公元1898年，以救亡图存为宗旨的戊戌变法运动悲壮地失败以后，中华民族危机继续加深。在帝国主义瓜分中国的狂风恶浪面前，广大下层民众出自朴素的爱国情感，掀起了一场反帝排外的风潮，这就是义和团运动。
公元1897年，德国强占胶州湾，并强行把山东划为它的势力范围。这时，外国传教士也纷纷进入山东各地，修建大小教堂1000多个。许多地主豪绅，倚仗教会势力，不顾百姓死活，大肆搜刮财物，激起民众义愤，义和拳就在这种情况下兴起了。
义和团运动兴起后，袁世凯主张对义和团采取“剿杀”政策。在满朝文武被义和团“扶清灭洋”情绪卷入的背景之下，这彰显了袁世凯在混乱的大局之下保持冷静的睿智和勇气。他对待义和团的政策基于其对于国际局势的判断。
他调任山东巡抚之初，原来的山东巡抚毓贤被调往陕西任巡抚。毓贤是一个狂热的排外主义者，因为他对山东的义和团采取听之任之的政策，义和团才在中国北方尤其是山东、天津、直隶一带呈现烈火燎原之势。被狂躁情绪冲昏头脑的毓贤在陕西巡抚任上，将陕西全省的外国传教士骗入巡抚衙门集体屠杀，他甚至还亲自动手，杀死了三名传教士。如果毓贤继续留任山东巡抚，山东省的传教士估计也会遭到同样的厄运。袁世凯上任之初，济南府的西南部已经发生了义和团运动，义和团杀死了英国传教士布鲁克斯。袁世凯已经预料到这种政策将导致的严重后果，所以他在山东全省打击义和团的势力，并保护外国人的生命安全。袁世凯成功地做到了这一点，他上任之后，山东没有一个外国人被义和团杀害，在他的协助下，在山东的外国人要么逃离山东，要么被他保护起来。
袁世凯的这种明显的亲外政策，引起了当时对义和团采取鼓励态度的慈禧太后的不满，袁世凯日后的地位和将来的升迁希望都掌握在她的手中。那些因为相信义和团“刀枪不入”的说法而变得狂躁凶狠、发誓要将大清帝国境内所有的外国人杀光的保守派，对他群起而攻之。愤怒的底层民众咒骂他是“混世魔王”，声称要“替天行道”除掉他，因此袁世凯的生命不断受到威胁。但民间的仇恨、同僚的反对和大权在握的慈禧太后对他的不满，并没有丝毫动摇他剿杀义和团的决心。
义和团运动被镇压之后，人们发现，袁世凯这位铁腕巡抚使山东省免受了邻近的直隶省遭受的生灵涂炭，袁世凯的权力与威信比以前更加稳固。他以一位直率可靠的君子的形象出现在慈禧太后面前，给善于从细节之处观察人的慈禧太后留下了深刻印象。慈禧太后也知道了他为什么在处理义和团问题上与自己唱反调的，在他进京之时加封他为太子少保，并赏穿黄马褂。
那么当初袁世凯为什么敢和慈禧唱反调？不怕得罪老佛爷和义和团？那时因为他看懂了局势，也知道为官之道，当然也有别人的点拨。
刚开始闹义和拳，朝廷态度暧昧，让袁世凯不知走哪条路。张人骏劝他说：你不要考虑朝廷，朝廷可以错，你却错不得。朝廷错了你要付出代价，你错了还是要你付代价。袁世凯明白过来，立即着手剿杀拳匪……这世道就是这样子的，大人物错了，小人物买单。小人物错了，还是自己买单，所以小人物错不得。
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