历三十九年六月，熊廷弼调任南直隶学政，离开辽东，入关还乡。
随后几年的督学经历，让熊廷弼惹起不少的争议，比如《幸存录》说他：“当其督学江南，行法极严，然严而不当”，对书生非常严厉，但往往又会徇私情，让许多人感觉不公平。
这当中影响最大的一件事就是所谓的“杀人媚人”。说起来此事错综复杂，与万历晚期政坛的党争紧密相连。熊廷弼也深深卷入了这场党争之中，为他后来的人生悲剧打下了伏笔。
大体而言，万历年间的党争分为两大集团，一方是势力强大的东林党，另一个集团的组成比较复杂，有汤宾尹（安徽宣城人）和顾天埈（江苏昆山人）为首的宣昆党，言官当中又有所谓的齐、楚、浙三党。其中的齐党领袖是山东莱芜人亓诗教，燕人赵兴邦等。楚党的领袖是宫应震和蜀人田一甲。浙党的领袖是姚宗文，势力比较大。
“杀人媚人”案件的由来大致是这样：宣城有两位生员，一名梅振祚，一名梅宣祚，被人举报强奸官宦人家的媳妇徐氏。举报人也是两位生员，一名芮应元，一名芮永缙。巡按御史王国祯把梅振祚等人逮捕问讯。据说，梅振祚等人贿赂了这位巡按御史，结果案件迟迟没有进展。
新任巡按御史荆养乔和提学御史熊廷弼接手此案。审案时，熊廷弼用杖刑把芮永缙打死，荆乔养对熊廷弼的做法很不满，认为他不处罚梅振祚和梅宣祚，反而打死芮永缙，是“杀人媚人”。于是又牵扯到另外一个人，就是宣昆党的代表人物汤宾尹。
荆乔养认为，芮永缙早前与汤宾尹之间有矛盾，汤宾尹曾经想把另一位生员施天德的妻子纳为小妾，那女子却自杀身死。生员冯应祥、芮永缙就把汤宾尹告到官府，并且为死去的女子建立祠堂，大肆宣扬汤宾尹的丑行。荆乔养认为，汤宾尹与熊廷弼的关系很好，熊廷弼这一次杖毙芮永缙就是为了讨好汤宾尹。
荆乔养因此上疏弹劾熊廷弼，一番指责之后，自己甩手不干了。熊廷弼气得够呛，辩解说：他对芮永缙施以杖刑，是因为这个人行为恶劣，不是因为他举报奸情。
左都御史孙玮认为荆养乔和熊廷弼都有问题，建议把荆乔养革职，熊廷弼停职听勘。此事引起轩然大波，对于是否应当勘问熊廷弼，赞成者和反对者形成了两大阵营。赞成者包括：李成名、孙振基、李邦华、马梦祯、魏云中、刘策、崔尔进、李若星等。
反对者包括：官应震、姜性、吴亮嗣、梅之焕、亓诗教等。
一时之间，奏章如雪片一般呈上来。孙玮深感不安，请辞。明神宗对各方的言论一概不理。
御史徐应登负责调查事件的真相，他认为，梅振祚等人确实有奸淫之罪，他们本人也认罪，熊廷弼对他们的罪行痛恨不已，说：“兄弟聚尘，恨不手刃。”所以，荆乔养和熊廷弼对于梅振祚、梅宣祚案件的结论是大致相同的。
而芮永缙、冯应祥、苏海望几个生员因为闹事，被除去功名，监押起来，并且被熊廷弼施以杖刑。其中打得最重的是苏海望，而且芮永缙是在杖刑二十天以后才死，不能说是被熊廷弼打死的。而且汤宾尹与整个事件毫无关系，与芮永缙之间也没有什么瓜葛。所谓“杀人媚人”的指责不成立。
徐应登也总结了熊廷弼为官处事的风格，说他“以力挽颓风为已任”，“期于一惩百儆”，“才情气魄咄咄逼人”，“豪爽英迈，凡事担荷”，为官处事很有魄力，这是熊廷弼的优点，但他也因此让许多官员感觉不快，树敌很多。当他后来大权在握时，这一点表现得更为突出，最终导致个人和国家的悲剧。
万历四十一年二月，荆养乔和熊廷弼双双去职。熊廷弼回籍听勘，这一年他四十五岁。
如果熊廷弼的仕途到此结束，他和他的家庭就不会有后来的悲剧，中国历史也就少了一位悲剧性的人物。可惜命运不是这样安排的。
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