军改后新筹建陆军工程大学，驻地南京，徐州工程兵指挥学院降格为旅级，定性为陆军工程大学训练基地。工程兵指挥学院成立于1986年，位于江苏省北部城市徐州市，是一所培养全军工程兵中级军政指挥官、院校教官、高层次军事学术研究人才和工程兵分队指挥人才的中级指挥院校，是工程兵指挥军官的最高学府。
1949年东北民主联军工兵学校随军南下迁至湖南长沙，先后更名为中南军区工兵学校、高级工程兵学校、工程兵学院。一九七四年迁至江苏徐州，一九八六年改称工程兵指挥学院。周恩来、朱德、徐向前、聂荣臻等党和国家领导人、老一辈无产阶级革命家十分关心学院的建设和发展，为学院作过重要指示和题词，张震、迟浩田、傅全有、王克等军委领导曾先后来院视察。
六十多年来，学院坚持“从严、勤奋、求实、创新”的校风和“严谨治学、严以施教、严于律己”的校风，为争夺战争的胜利，为军队的正规化和现代化建设，培养了大量工程兵部队中、初级指挥军官，为一大批国家重点工程及地方经济建设输送了五千多名专业技术人才。
学院为全军工程兵军事学术研究基地，近年来，承担多项全军军事科学和全国教育科学“八五”、“九五”规划重点课题研究，工程兵战斗条令编修，工程兵专业教范和全军统编教材编写等编研任务，在工程兵军事理论研究及工程兵作战模拟等方面居全军领先水平。发展的时间较长。
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