公元1521年，这位和朱厚照一样年龄即位的少年来到了北京，发现在明朝当上皇帝的人，政治觉悟都不差。杨廷和替武宗起草诏书中写道：“朕疾弥留，储嗣未建，朕皇考亲弟兴献王长子厚熜年已长成，贤明仁孝，伦序当立，已遵祖训兄终弟及之文，告于宗庙，请于慈寿皇太后，即日遣官迎取来京，嗣皇帝位，奉嗣宗庙。”简单的来说，就是武宗死后没留下遗诏，杨廷和和皇太后商议后觉得让朱厚熜来当皇帝，但是杨廷和当时已位居内阁首辅，权力之大堪比权相，朱厚熜如果即位，杨廷和手中的权力就会受制于人。而朱厚熜的政治思想很高，他自己也明白他在朝廷中的影响力暂时比不上杨廷和，无奈之下，只能借口生事。
第二，皇考之争，总所周知，朱厚熜即位是以明孝宗的继子明武宗的弟弟来即位的，否则就不合礼法。朱厚熜也明白这件事，但是对于杨廷和让他认亲爹为叔叔是不可接受的，双方一度产生僵持，最后朱厚熜甚至以贿赂来请求，但未成功，这也让这位少年明白，政治远远不是他想的那么简单，权力一定要握在自己手中。
继统不继嗣，嘉靖三年，朱厚熜的母亲进京，朱厚熜在朝中已有些势力，经过一系列的斗争，朱厚熜以退位要挟，杨廷和无奈之下只能让步，以皇太后身份礼迎朱厚熜的母亲入宫。
结果，嘉靖元年三月，朱厚熜无奈之下，勉强同意称父亲为“兴献帝”，母亲为“兴国太后”。尊封祖母邵氏（明宪宗贵妃）为寿安皇太后，孝宗皇后为昭圣慈寿皇太后，武宗皇后为庄肃皇后。三年之后，朱厚熜的地位已稳固，试图为父母封号加“皇”字。群臣听后，在左顺门哭请朱厚熜改变主意，企图迫使朱厚熜屈服，朱厚熜震怒，在君权的高压之下，朱厚熜终于得到了满意的结果。
在这场大礼仪之争中，朱厚熜已经羽翼丰满，并且由议礼的过程体会到了如何行使皇权的无上威严，此后变得独断独行、一意孤行。但这也对历史发展产生了非常消极的影响，明朝的士大夫与皇帝共治天下的格局一朝破灭，明朝的衰落就此开始。
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