斋醮祈祷，古即有之。早在东汉以前，就有“斋戒”、“醮”、“坛”等的说法，这在《礼记》、《易经》、《高唐赋》、《史记》等书文中均有记载，说明道教斋醮科仪源于中国古代的祈祷仪式。
东汉时期，道教诞生之前，汉明帝永平八年(65)，朝廷曾下诏给楚王英，命其诵黄老之微言-，尚浮屠之仁祠，洁斋三月，与神为誓，道教诞生后，汉桓帝又亲祠老子于濯龙，文厨为坛，饰淳金釦器，设华盖之座，用郊天乐(见《后汉书》)。可见此时的斋醮祈祷不仅有了坛和供器，而且有了音乐——郊天乐。
东汉时，太平道已有向天祈祷和称谢等仪式；五斗米道亦有“涂炭斋”、“指(或作旨)教斋”等斋仪，祈祷者“黄土涂面，反缚悬头”，仪式简单。
另外，五斗米道还有为病人请祈的“三官手书”，具体做法是：“书病人姓字，锐服罪之意。作三通，其一上之山，著山上，其一埋之地，其一沉之水。”(见《三国志·张鲁传》)此种科仪虽然十分简朴，但已具备了斋醮科仪中表章的雏形。
据《魏书·释老志》记载，张道陵创教之初，因传授《天宫章本》中的某些斋祠醮法，使弟子“各成道法”，于是，其事大行”。《天宫章本》可谓最早的科：醮书。
总而言之，这一时期是道教科仪的开创阶段，所以科仪在内容和形式上都十分简单，但不可否认的是，斋醮科仪产生了。
东晋、南北朝时，斋醮科仪经上清派、灵宝派道士推演，逐渐形成整套的仪范和程式。东晋哀帝兴宁二年(364)，魏夫人的弟子杨羲、许谧在茅山创建“上清法坛”，用“九老仙都君”印。东晋安帝隆安年间(397—401)，葛洪族孙葛巢甫撰著《灵宝经》30余卷，至南朝陆修静再加增修，大行于世，在閤皂山建立“灵宝玄坛”，用“元始宗坛”印和“元始万神”铜印。
北魏时期，道士寇谦之率先改革北方天师道，提倡礼度，改诵经“直诵”为“音诵”，从此斋醮诵经有了音乐的内容。寇谦之著《云中音诵新科之诫》和《箓图·真经》，使科仪得到了进一步的发展和完善。
继寇谦之后，南朝刘宋灵宝派道士陆修静亦改革南方天师道，他在撰写三洞经典的基础上，修整了斋醮科仪。他曾撰著斋醮科仪百余卷，有关灵宝六斋、九斋、十二斋等不同斋仪及《升玄步虚章》等斋醮乐章多种。
经寇谦之和陆修静整编修订以后，斋醮科仪逐渐定型并走向完善。到隋朝时，基本上停滞不前，但仍受重视。
斋醮科仪历经唐、宋、元各代，随着道教的发展而盛行。
唐玄宗于开元十年(722)及二十九年(741)，诏两京及诸州各置玄元皇帝庙二所，每年依道法斋醮。此间他还“于道场内亲教道士步虚声韵”，并诏道士司马承祯、李含光等作《玄真道曲》、《大罗天曲》等。
唐武宗即位(841)，召道士赵归真等八十一人人禁中，于三殿修金箓道场。帝幸三殿，于九天坛亲受法箓。
唐末五代道士杜光庭是道教斋醮科仪的集大成看，他搜集、整理、编纂、删定了南北朝以来的各种科仪。在此基础上又新修了《太上正一阅篆仪》、《洞神三皇七十二君斋方忏仪》、《道门科范大全集》等科醮书多种，影响十分深远。
北宋太宗、真宗、神宗、哲宗、徽宗各朝，宫中设醮，史不绝书：
真宗于大中祥符二年(1009)，令太常礼院详定天庆道场醮仪，颁诸州。
徽宗于大观二年(1108)，颁金篆灵宝道场仪范于天下，令道士依法奉行。
金元之际，京中宫观、大邑名山(如龙虎山、闷皂山、茅山等)均有设醮者。不仅正一派道士，而且全真派丘处机、王处一，太一道萧志冲、萧居寿等，亦皆先后承金、元皇帝之旨而主醮事，斋醮遂为各派所习。
明代以后，道教转衰，但斋醮科仪仍流传于民间。此阶段出租了许多民间宗教，流传十分广泛，许多斋醮科仪被民间宗教所吸收。同时有许多大型的斋醮科仪因无力承办而失传，小型的斋醮科仪因进一步简化而更适合一般群众的需要；故一直流传至今。
清代龙虎山上清官提点娄近垣，整编斋醮科仪12卷，辑集成《黄箓科仪》，成为近现代科仪的典范。
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