清皇帝聪明的一点就是以蒙古可汗的身份统治蒙古诸部的，扫灭蒙古黄金家族最后一任林丹汗后，清朝皇帝自己兼任蒙古可汗，使的喀尔喀蒙古终清朝一代都服服帖帖，大清皇帝同时是蒙古大汗，也是西藏的保护人。1635年，林丹的儿子额哲在上都被后金追上，只好投降，献出了元顺帝当年带走的传国玺。于是，延续429年的蒙古汗国从此便从历史上消失了。原有的蒙古各部部众大都依附于后金。
在后金崇德元年(公元1636年)，以额哲为首的漠南蒙古十六部四十九位领主，在盛京(今辽宁沈阳)举行大会，共尊皇太极为蒙古大汗，并奉上“博格达彻辰汗”的尊号，整个漠南蒙古诸部都臣服于大清。该年后金改国号为清，皇太极正式称帝。皇太极非常高兴，不但封额哲为和硕亲王，“爵秩最尊，位冠于扎萨克诸王之上，又不令其属民分离，仍旧管领。”而且将自己的亲生女儿嫁给额哲亲王。
后来清朝为维护加强其统治，进行满蒙通婚，一方面为防御游牧蒙古的南下侵略制定的总体政策。清代，赤峰地区蒙古王公受命于中原朝廷，将满、蒙、汉三种文化融入新境界。为对蒙古地区实行有效统治，清对蒙古奉行三大国策:一是"分封以制其力";二是"南不封王，北不断亲";三是"崇释以制其生"。清朝皇帝以蒙古可汗身份管理蒙古，再加以通婚亲上加亲，解决了千百年北方游牧民族之患。
清朝皇帝的蒙古可汗称号
博格达彻辰汗即皇太极
额耶尔札萨克汗即顺治帝
恩赫阿木古朗汗即康熙帝
纳伊拉尔图托布汗即雍正帝
腾格里特古格奇汗即乾隆帝
萨伊什雅尔图伊鲁格尔图汗即嘉庆帝
托尔格勒特汗即道光帝
图格莫尔额尔伯特汗即咸丰帝
布伦札萨克汗即同治帝
巴达古尔特托尔汗即光绪帝
哈瓦图猷斯汗即逊帝溥仪
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