攻入南京后，朱棣对建文帝的大臣说了一句话，显示他道德上的不安

《建文皇帝遗迹》一书则站在完全相反的立场上，认为燕王朱棣根本不是明太祖的嫡子。朱棣从小悍勇，有大志，善骑射。朱元璋早前并不喜欢朱棣，发现他早有夺嫡的野心，就把他分封到北平，元妃与他一起居住在北平。

册立皇太孙之后的某天夜里，朱元璋梦见两条龙在殿内互相搏击，最终一条黄龙获胜，另一条白龙失败，变成一条蝘蜓，也就是壁虎。第二天上朝，朱元璋看到皇太孙站在殿右角，燕王朱棣站在皇太孙的左前方，居于上位。朱元璋表面上不动声色，心中却非常生气，明白燕王将来不会安份。

秦、晋、燕、周诸王实力强大，朱元璋担心他们图谋篡位，皇太孙朱允炆难以制服，就给他们每人身边派了一位高僧，引导他们一心向善。每年各位高僧要向朝廷汇报各位亲王的政绩。

关于这一点，《王文恪公笔记》中有另一种说法：洪武十五年皇后去世，各位亲王请求父皇挑选有道行的高僧，派到各个藩国，方便大家平时为皇后举办法事。在被举荐的高僧当中，朱元璋挑选给燕王的是僧人道衍，俗名姚广孝，派驻庆寿寺。后来姚广孝反而成为燕王朱棣的高参。

朱元璋死前留下遗命，燕王朱棣不许渡江进香，所有藩王不能擅自离国。当时各位亲王都赶往京城奔丧。燕王朱棣见到父皇的遗诏，勃然大怒，想要强行渡江，却发现江口一带已经有重兵把守。

姚广孝劝朱棣说：“燕王渡江是为了尽孝，如果违抗遗诏，反而成了不孝。燕王何必一定要争眼前一时？希望能暂忍一时，养成实力，将来机会适合，可以轻松渡江。”

朱棣认为姚广孝说的有理，返回北平。在叔侄之间的皇位争夺战中，朱棣最终胜出，就是明成祖。在永乐元年的几份诏书中，明成祖朱棣几次提到，当初皇太子朱标死去之后，父皇朱元璋曾经有意立他为皇太子。听起来，这更像是朱棣在为自己的行为进行辩解。比如他在一份诏书中如此写道：“后懿文太子薨，高皇帝以朕堪属大事，欲正位东宫，永固基本。不幸高皇帝宾天，允炆矫遗诏嗣位，戕害诸王骨肉，怀衅之意已具，疑朕之心实深。”

揣测文中之意，似乎是指朱元璋死前不久的事。当然这是朱棣的一面之词，可信度很低。此时朱元璋已经花了几年的时间培养皇太孙，自己也不久于人世，他绝不会做出如此重大的变动。

《野记》中说，燕王朱棣驻在北平，是最不安份的一位。早在朱元璋活着的时候，朱棣已经开始准备。在这方面，僧人姚广孝积极为他谋划。姚广孝专门设计了一种地下的密室，墙体厚重，上面倒扣了许多瓶罐，口向内，为的是消音隔音。姚广孝带领工匠在里面打制兵器，房子的附近又养了大量的鹅鸭，用它们的叫声掩盖屋中的声音。

据说，皇太子朱标有一次到北平，住在燕王府中的时候，听到过地道中传出来的锻造的声音，心中大惊，因此吓出病来。

燕王、周王等人在建文帝时期的作法，严重违背了父亲朱元璋的本意，这一点朱棣心里比谁都清楚。《建文皇帝遗迹》中说，朱棣攻入南京城，建文帝的大臣当中，工部尚书茹瑺第一个进殿向他祝贺。当时朱棣冲着他高声说：“茹瑺，我今天得罪了天地祖宗，怎么办？”

茹瑺叩头说：“殿下应天顺人，怎么算是得罪呢？”

朱棣最希望大家都这样看，那样的话，他感受到的道德压力会减轻许多，所以他很高兴，封茹瑺为忠诚伯。