅），前来救援库车城。
双方在库车城南短兵相接，一番激战后，霍集占大败，率残部约800人，逃入库车城。霍集占见清军势强，偷偷带着几百人逃出库车城。清军围城几个月，最后得了座空城，虽然没有打败仗，但这在乾隆看来，据有优势兵力却不知进取、贻误战机，无疑和败仗没什么区别。
主将雅尔哈善悲剧了，被革职拿问，乾隆诏令定边将军兆惠率兵南下平叛。前有雅尔哈善之鉴，兆惠自然不敢怠慢，仅率数百精兵轻装从伊犁出发，迅速抵达阿克苏。不等各路清军汇合完毕，先率四千人马兵临叶尔羌城下。叛军据城而守，此时已经进入十月了，天气越来越冷，若不尽快行动，局势必将对劳师远征的清军越来越不利。
兆惠决定率千余骑兵诱敌出城，结果刚准备渡河的时候，被冲出城外的一万五千叛军包围。几番突围均未能成功，兆惠只好下令就地挖掘壕沟，搭建营寨，固守待援。
清军主将被围困，对叛军来说无疑是个大好消息。大和卓自然不甘落后，亲率五千兵马从喀什噶尔（今新疆喀什）赶到叶尔羌，加强了围攻清军的兵力。
兆惠的处境凶险万分，好在也等来了从乌鲁木齐赶来增援的定边副将军富德，以及所率5000兵马。叛军被成功突围后的兆惠打败，退回叶尔羌城中负隅顽抗。寒冬腊月，清军连续作战，过度疲累，不适合再战，遂退回阿克苏休整。
叛军趁清军撤退，占据和阗（今新疆和田）。和阗地理位置十分重要，东接青海，西接布鲁特，南接卫藏。我们知道藏区按方言划分，可以分为卫藏、康巴、安多三个藏区。卫藏是以拉萨为中心向西辐射的高原大部。当年准噶尔名将策零敦多布奇袭西藏，就是从和阗南部翻越昆仑山，出其不意灭了控制青藏高原的和硕特部势力。
如此重要的地方被叛军所占，对西藏也有很大威胁，清廷自然不会轻易放过。第二年六月，乾隆再次派清军再次出征，兵分两路讨伐大小和卓。定边将军兆惠和定边右副将军富德各领一万五千人马，攻克和阗，而后直扑叶尔羌。
叛军见清军如此势大，弃城而逃。清军穷追不舍，三战三捷，叛军主力损失殆尽。大小和卓率残部逃往巴达克山（在今阿富汗境内），被巴达克山汗素勒坦沙擒杀。
至此，大小和卓的叛乱被平定，新疆天山南北都重归平静，被完全控制在清朝统治之下。
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