弹道导弹的最佳拦截时段是其起飞阶段，由于导弹起飞时速度较低、弹道稳定，拦截是相对容易的，美国进行的机载激光拦截试验，主要就是针对导弹起飞阶段的。不过，由于弹道导弹通常是在各国本土发射，在起飞段拦截无异于“入侵”，拦截的可能性是相对较低的。
美用于战术弹道导弹拦截的YAL-1机载激光系统，目前已经封存
另外，对于由潜艇发射的弹道导弹，起飞阶段同样是最佳的拦截时间段，但是由于潜艇本身较为隐蔽，想在导弹起飞阶段进行拦截是比较困难的。
俄试射的最新型RS-24“亚尔斯”洲际弹道导弹
至于弹道导弹的中段飞行，也就是位于太空中飞行时，由于该段时间在其整个飞行阶段是弹道相对平稳，时间也较为充裕约在20~25分钟（洲际弹道导弹），导弹速度虽已达到10马赫左右，但和再入阶段比，还是相对较慢的。若能在中段进行成功拦截，还有一个好处就是被拦截弹爆炸后，是不会对受袭国造成直接伤害的，这对于能“有效拦截”是相当重要的。
美陆基中段拦截弹GBI
当然，在中段拦截同样是相当困难的，在此阶段飞行的弹道导弹其弹道高度最高可超过1000公里，这已经远超目前大多数反导系统的覆盖范围，同样也超过了一般拦截弹的飞行高度。目前世界各国进行的中段反导拦截试验中，只有美国用“标准-3”导弹进行了海基试验，其他各国还是采用陆基导弹进行拦截。
EKV原型机
在2017年5月，美国首次成功进行的洲际弹道导弹中段拦截试验中，使用的是陆基拦截弹GBI，其拦截模式大致是，先通过海基X波段雷达、导弹预警卫星等对导弹追踪，各系统对导弹弹道进行测算后，发射的GBI拦截弹则会在抵达太空后，释放出EKV（大气层外杀伤器）对导弹进行动能撞击。可以看到整个试验是相当复杂的，截止2017年6月，美军的19次拦截试验中，仅成功10次，概率刚超过50%而已。
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