在皇城西南角的皇墙下，为宦官诸监所在地。其他各司、局、库、房、厂等为朝廷服务的机构，有的设置在宫城里，有的设在皇城内。皇宫内、外的河道上，除了建有内、外五龙桥，还在东长安门外附近建有“青龙桥”，在西长安门外附近建有“白虎桥”，即堪舆术中常用的所谓“左青龙，右白虎”之制。
殿堂坛庙朱元璋在南京时期，虽然一再强调要简朴，但建造殿堂坛庙时，却完全不是如此。其用心之良苦，建造之讲究，一点不含糊。以祭祀的坛庙为例，朱元璋先后建造、改建过的主要祭祀坛庙有：圜丘、方丘、天地坛，社坛、稷坛、社稷坛，太庙、帝王庙、功臣庙等，约20多座。当然，这些建筑现已无存，我们只能通过史料中的文字，来想像当年散布于南京城墙内外的这些建筑的模样和规制。
圜丘（建于1367年），祭“天”之所。在京城东南正阳门外钟山之阳（即今天堂村一带），仿汉制为坛二层。第一层“广七丈，高八尺一寸，四出陛。正南陛九级，广九尺五寸；东、西、北陛亦九级，皆广八尺一寸”。从坛的表面一直到坛基，全部秋以琉璃砖，四面以琉璃栏杆环之。第二层“周围坛面皆广二丈五尺，高八尺一寸。正南陛九级，广一丈二尺五寸；东、南、北陛九级，皆广一丈一尺九寸五分”，坛面以及栏杆均如第一层之制。
方丘，祭“地”之所（1377年后废）。“在太平门外钟山之北，为坛二成（层）……”其制式大致与圜丘同。圜丘与方丘，一个祭天，一个祭地，取“天圆地方”之意。洪武十年（1377年），朱元璋感到“天地犹父母，父母异处，人情有所未安”，“乃命即圜丘旧址为坛，而以屋覆之，名大祀殿”，也就是后人所称的天地坛。
社稷坛（初建于1367年），祭祀土神、谷神之所。“在宫城之西南，背北向。社东稷西，各广五丈，高五尺，四出陛，第陛五级。坛用五色土，色各随共方……”。早期的社稷坛，实际是“社坛”和“稷坛”两座坛，共用一个地方。直到洪武十年秋八月癸丑日（1377年9月10日），才“改建社稷坛于午门之右，共为一坛”。
太庙（初建于1367年），祭祀朱元璋一系的祖宗之所，位于宫城东南，与社稷坛隔御道相向。四祖各为庙，“皇高祖居中，皇曾祖东第一，皇祖西第一，皇考东第二，皆南向”，每座庙中供奉神主，东西两夹室，旁两庑，设三门。每门“皆设戟二十四，外为都宫，正门之南，别为斋次……”。正殿两廊楹室崇深，功臣配享，左有神宫监。“洪武八年，改建太庙，前殿后寝，殿翼皆有两庑，寝殿九间，奉藏神主，为同堂异室之侧。”如今，太庙早已无存。但是，太庙遗址留下的巨大石柱础还在，成为今南京一所大学校园内的花园一景。
奉先殿（初建于1371年），起因于朱元璋和礼部尚书陶凯论及父母的养育之恩，感到每年只能“岁时祭享”太庙，为了“晨昏谒见，节序告奠”，遂于洪武四年正月下令在宫城内乾清宫东侧建造奉先殿，同年十月建成。奉先殿南向，正殿五门，深二丈五尺。殿前为轩五间，深一丈二尺五寸。
除了上述这些主要殿堂坛庙之外，明初在南京最集中建造的庙宇，要算设置在鸡鸣山南边山脚下的祭庙。如：帝王庙、城隍庙、真武庙、卞壶庙、蒋忠烈庙、刘越王庙、曹武惠王庙、元卫国公庙、功臣庙、五显庙、关羽庙等，号称“十庙”。这些如此集中排列在鸡鸣山下的祭庙和所祭祀的对象，显然远远超出了一般庙宇的功能。况且，洪武年间在南京建造的坛庙还不仅仅这些，如在金川门外设置的龙江坛、定淮门外设置的晏公庙、神策门外设置的无祀鬼神庙、狮子山上设置的徐将军庙等等。
朱元璋建造的这些用于祭祀的殿堂坛庙，实际上反映了他因出身卑微而荣登九五之极后的一种文化心态上的需求，同时也反映了当时民众对这种社会文化的认同程度，为京城的官员和百姓们提供了一处处精神寄托的场所，更是朱元璋借以控制民众思想、用以巩固政权的手段而已。
中央及地方官署中央一级官署，基本安置于皇城洪武门内千步廊的两侧。从南向北来看，千步廊东侧为工部、兵部、礼部、户部、吏部、宗人府，千步廊西侧为太常寺、后军都督府、前军都督府、右军都督府、左军都督府、中军都督府，基本是按照文左武右的格局。《洪武京城图志·序》称：“六卿居左，经纬以文；五府处西，镇静以武。”说的就是这种布局。
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