1、蝎的第三个卷轴
与小樱千代对战时，本体蝎一共用了背后的三个卷轴，分别是:火卷轴、水卷轴、百机操演，而第三个卷轴唯独被跳过了，显得极为神秘，至死蝎也没有用过。即便四战被秽土转生，也没有任何这方面的描述。
2、被控制的四代水影矢仓
在剧情里，矢仓被宇智波带土用幻术控制了极久的时间，后被青破解幻术，这才摆脱了作为傀儡的命运。而在原作中，矢仓的设定是仅有的两个能完美控制尾兽力量的人柱力，也就是说，矢仓对幻术应该有相当大的免疫力，是写轮眼对尾兽的压制力太强，还是背后另有其人？
3、团藏的右眼团藏有自信单挑佐助、面具男（团藏当时确信那时宇智波斑），靠的就是止水的万花筒，也就是团藏的右眼。关于止水的万花筒能力，大家都清楚，一个是别天神，在鼬的手中，后来给了鸣人。
另一个就是团藏的右眼。
五影大会时，团藏对三船曾用过此术，看起来就是冷却时间短的别天神，但实际上，在开万花筒开时，会根据本人擅长的领域，于左右眼分别寄存两个不同的能力，所以不可能都是别天神。充其量就是“有一部分别天神的效果”。而止水的两个万花筒能力，都是关于幻术的，这是极少见的。所以，这个让团藏有自信单挑斑和佐助的能力，最后竟然谁也没有见过。
在《火影忍者究极风暴》里，右眼释放的是与“月读”类似的攻击型幻术，将敌人的精神拉至一个完全由自己支配的幻术空间，并对其造成极大伤害，瞬间将敌人的精神化为尘土。止水形容此幻术“在幻术空间内，我可以掌控一切”、“没有任何力量能与这幻术相抗衡”。4、初代的仙术与湿骨林
大家都知道火影里有三大圣地:妙木山、龙地洞和湿骨林，前两个地方都孕育着带有自身特点的仙术，（鸣人和药师兜）所以根据三忍以及通灵兽的设定，几乎可以肯定——湿骨林也是仙术圣地之一。而通观火影全篇，初代的仙术来源就很迷，仙体外形风格既不像妙木山仙术，更不像龙地洞，再结合初代的孙女纲手的通灵兽，很多人都认为，初代的仙术就是湿骨林仙术，但具体是不是、在何处学的，岸本最后也没有解释。
5、九尾对佐助说的话
“千万不要杀死鸣人，否则你一定会后悔的。”
这句话仔细想想其实挺迷的，表面上是这个意思:假如作为九尾人柱力的鸣人死了，九尾也会烟消云散。但实际上，尾兽作为充斥着憎恨的查克拉集成体，并不以通常意义上的“生命”形式存在，说明问题的例子就是琳之死，琳死于非命，三尾却好好的，而且尾兽传承了那么多代人，不可能每任人柱力都好好的，没有一个被杀、或者得病意外死亡的吧，而尾兽却一直都一个不少。
所以，我们不禁想:九尾那时难道就已经知道封印辉夜需要阴阳之力结合吗？
6、佐助要杀鸣人的术
疾风传开篇，二柱子可谓黑（装）化（逼）得厉害，在大蛇丸的基地扬言要杀鸣人，并且嘲讽鸣人现在的实力就是个渣渣。
结了个印后，手伸向天空，千钧一发之际，却被一旁的大蛇丸拦了下来，说“佐助，不要用那个术。”
有人猜测，佐助要用的是麒麟，看手势确实很像，但说实在的，佐助对鸣人还没有那么大仇恨，犯不上见个面就奉上为了杀死鼬而准备的超级忍术，而且天上当时晴得很，根本就没有积雨云。
但直到火影完结，佐助也一直没有用过相似的忍术，让人不禁想问:岸本是不是忘画了？
7、鬼鲛见过的是带土，还是“斑”？
晓组织是火影忍者里最名声在外的团体，通常以二人小队行动，认可的首领为佩恩天道，但有一个二人小队却十分特殊。
它就是鬼鲛和鼬小队。
鼬实际上是晓组织成员，实际上却是木叶卧底，在组织中监视晓组织的动向，长门（面具男）深知这一点，以至于在鼬死后，才敢发动抓捕九尾的战争。
而作为晓组织里除了鼬、小南，唯一知道面具男存在的鬼鲛，则是面具男的卧底，和鼬组队的目的就是监视鼬的动向。
所以在鬼鲛将死之际，才有了对鼬之死感同身受的感叹——因为他们不仅都杀死过最亲近之人，而且都当了一辈子的间谍。
而临死的鬼鲛，效忠的究竟是真面目的宇智波带土，还是蒙了一层面具的“宇智波斑”呢？ 我们并不确定。
篇幅有限，就说以上这么多，大家还我还觉得有什么坑没有填吗？欢迎评论交流。
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