飞雷神
四代火影独创的超S级时空间忍术。犹如刹那的闪光一般翱翔于时空之中，可以达到超越瞬身的神速，是第四代火影引以为傲的术，亦是使他拥有“金色闪光”称号的典故。使用一种特别的术式，让第四代火影自由穿越时间、空间，并在各战场间任意穿梭，这一招绝学也成为了木叶隐村的一个传说。使用时多数需要留下显示目标坐标的术式，第四代火影会在苦无等武器上事先留下术式，使用原理类似于通灵之术；当然，第四代火影会在自己身体所能碰触到的地方留下术式，当敌人的身体被留下术式时，就意味着被书写上了代表死亡的咒印。
飞雷神二段
四代火影在飞雷神的基础上所创造，在战斗中投出做了标记的苦无，再瞬间转移到正在运动的苦无上。 空间结界飞雷神用在防御端，可以将向自身施放的攻击用时空忍术转移到别处，四代曾以此方法正面挡九尾的尾兽炮。
螺旋丸
父子二人的螺旋丸第四代火影的得意之作，属于A级的奥义忍术。将查克拉形态变化进行到了极致，该术不需要结印，通过在手中压缩查克拉并且分层不定向旋转，是根据尾兽玉的原理创造出的忍术。但这个术并没有开发完全，四代火影本来打算在其中加入自己属性的查克拉，使之威力更大；但因他本人英年早逝未能完成。
封印术
关于封印术，水门的妻子漩涡玖辛奈的祖籍之国漩涡之国是对封印术最了解的国度。所以玖辛奈经常教水门封印术。
四象封印
四代火影在鸣人身上所留下的封印式，以封锁九尾妖狐的活动，将九尾妖狐的阳性查克拉封印在鸣人体内。
八卦封印
封印九尾妖狐的封印式。在鸣人刚踫到自来也跟他去修炼的时候，自来也曾经说过，封印九尾的封印术是由两个四象封印封印而成的八卦封印式，这个封印式被设计成可以将从偶数的封印之间漏出来的九尾妖狐的查克拉，还原成鸣人的查克拉。
契约封印
能够解除施术者的通灵术。用此术解除了面具斑对九尾的控制。
尸鬼封尽
超S级究极封印术，使用此术属于唤出死神（只有施术者自己能看到，大蛇丸在被封印的瞬间看到死神），并促成死神吞噬掉敌人的究极忍术，但值得一提的是在施行此术之人完成结印的同时也就和死神定下了约定——将自己的灵魂出卖给了死神，也就是说在吞噬敌人完成此术的同时自己的灵魂也将被死神吞噬，并且自己和敌人的灵魂将在死神的肚子里“永远地互相憎恶和斗争下去”。
通灵之术·蛤蟆
即与通灵兽（蛤蟆）达成契约关系后可以随时随地进行召唤的时空间忍术，由自来也所授。与九尾妖狐战斗时召唤的是蛤蟆文太。
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